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- PDB-6hmz: Crystal Structure of a Single-Domain Cyclophilin from Brassica na... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hmz
タイトルCrystal Structure of a Single-Domain Cyclophilin from Brassica napus Phloem Sap
要素
  • Cyclosporin
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE / Peptidyl-Prolyl cis/trans Isomerase / Phloem Sap / CYP-like Domain / Cyclophilin Diversity / Cyclosporin A
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclosporin A binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Brassica napus (セイヨウアブラナ)
Tolypocladium inflatum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Falke, S. / Hanhart, P. / Garbe, M. / Thiess, M. / Betzel, C. / Kehr, J.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
European CommissionPCIG14-GA-2013-63 0734 ドイツ
LFF-GK06 (DELIGRAH) ドイツ
German Research FoundationDFG KE 856_6-1 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Enzyme activity and structural features of three single-domain phloem cyclophilins from Brassica napus.
著者: Hanhart, P. / Falke, S. / Garbe, M. / Rose, V. / Thiess, M. / Betzel, C. / Kehr, J.
履歴
登録2018年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
A: Cyclosporin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7184
ポリマ－20,5922
非ポリマー1262
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering, SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area7870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.580, 86.580, 119.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-301-

HOH

21X-316-

HOH

31X-346-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase


分子量: 19371.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brassica napus (セイヨウアブラナ)
遺伝子: BnaA09g35540D, GSBRNA2T00037123001 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A078GRH6, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質・ペプチド Cyclosporin


分子量: 1220.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tolypocladium inflatum (菌類)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.91 %
解説: Bipyramidal crystals grew to a maximum size of approximately 0.2 mm in all three dimensions within three weeks.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: The protein concentration was adjusted to 10 mg/ml. The protein solution was supplemented with cyclosporin A at a molar ratio of 2:1 and mixed with the reservoir solution containing 2.4 M sodium malonate, pH 7.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.977→70.12 Å / Num. obs: 16197 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.112 / Rsym value: 0.101 / Net I/av σ(I): 6.1 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.98-2.085.90.4661.623300.210.5130.466100
2.08-2.215.60.372222030.1720.4120.372100
2.21-2.365.50.2972.420740.1360.3280.29799.8
2.36-2.555.80.233.119370.1020.2520.2399.9
2.55-2.85.30.18417880.0850.20.1899.9
2.8-3.135.90.1215.816330.0540.1330.121100
3.13-3.615.30.0768.614470.0350.0840.07699.7
3.61-4.425.90.0512.512330.0220.0550.0599.8
4.42-6.255.30.04812.39780.0230.0530.04899.3
6.25-70.125.20.03411.35740.0170.0380.03498.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation36.82 Å2.12 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP11.1.00位相決定
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLM7.1.1データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4jjm

4jjm


解像度: 1.98→70.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.747 / SU ML: 0.121 / SU R Cruickshank DPI: 0.1419 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.137
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2231 813 5 %RANDOM
Rwork0.1838 ---
obs0.1856 15368 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.8 Å2 / Biso mean: 33.262 Å2 / Biso min: 16.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.68 Å2-0 Å20 Å2
2--1.68 Å2-0 Å2
3----3.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→70.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1279 0 93 50 1422
Biso mean--33.81 31.21 -
残基数----170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0191396
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0112.0161881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15733120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3895169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.62624.28656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.96815221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.449156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1540.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02315
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 77 -
Rwork0.338 1092 -
all-1169 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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