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- PDB-6hn1: Complex of Caprine Serum Albumin with diclofenac -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hn1
タイトルComplex of Caprine Serum Albumin with diclofenac
要素Albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Caprine serum albumin / Goat serum albumin / diclofenac / nonsteroidal anti-inflammatory drugs
機能・相同性
機能・相同性情報


blood microparticle / lipid binding / extracellular space / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-[2,6-DICHLOROPHENYL)AMINO]BENZENEACETIC ACID / Albumin / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Capra hircus (ヤギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Talaj, J.A. / Bujacz, A. / Bujacz, G.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
2013/11/B/ST5/02271 ポーランド
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Structural Investigation of Diclofenac Binding to Ovine, Caprine, and Leporine Serum Albumins.
著者: Talaj, J.A. / Zielinski, K. / Bujacz, A.
履歴
登録2018年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2258
ポリマ－66,4131
非ポリマー1,8127
水9,026501
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area26970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.960, 66.280, 212.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Albumin


分子量: 66412.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Capra hircus (ヤギ) / 参照: UniProt: B3VHM9, UniProt: A0A452F7K4*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-DIF / 2-[2,6-DICHLOROPHENYL)AMINO]BENZENEACETIC ACID / DICLOFENAC / ジクロフェナク


分子量: 296.149 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11Cl2NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗炎症剤, 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.11 % / 解説: rhomboid prism
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Jeffamine ED2001, citric buffer pH 5.0, BaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月24日
放射モノクロメーター: Si 1 1 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 85408 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 28.027 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 22.13
反射 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.726 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 13473 / CC1/2: 0.669 / % possible all: 91.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ORI

5ori


解像度: 1.55→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.833 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.094 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23853 1111 1.3 %RANDOM
Rwork0.16481 ---
obs0.16579 84295 97.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.027 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.54 Å2-0 Å2
3---1.23 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4643 0 115 501 5259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0194960
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.024643
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9811.9266725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1782.98810800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0275608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.40124.956228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.67415901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1151524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0215550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.021090
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1692.5012357
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1682.52356
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0713.7562951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0713.7572952
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.442.9682603
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.4392.9682604
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2174.293762
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.57621.7376310
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.46121.4166087
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.59839603
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.7325136
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.92959837
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 70 -
Rwork0.256 5650 -
obs--90.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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