[日本語] English
万見
- PDB-6hpa: Crystal structure of a BA3943 mutant,a CE4 family pseudoenzyme -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hpa
タイトルCrystal structure of a BA3943 mutant,a CE4 family pseudoenzyme
要素Putative polysaccharide deacetylase
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Polysaccharide (多糖) / Deacetylase / Peptidoglycan (ペプチドグリカン) / Pseudoenzyme (偽酵素) / Sporulation. (胞子)
機能・相同性Sporulation protein, polysaccharide deacetylase, YlxY / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / carbohydrate metabolic process / Putative polysaccharide deacetylase / Putative polysaccharide deacetylase
機能・相同性情報
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.554 Å
データ登録者Molfetas, A. / Tomatsidou, N. / Kokkinidis, M.
資金援助 ギリシャ, 1件
組織認可番号国
European Union316223 ギリシャ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The resurrection of a dean enzyme
著者: Molfetas, A. / Tomatsidou, A. / Bouriotis, V. / Kokkinidis, M.
履歴
登録2018年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative polysaccharide deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0404
ポリマ－31,7251
非ポリマー3143
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, All the CE4 family of enzymes, have a predicted NodB catalytic domain.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.210, 58.816, 78.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Putative polysaccharide deacetylase


分子量: 31725.432 Da / 分子数: 1 / 変異: N94D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌)
遺伝子: ylxY, BA_3943, A9486_19545, BASH2_01993, CN272_11110, COL95_11150
プラスミド: pET26B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q4M7R6, UniProt: A0A6L7H2K2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.19 % / 解説: Cubic
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Ammonium Sulphate 2.8 M Tris Buffer PH=8

-
データ収集

回折平均測定温度: 124 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.07271 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月17日
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.554→78.883 Å / Num. obs: 38119 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 12.538 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 1.33 / Net I/av σ(I): 2.85 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.554→1.559 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4864 / CC1/2: 0.798

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BC1960

解像度: 1.554→39.441 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1995 1781 4.68 %
Rwork0.1646 --
obs0.1662 38043 97.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.554→39.441 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2227 0 18 253 2498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052329
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7793154
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9661433
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005404
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5538-1.59580.32291420.26862797X-RAY DIFFRACTION100
1.5958-1.64280.28471530.24132829X-RAY DIFFRACTION100
1.6428-1.69580.22011540.21032801X-RAY DIFFRACTION100
1.6958-1.75640.21571260.18492817X-RAY DIFFRACTION100
1.7564-1.82680.23041560.17282809X-RAY DIFFRACTION100
1.8268-1.90990.23481390.17342630X-RAY DIFFRACTION99
1.9099-2.01060.18031180.16442457X-RAY DIFFRACTION97
2.0106-2.13650.21781340.16062843X-RAY DIFFRACTION100
2.1365-2.30150.21551140.16152533X-RAY DIFFRACTION88
2.3015-2.53310.21571060.1712904X-RAY DIFFRACTION100
2.5331-2.89950.21811420.16732887X-RAY DIFFRACTION100
2.8995-3.65270.17821490.15592913X-RAY DIFFRACTION100
3.6527-39.45420.16671480.14533042X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る