PDB-4ch4: Structure of pyrrolysyl-tRNA synthetase in complex with adenylate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ch4

タイトル

Structure of pyrrolysyl-tRNA synthetase in complex with adenylated crotonyl lysine

要素

PYRROLYSINE--TRNA LIGASE

キーワード

LIGASE / NON-NATURAL AMINO ACID / PYRROLYSINE

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrrolysine-tRNAPyl ligase / pyrrolysyl-tRNA synthetase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

METHANOSARCINA MAZEI (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Fluegel, V. / Vrabel, M. / Schneider, S.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for the Site-Specific Incorporation of Lysine Derivatives Into Proteins.
著者: Flugel, V. / Vrabel, M. / Schneider, S.

履歴

登録	2013年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月7日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ch4.cif.gz	129.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ch4.ent.gz	99.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ch4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/4ch4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/4ch4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ch3C 4ch5C 4ch6C 4bwaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bwa-d 4ch3-d 4ch6-d 2zin-d 6aao-d 6lya-d 4tqd-d 4bw9-d 6hpa-d 4ch5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (5)

登録構造単位

A: PYRROLYSINE--TRNA LIGASE

ヘテロ分子

34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.045, 105.045, 71.771
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質	PYRROLYSINE--TRNA LIGASE / PYRROLYSINE--TRNA(PYL) LIGASE / PYRROLYSYL-TRNA SYNTHETASE / PYLRS 分子量: 33416.227 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 185-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) METHANOSARCINA MAZEI (古細菌) / 株: GO1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q8PWY1, pyrrolysine-tRNAPyl ligase
#2: 化合物	ChemComp-YLC / 5'-O-[({(2R)-2-amino-6-[(2E)-but-2-enoylamino]hexanoyl}oxy)phosphinato]adenosine 分子量: 543.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₀N₇O₉P
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	FIRST 21 AMINO ACIDS DISORDERED

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.86 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.4 / 詳細: 0.1 M LIAC, 10% PEG3350, pH 7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→42.42 Å / Num. obs: 24308 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 27.19
反射シェル	解像度: 2.16→2.24 Å / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 4.53 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BWA

4bwa

解像度: 2.16→42.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 6.466 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2088	1206	5 %	RANDOM
R_work	0.16536	-	-	-
obs	0.16749	23100	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.273 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.47 Å²	-0.47 Å²	0 Å²
2-	-	-0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→42.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2059	0	58	169	2286

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	2180
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2088
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.46	2.01	2939
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.768	3	4799
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.033	5	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.136	23.558	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.784	15	381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.633	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	321
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2427
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	500
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.361	2.153	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.361	2.153	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.181	3.215	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.18	3.213	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.825	2.214	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.825	2.212	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.79	3.239	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.048	17.397	2505
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.046	17.392	2506
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.16→2.216 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	73	-
R_work	0.236	1706	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0032	-0.5335	-1.8099	8.2731	-4.7564	9.3617	0.2007	0.2001	-0.3282	-0.4475	0.18	0.6113	0.3185	-0.7218	-0.3807	0.1026	-0.021	-0.1109	0.0741	-0.0051	0.2222	-24.7399	103.5211	9.6619
2	3.2001	-2.5136	0.7949	2.0951	-0.6081	0.2164	0.8893	1.0592	0.9937	-0.8578	-1.0267	-0.9081	0.3107	0.2066	0.1374	0.9991	0.178	0.2318	0.8385	0.3363	0.931	-27.2084	98.1118	2.823
3	1.4909	3.0928	-1.9846	13.2056	-8.3862	7.3706	-0.1261	0.1678	-0.0781	-0.9954	0.17	-0.2305	0.7483	-0.2121	-0.044	0.1555	0.0253	-0.0221	0.065	-0.0481	0.0955	-17.8141	108.8443	0.2437
4	10.3309	-5.8704	1.1697	3.346	-0.6584	0.1938	0.1868	-0.002	-0.1606	-0.1464	-0.0629	0.0663	0.1228	-0.0516	-0.1238	0.3112	0.0139	-0.033	0.2816	-0.001	0.281	-28.6533	130.8252	-2.7533
5	1.7203	-0.3321	0.0039	2.1722	-0.1997	4.1665	-0.0767	-0.1232	0.0628	0.1995	0.0297	0.2187	-0.0792	-0.0578	0.0469	0.0814	0.0593	0.0227	0.0868	0.0085	0.1431	-36.7531	142.8166	10.6505
6	10.8916	-3.5224	-4.0789	9.8019	-0.4271	3.1646	0.4636	-0.751	-0.1994	0.9552	-0.1565	0.9525	-0.2913	-0.2572	-0.3071	0.4412	0.0054	0.1221	0.4421	0.0732	0.2019	-37.5123	135.1368	25.7902
7	1.486	-0.9026	0.1725	2.4571	-0.5448	1.1294	-0.0938	-0.0991	0.0728	0.1372	0.1293	0.199	-0.1585	-0.1601	-0.0356	0.049	0.0549	0.0141	0.1049	0.0168	0.102	-38.4813	144.6487	9.8813
8	5.4768	-0.3505	-1.7887	9.3448	-0.0549	6.5667	0.1173	-0.5199	-0.5162	0.7397	0.065	0.7915	0.4867	-0.2704	-0.1823	0.1824	0.02	0.0424	0.1766	0.0677	0.1933	-34.2352	126.1607	15.4444
9	4.8776	-2.8095	-0.2247	5.5952	0.4128	1.1723	0.048	-0.0669	-0.0345	-0.3582	-0.1514	0.3202	-0.0758	-0.3433	0.1034	0.0582	0.0375	-0.0253	0.1635	0.0206	0.1317	-49.6987	139.0849	0.9272
10	2.2461	-0.1371	1.2544	3.4271	1.3446	2.9386	0.0903	-0.2811	-0.1613	0.2361	-0.0417	0.3842	0.2417	-0.1679	-0.0486	0.0745	0.0078	-0.035	0.1306	0.0289	0.2206	-46.4443	126.4116	1.6053
11	1.9203	1.9328	0.6961	5.5854	2.179	1.0127	0.0297	-0.3851	0.1445	0.5199	-0.2049	0.5906	0.1075	-0.3402	0.1752	0.2835	0.1511	0.0728	0.6128	-0.0075	0.3709	-51.0002	144.9367	13.4898
12	2.5596	-1.2661	0.7381	1.8984	-0.2624	1.1449	0.0394	-0.0903	-0.2906	-0.0167	0.0768	0.1891	0.1734	-0.0623	-0.1162	0.0432	0.0061	-0.0113	0.0429	0.0326	0.0748	-32.5325	124.4484	5.7406
13	9.0653	8.725	0.008	8.399	0.0083	0.0007	-0.0979	-0.2927	1.213	-0.2961	-0.0936	1.1785	-0.0167	-0.0162	0.1915	0.699	0.3114	0.1005	0.6965	0.0953	0.7459	-42.2369	132.8501	11.1945

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	187 - 206
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	207 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	214 - 238
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	239 - 253
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	254 - 277
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	278 - 292
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	293 - 330
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	331 - 344
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	345 - 361
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	362 - 399
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	400 - 414
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	415 - 454
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	500

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)