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- PDB-6hlp: Crystal structure of the Neurokinin 1 receptor in complex with th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hlp
タイトルCrystal structure of the Neurokinin 1 receptor in complex with the small molecule antagonist Netupitant
要素Substance-P receptor,Substance-P receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / 7-TM / GPCR / Signalling protein
機能・相同性
機能・相同性情報


substance P receptor activity / tachykinin receptor activity / positive regulation of flagellated sperm motility / aggressive behavior / Tachykinin receptors bind tachykinins / sperm ejaculation / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / detection of abiotic stimulus / operant conditioning ...substance P receptor activity / tachykinin receptor activity / positive regulation of flagellated sperm motility / aggressive behavior / Tachykinin receptors bind tachykinins / sperm ejaculation / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / detection of abiotic stimulus / operant conditioning / positive regulation of lymphocyte proliferation / tachykinin receptor signaling pathway / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / response to ozone / sperm head / response to auditory stimulus / positive regulation of action potential / positive regulation of hormone secretion / smooth muscle contraction involved in micturition / regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of blood pressure / positive regulation of vascular permeability / positive regulation of ossification / regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of leukocyte migration / eating behavior / behavioral response to pain / associative learning / angiotensin-mediated drinking behavior / sperm flagellum / positive regulation of epithelial cell migration / response to electrical stimulus / long-term memory / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of stress fiber assembly / sperm midpiece / response to progesterone / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / response to nicotine / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / response to estradiol / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cell body / response to ethanol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / postsynaptic membrane / inflammatory response / dendrite / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurokinin NK1 receptor / Neurokinin receptor / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM ...Neurokinin NK1 receptor / Neurokinin receptor / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-GAW / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Substance-P receptor / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Schoppe, J. / Ehrenmann, J. / Klenk, C. / Rucktooa, P. / Schutz, M. / Dore, A.S. / Pluckthun, A.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_153143 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of the human neurokinin 1 receptor in complex with clinically used antagonists.
著者: Schoppe, J. / Ehrenmann, J. / Klenk, C. / Rucktooa, P. / Schutz, M. / Dore, A.S. / Pluckthun, A.
履歴
登録2018年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Substance-P receptor,Substance-P receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,50443
ポリマ－59,1481
非ポリマー8,35642
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Protein elutes as a monomeric peak on size exclusion chromatography.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9630 Å2
ΔGint66 kcal/mol
Surface area24330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.658, 76.571, 166.035
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Substance-P receptor,Substance-P receptor / SPR / NK-1 receptor / NK-1R / Tachykinin receptor 1


分子量: 59148.160 Da / 分子数: 1
変異: L74A; V116I; A144L; M181K; A215L; W224R; K243A,L74A; V116I; A144L; M181K; A215L; W224R; K243A,L74A; V116I; A144L; M181K; A215L; W224R; K243A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
遺伝子: TACR1, NK1R, TAC1R
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P25103, UniProt: Q9V2J8

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非ポリマー , 6種, 116分子

#2: 化合物 ChemComp-GAW / 2-[3,5-bis(trifluoromethyl)phenyl]-~{N},2-dimethyl-~{N}-[4-(2-methylphenyl)-6-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl]propanamide / ネツピタント


分子量: 578.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H32F6N4O / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物...
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.67 % / 解説: Star-shaped.
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 100 mM sodium citrate pH 6.0, 31% (v/v) PEG400, 40-50 mM Mg(HCO2)2 and 50 uM netupitant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.06795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.5 Å / Num. obs: 40792 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.5 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 18.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3452 / CC1/2: 0.666 / Rpim(I) all: 0.747 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZJC

4zjc


解像度: 2.2→29.236 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2251 1977 4.86 %
Rwork0.2026 --
obs0.2037 40668 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.236 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3882 0 440 74 4396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044385
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7015810
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5642602
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005689
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.25510.30591230.29852697X-RAY DIFFRACTION100
2.2551-2.31610.31241230.27552726X-RAY DIFFRACTION100
2.3161-2.38420.36931480.2652738X-RAY DIFFRACTION100
2.3842-2.46110.26621370.24462739X-RAY DIFFRACTION100
2.4611-2.54910.281330.2292715X-RAY DIFFRACTION100
2.5491-2.6510.1931450.21482742X-RAY DIFFRACTION100
2.651-2.77160.2471430.19842721X-RAY DIFFRACTION100
2.7716-2.91760.24611440.2012758X-RAY DIFFRACTION100
2.9176-3.10020.21241290.2072767X-RAY DIFFRACTION100
3.1002-3.33930.22851660.2162742X-RAY DIFFRACTION100
3.3393-3.67470.25221520.20082765X-RAY DIFFRACTION100
3.6747-4.20510.21041410.18352784X-RAY DIFFRACTION100
4.2051-5.29290.16791310.18012847X-RAY DIFFRACTION100
5.2929-29.2390.22381620.19412950X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.9767 Å / Origin y: -11.0651 Å / Origin z: 57.5226 Å
111213212223313233
T0.4174 Å20.0011 Å2-0.0092 Å2-0.4087 Å2-0.031 Å2--0.4743 Å2
L0.3916 °2-0.1394 °20.348 °2-1.1169 °2-1.5416 °2--2.8662 °2
S0.0372 Å °-0.0375 Å °0.0181 Å °-0.0056 Å °0.0042 Å °0.0155 Å °0.0462 Å °0.0605 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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