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- PDB-6hm1: Structural and thermodynamic signatures of ligand binding to an e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hm1
タイトルStructural and thermodynamic signatures of ligand binding to an enigmatic chitinase-D from Serratia proteamaculans
要素Glycoside hydrolase family 18
キーワードHYDROLASE / Chitinase / CARBOHYDRATE
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / Chitinase A; domain 3 ...Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Roll / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Allosamidin / ALLOSAMIDIN / Glycoside hydrolase family 18
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia proteamaculans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Madhuprakash, J. / Dalhus, B. / Vaaje-Kolstad, G. / Eijsink, V.G.H. / Sorlie, M.
資金援助 ノルウェー, インド, 3件
組織認可番号国
Research Council of Norway221576, 247001 and 247730 ノルウェー
2015095 ノルウェー
IFA16-LSPA 40 インド
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2019
タイトル: Structural and Thermodynamic Signatures of Ligand Binding to the Enigmatic Chitinase D of Serratia proteamaculans.
著者: Madhuprakash, J. / Dalhus, B. / Vaaje-Kolstad, G. / Sakuda, S. / Podile, A.R. / Eijsink, V.G.H. / Sorlie, M.
履歴
登録2018年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年3月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_molecule / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_solvent_atom_site_mapping / pdbx_validate_close_contact / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.pdbx_auth_seq_id / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_solvent_atom_site_mapping.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_num_res / _struct_site_gen.site_id
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0115
ポリマ－44,2021
非ポリマー8094
水7,819434
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area16320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.777, 62.855, 103.183
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 18


分子量: 44201.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Serratia proteamaculans (strain 568) (バクテリア)
株: 568 / 遺伝子: Spro_2725 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8GFD6
#2: 化合物 ChemComp-AO3 / ALLOSAMIDIN / (3AR,4R,5R,6S,6AS)-2-(DIMETHYLAMINO)-3A,5,6,6A-TETRAHYDRO-4-HYDROXY-6-(HYDROXYMETHYL)-4H-CYCLOPENTOXAZOL-5-YL-2-(ACETYL AMINO)-4-O-[2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-BETA-D-ALLOPYRANOSYL]-2-DEOXY-BETA-D-ALLOPYRANOSIDE / アロサミジン


タイプ: Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 622.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H42N4O14 / 参照: Allosamidin
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5 and 20% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97319 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→43.69 Å / Num. obs: 57471 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.54→1.6 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.603 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 5508 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4nzc

4nzc


解像度: 1.54→43.69 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.97
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 2909 5.07 %Random
Rwork0.169 ---
obs0.1706 57431 97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→43.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3041 0 55 434 3530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8294332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7671861
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052473
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006555
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5401-1.56530.31311250.28652513X-RAY DIFFRACTION95
1.5653-1.59230.30281470.25942560X-RAY DIFFRACTION97
1.5923-1.62130.26921450.24562589X-RAY DIFFRACTION99
1.6213-1.65240.26251420.23832637X-RAY DIFFRACTION99
1.6524-1.68620.26641350.21432629X-RAY DIFFRACTION99
1.6862-1.72280.28481460.20922592X-RAY DIFFRACTION99
1.7228-1.76290.24651500.20682601X-RAY DIFFRACTION99
1.7629-1.8070.24491370.18832628X-RAY DIFFRACTION98
1.807-1.85590.22571370.18952582X-RAY DIFFRACTION98
1.8559-1.91050.2191400.18182514X-RAY DIFFRACTION95
1.9105-1.97210.21121260.18092640X-RAY DIFFRACTION99
1.9721-2.04260.21191350.16962626X-RAY DIFFRACTION99
2.0426-2.12440.21591450.16952599X-RAY DIFFRACTION98
2.1244-2.22110.22031700.16672584X-RAY DIFFRACTION98
2.2211-2.33820.21981420.16252598X-RAY DIFFRACTION97
2.3382-2.48470.19981210.16792522X-RAY DIFFRACTION94
2.4847-2.67650.18421180.1722649X-RAY DIFFRACTION97
2.6765-2.94580.21791470.16782614X-RAY DIFFRACTION97
2.9458-3.37190.18831310.15842601X-RAY DIFFRACTION95
3.3719-4.24770.16261340.13692572X-RAY DIFFRACTION94
4.2477-43.70960.15151360.14542672X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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