PDB-6hly: Structure in P212121 form of the PBP AgtB in complex with agropin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hly

タイトル

Structure in P212121 form of the PBP AgtB in complex with agropinic acid from A.tumefacien R10

要素

Agropine permease

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein / ABC transporter

機能・相同性

Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / agropinic acid / :

機能・相同性情報

生物種

Agrobacterium tumefaciens LBA4213

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Morera, S. / Marty, L. / Vigouroux, A.

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for two efficient modes of agropinic acid opine import into the bacterial pathogenAgrobacterium tumefaciens.
著者: Marty, L. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Pelissier, F. / Meyer, T. / Lavire, C. / Dessaux, Y. / Morera, S.

履歴

登録	2018年9月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hly.cif.gz	145.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hly.ent.gz	112.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hly.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hly_validation.pdf.gz	748.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hly_full_validation.pdf.gz	748.9 KB	表示
XML形式データ	6hly_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	6hly_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/6hly ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/6hly	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hlxC 6hlzC 6hm2C 5l9gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tg3-4 1eh3-d 6hm2-2 3vvh-1 5t1t-1 6lv0-1 5kx8-2 4usd-1 3dv3-d 2c91-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Agropine permease

ヘテロ分子

38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.860, 108.930, 64.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Agropine permease 分子量: 37291.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens LBA4213 (Ach5) (植物への病原性) 遺伝子: agtB, X971_5368 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8FRA6
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-G9Z / agropinic acid 分子量: 291.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇NO₈
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.03 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4K, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 57167 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 22.46 Å² / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.4→1.48 Å / R_sym value: 0.951

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5L9G

5l9g

解像度: 1.4→20.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU R Cruickshank DPI: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.067 / SU R_free Blow DPI: 0.069 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.067

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	2858	5 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
obs	0.184	57146	99.2 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7609 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.8713 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.6322 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.4→20.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2469	0	56	291	2816

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2604	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.03	3532	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		859	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		438	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2604	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.78
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.72
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		331	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3370	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.41 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2571	-	4.99 %
R_work	0.2808	1086	-
all	0.2796	1143	-
obs	-	-	85.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 53.6781 Å / Origin y: 11.7804 Å / Origin z: 78.3646 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0566 Å²	0.0035 Å²	-0.0049 Å²	-	-0.078 Å²	-0.0029 Å²	-	-	-0.0722 Å²
L	0.8522 °²	-0.1136 °²	-0.0622 °²	-	1.6727 °²	-0.162 °²	-	-	0.4774 °²
S	0.0328 Å °	-0.0281 Å °	-0.1158 Å °	-0.1081 Å °	-0.0154 Å °	0.0216 Å °	0.0761 Å °	0.0156 Å °	-0.0174 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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