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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hqz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the type III effector protein AvrRpt2 from Erwinia amylovora, a C70 family cysteine protease | ||||||
![]() | AvrRpt2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Avirulence / resistance / plant pathogen / cysteine protease / effector / T3ss | ||||||
機能・相同性 | Peptidase C70, AvrRpt2 / Papain-like cysteine protease AvrRpt2 / AvrRpt2![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bartho, J.D. / Demitri, N. / Wuerges, J. / Benini, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of Erwinia amylovora AvrRpt2 provides insight into protein maturation and induced resistance to fire blight by Malus × robusta 5. 著者: Bartho, J.D. / Demitri, N. / Bellini, D. / Flachowsky, H. / Peil, A. / Walsh, M.A. / Benini, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 133.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 109.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17494.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: In this construct the protein sequence starts from G70, N69 is a result of the cloning procedure and of subsequent tag cleavage. we report the structure of AvrRpt2_70-222. A S-S bridge is ...詳細: In this construct the protein sequence starts from G70, N69 is a result of the cloning procedure and of subsequent tag cleavage. we report the structure of AvrRpt2_70-222. A S-S bridge is formed between C156 of chain A and C156 of chain B 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 9 詳細: 100 mM TRIS-HCL pH 9.0 10% glycerol, 100 mM sodium cacodylate, 15% PEG 6K Temp details: vibration free incubator |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.064 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→51.32 Å / Num. obs: 28980 / % possible obs: 99.02 % / 冗長度: 2.8 % / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / Num. unique obs: 2004 / Rrim(I) all: 0.664 / % possible all: 94.76 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.225 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→51.32 Å
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拘束条件 |
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