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- PDB-6hp5: ARBITRIUM PEPTIDE RECEPTOR FROM SPBETA PHAGE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hp5
タイトルARBITRIUM PEPTIDE RECEPTOR FROM SPBETA PHAGE
要素
  • GLY-MET-PRO-ARG-GLY-ALA
  • SPBc2 prophage-derived uncharacterized protein YopK
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Arbitrium peptide receptor / SPbeta phage
機能・相同性: / AimR transcriptional regulator-like / SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YopK
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Marina, A. / Gallego del Sol, F.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Deciphering the Molecular Mechanism Underpinning Phage Arbitrium Communication Systems.
著者: Gallego Del Sol, F. / Penades, J.R. / Marina, A.
履歴
登録2018年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPBc2 prophage-derived uncharacterized protein YopK
B: SPBc2 prophage-derived uncharacterized protein YopK
C: GLY-MET-PRO-ARG-GLY-ALA
D: GLY-MET-PRO-ARG-GLY-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,15523
ポリマ－93,3304
非ポリマー1,82519
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7070 Å2
ΔGint-258 kcal/mol
Surface area35060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.340, 94.340, 249.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1 - 386
2010B1 - 386

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要素

#1: タンパク質 SPBc2 prophage-derived uncharacterized protein YopK


分子量: 46076.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: yopK, BSU20860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O31927
#2: タンパク質・ペプチド GLY-MET-PRO-ARG-GLY-ALA


分子量: 588.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.79 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: peg 3500, ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→88.262 Å / Num. obs: 52488 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.9 % / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.28→2.32 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.28→88.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 15.005 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.192 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22577 2646 5 %RANDOM
Rwork0.19044 ---
obs0.19222 49841 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 60.556 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å20 Å20 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→88.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6446 0 95 163 6704
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196646
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6731.9958950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4155782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.35925.389334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.491151194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.211528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2986
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5475.4963137
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.888.2353916
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1855.9713509
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.8674.3549822
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 26400 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.339 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 184 -
Rwork0.294 3627 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1109-0.08420.05020.0742-0.07060.3684-0.02620.0219-0.02010.0247-0.01190.0052-0.0522-0.06420.03810.01760.0141-0.00370.0373-0.01530.014939.916432.542839.6624
20.2703-0.1147-0.0680.10560.00870.05790.01390.0067-0.0202-0.0235-0.00170.0150.00330.0006-0.01210.02220.01460.00430.01350.00480.019519.119815.151173.3153
300000000000000-00.0226000.022600.0226000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 386
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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