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- PDB-6hm2: Structure in P1 form of the PBP AgtB in complex with agropinic ac... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hm2 | ||||||
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Title | Structure in P1 form of the PBP AgtB in complex with agropinic acid from A.tumefacien R10 | ||||||
![]() | Agropine permease | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein / ABC transporter | ||||||
Function / homology | Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / agropinic acid / : ![]() | ||||||
Biological species | Agrobacterium tumefaciens LBA4213 | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Morera, S. / Marty, L. / Vigouroux, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for two efficient modes of agropinic acid opine import into the bacterial pathogenAgrobacterium tumefaciens. Authors: Marty, L. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Pelissier, F. / Meyer, T. / Lavire, C. / Dessaux, Y. / Morera, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 625.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 516.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.9 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 66.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 95.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6hlxC ![]() 6hlyC ![]() 6hlzC ![]() 5l9gS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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5 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 37291.898 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: agtB, X971_5368 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-G9Z / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density % sol: 32.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: PEG 8K, 0.1 M Tris, 0.2 M CaCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 15, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.74→50 Å / Num. obs: 129664 / % possible obs: 95.6 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 24.08 Å2 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 7.58 |
Reflection shell | Resolution: 1.74→1.85 Å / Rsym value: 0.897 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5L9G Resolution: 1.74→49.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU R Cruickshank DPI: 0.127 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.127 / SU Rfree Blow DPI: 0.112 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.113
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Displacement parameters | Biso mean: 36.62 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.74→49.73 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.74→1.76 Å / Total num. of bins used: 50
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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