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万見
- PDB-6hpv: Crystal structure of mouse fetuin-B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hpv
タイトルCrystal structure of mouse fetuin-B
要素Fetuin-B
キーワードhydrolase inhibitor / Glycoprotein / cystatin domain / fertilization / egg coat / zona pellucida / hardening / metalloprotease inhibitor / ovastacin / ZP2 / liver-secreted protein
機能・相同性
機能・相同性情報


metalloendopeptidase inhibitor activity / binding of sperm to zona pellucida / negative regulation of endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / single fertilization / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I25C, fetuin, conserved site / Fetuin-B-type cystatin domain / Fetuin family signature 1. / Fetuin family signature 2. / Fetuin-B-type cystatin domain profile. / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Cystatin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Fetuin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fahrenkamp, D. / Dietzel, E. / de Sanctis, D. / Jovine, L.
資金援助 スウェーデン, ドイツ, 3件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-03999 スウェーデン
European Molecular Biology Organization ドイツ
German Research Foundation
引用
ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Structure of mammalian plasma fetuin-B and its mechanism of selective metallopeptidase inhibition.
著者: Cuppari, A. / Korschgen, H. / Fahrenkamp, D. / Schmitz, C. / Guevara, T. / Karmilin, K. / Kuske, M. / Olf, M. / Dietzel, E. / Yiallouros, I. / de Sanctis, D. / Goulas, T. / Weiskirchen, R. / ...著者: Cuppari, A. / Korschgen, H. / Fahrenkamp, D. / Schmitz, C. / Guevara, T. / Karmilin, K. / Kuske, M. / Olf, M. / Dietzel, E. / Yiallouros, I. / de Sanctis, D. / Goulas, T. / Weiskirchen, R. / Jahnen-Dechent, W. / Floehr, J. / Stoecker, W. / Jovine, L. / Gomis-Ruth, F.X.
#1: ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2000
タイトル: Fetuin-B, a second member of the fetuin family in mammals.
著者: Olivier, E. / Soury, E. / Ruminy, P. / Husson, A. / Parmentier, F. / Daveau, M. / Salier, J.P.
#2: ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2003
タイトル: Tissue distribution and activity testing suggest a similar but not identical function of fetuin-B and fetuin-A.
著者: Denecke, B. / Graber, S. / Schafer, C. / Heiss, A. / Woltje, M. / Jahnen-Dechent, W.
#3: ジャーナル: Dev. Cell / 年: 2013
タイトル: Fetuin-B, a liver-derived plasma protein is essential for fertilization.
著者: Dietzel, E. / Wessling, J. / Floehr, J. / Schafer, C. / Ensslen, S. / Denecke, B. / Rosing, B. / Neulen, J. / Veitinger, T. / Spehr, M. / Tropartz, T. / Tolba, R. / Renne, T. / Egert, A. / ...著者: Dietzel, E. / Wessling, J. / Floehr, J. / Schafer, C. / Ensslen, S. / Denecke, B. / Rosing, B. / Neulen, J. / Veitinger, T. / Spehr, M. / Tropartz, T. / Tolba, R. / Renne, T. / Egert, A. / Schorle, H. / Gottenbusch, Y. / Hildebrand, A. / Yiallouros, I. / Stocker, W. / Weiskirchen, R. / Jahnen-Dechent, W.
#4: ジャーナル: Biol. Chem. / 年: 2014
タイトル: Mammalian gamete fusion depends on the inhibition of ovastacin by fetuin-B.
著者: Stocker, W. / Karmilin, K. / Hildebrand, A. / Westphal, H. / Yiallouros, I. / Weiskirchen, R. / Dietzel, E. / Floehr, J. / Jahnen-Dechent, W.
#5: ジャーナル: Cell Metab. / 年: 2015
タイトル: Fetuin B Is a Secreted Hepatocyte Factor Linking Steatosis to Impaired Glucose Metabolism.
著者: Meex, R.C. / Hoy, A.J. / Morris, A. / Brown, R.D. / Lo, J.C. / Burke, M. / Goode, R.J. / Kingwell, B.A. / Kraakman, M.J. / Febbraio, M.A. / Greve, J.W. / Rensen, S.S. / Molloy, M.P. / ...著者: Meex, R.C. / Hoy, A.J. / Morris, A. / Brown, R.D. / Lo, J.C. / Burke, M. / Goode, R.J. / Kingwell, B.A. / Kraakman, M.J. / Febbraio, M.A. / Greve, J.W. / Rensen, S.S. / Molloy, M.P. / Lancaster, G.I. / Bruce, C.R. / Watt, M.J.
