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万見
- PDB-6hm2: Structure in P1 form of the PBP AgtB in complex with agropinic ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hm2
タイトルStructure in P1 form of the PBP AgtB in complex with agropinic acid from A.tumefacien R10
要素Agropine permease
キーワードTRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein / ABC transporter
機能・相同性Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / agropinic acid / :
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium tumefaciens LBA4213
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Morera, S. / Marty, L. / Vigouroux, A.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for two efficient modes of agropinic acid opine import into the bacterial pathogenAgrobacterium tumefaciens.
著者: Marty, L. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Pelissier, F. / Meyer, T. / Lavire, C. / Dessaux, Y. / Morera, S.
履歴
登録2018年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agropine permease
B: Agropine permease
C: Agropine permease
D: Agropine permease
E: Agropine permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,56623
ポリマ－186,4595
非ポリマー2,10718
水18,3571019
1
A: Agropine permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7305
ポリマ－37,2921
非ポリマー4384
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Agropine permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7305
ポリマ－37,2921
非ポリマー4384
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Agropine permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7305
ポリマ－37,2921
非ポリマー4384
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Agropine permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7926
ポリマ－37,2921
非ポリマー5005
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Agropine permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5832
ポリマ－37,2921
非ポリマー2911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.570, 86.310, 106.520
Angle α, β, γ (deg.)71.14, 81.00, 76.32
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Agropine permease


分子量: 37291.898 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens LBA4213 (Ach5) (植物への病原性)
遺伝子: agtB, X971_5368 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8FRA6
#2: 化合物
ChemComp-G9Z / agropinic acid


分子量: 291.255 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17NO8
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1019 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶溶媒含有率: 32.87 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 8K, 0.1 M Tris, 0.2 M CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 129664 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 24.08 Å2 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 7.58
反射 シェル解像度: 1.74→1.85 Å / Rsym value: 0.897

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L9G

5l9g


解像度: 1.74→49.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU R Cruickshank DPI: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.127 / SU Rfree Blow DPI: 0.112 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.113
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 6483 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.175 129660 95.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6952 Å2-1.3358 Å2-0.2852 Å2
2--2.3886 Å20.617 Å2
3----6.0838 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.74→49.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12075 0 140 1019 13234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112509HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9817021HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4110SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2106HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12509HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.81
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1613SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15895SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.76 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 129 4.97 %
Rwork0.2744 2465 -
all0.2742 2594 -
obs--62.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61810.20150.13951.11190.39360.4555-0.0231-0.06360.01570.02490.0217-0.04940.0142-0.00680.0015-0.11270.0111-0.0052-0.12320.0063-0.106219.7316-26.30718.0366
20.5808-0.2346-0.11710.89960.23180.342-0.01630.0554-0.0269-0.03260.0186-0.0161-0.0247-0.0168-0.0023-0.1172-0.0019-0.0087-0.1170-0.099640.0436-59.9664-17.0316
30.47030.09630.03390.30480.11441.2410.027-0.0753-0.03340.05210.0068-0.0251-0.0060.0261-0.0338-0.10470.0123-0.0142-0.12530.0139-0.11312.3353-68.381523.3027
40.4145-0.1305-0.03520.46310.24731.01020.03870.05630.0171-0.04340.0112-0.026-0.00060.0143-0.0499-0.10810.0043-0.0022-0.12330.0117-0.110832.4164-18.0726-22.3201
53.85770.40043.75663.5089-1.79968.8926-0.09840.77990.2348-0.36090.28490.18930.53180.3914-0.18650.1432-0.0844-0.0550.15160.0658-0.203117.2209-54.6602-46.1018
60.19230.0628-0.09320.534-0.07870.14490.00520.0595-0.0007-0.08920.0301-0.02310.0147-0.0145-0.0353-0.10640.0015-0.0530.0137-0.0167-0.034324.8461-46.8609-8.6661
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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