#6: ジャーナル: Hum. Reprod. / 年: 2016
タイトル: Association of high fetuin-B concentrations in serum with fertilization rate in IVF: a cross-sectional pilot study.
著者: Floehr, J. / Dietzel, E. / Neulen, J. / Rosing, B. / Weissenborn, U. / Jahnen-Dechent, W.
#7: ジャーナル: Mol. Hum. Reprod. / 年: 2017
タイトル: Recombinant fetuin-B protein maintains high fertilization rate in cumulus cell-free mouse oocytes.
著者: Dietzel, E. / Floehr, J. / Van de Leur, E. / Weiskirchen, R. / Jahnen-Dechent, W.
#8: ジャーナル: Diabetes Metab. / 年: 2017
タイトル: The novel adipokine/hepatokine fetuin B in severe human and murine diabetic kidney disease.
著者: Kralisch, S. / Hoffmann, A. / Kloting, N. / Bachmann, A. / Kratzsch, J. / Bluher, M. / Zhang, M.Z. / Harris, R.C. / Stumvoll, M. / Fasshauer, M. / Ebert, T.
#9: ジャーナル: Dev. Biol. / 年: 2018
タイトル: Maternal malnourishment induced upregulation of fetuin-B blunts nephrogenesis in the low birth weight neonate.
著者: Rabadi, M.M. / Abdulmahdi, W. / Nesi, L. / Jules, E. / Marghani, Y. / Sheinin, E. / Tilzer, J. / Gupta, S. / Chen, S. / Cassimatis, N.D. / Lipphardt, M. / Kozlowski, P.B. / Ratliff, B.B.
#10: ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Mammalian plasma fetuin-B is a selective inhibitor of ovastacin and meprin metalloproteinases.
著者: Karmilin, K. / Schmitz, C. / Kuske, M. / Korschgen, H. / Olf, M. / Meyer, K. / Hildebrand, A. / Felten, M. / Fridrich, S. / Yiallouros, I. / Becker-Pauly, C. / Weiskirchen, R. / Jahnen- ...著者: Karmilin, K. / Schmitz, C. / Kuske, M. / Korschgen, H. / Olf, M. / Meyer, K. / Hildebrand, A. / Felten, M. / Fridrich, S. / Yiallouros, I. / Becker-Pauly, C. / Weiskirchen, R. / Jahnen-Dechent, W. / Floehr, J. / Stocker, W.
履歴
登録2018年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_audit_support / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fetuin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4564
ポリマ－41,9541
非ポリマー5013
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area15780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.710, 67.710, 197.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-573-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Fetuin-B / Fetuin-like protein IRL685


分子量: 41954.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fetub / プラスミド: pHLsec2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9QXC1
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 150 mM NaCl, 100 mM NaOAc, 20 mM Na-HEPES pH 7.8, 25% PEG 4000, 8% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.7712 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.9 Å / Num. obs: 19993 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 19.3 % / Biso Wilson estimate: 54.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 20.34
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.626 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 1303 / CC1/2: 0.521 / Rpim(I) all: 0.71 / Rrim(I) all: 1.782 / % possible all: 63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14-3260精密化
XDSJan 26, 2018 BUILT=20180409データ削減
XSCALEJan 26, 2018 BUILT=20180409データスケーリング
CRANK22.0.166位相決定
PHENIX1.13-2998モデル構築
Coot0.8.9.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→47.878 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 29.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2529 1000 5 %
Rwork0.2241 --
obs0.2255 19991 93.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.878 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2338 0 32 85 2455
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022435
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5863316
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.365942
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2999-2.42120.3561010.31321901X-RAY DIFFRACTION67
2.4212-2.57290.34571300.3052489X-RAY DIFFRACTION89
2.5729-2.77150.37121470.30142799X-RAY DIFFRACTION99
2.7715-3.05040.30451510.2742872X-RAY DIFFRACTION100
3.0504-3.49170.29071520.24822882X-RAY DIFFRACTION100
3.4917-4.39860.23421540.19352926X-RAY DIFFRACTION100
4.3986-47.88860.20231650.19333122X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.70160.5417-0.50460.1763-0.09112.0508-0.013-0.07170.05490.06240.04980.0242-0.1597-0.0953-00.43780.06630.010.4329-0.0040.46575.92823.179485.117
20.8807-0.6638-0.59870.61430.2330.82060.06930.43380.3802-0.18460.0361-0.20940.0003-0.15100.50140.01830.02580.5610.1770.584718.271538.626261.4045
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resi 31:157 or resi 296:388 or resi 900:910
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resi 158:269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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