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万見
- PDB-6hlf: X-ray structure of Lactobacillus brevis alcohol dehydrogenase mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hlf
タイトルX-ray structure of Lactobacillus brevis alcohol dehydrogenase mutant - K32A
要素R-specific alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / short chain reductases/dehydrogenases / magnesium dependence / R-specific alcohol dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / R-specific alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus brevis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Hermann, J. / Nowotny, P. / Schneider, S. / Hekmat, D. / Weuster-Botz, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SPP 1934 ドイツ
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2019
タイトル: Rational Crystal Contact Engineering of Lactobacillus brevis Alcohol Dehydrogenase To Promote Technical Protein Crystallization
著者: Nowotny, P. / Hermann, J. / Li, J. / Krautenbacher, A. / Klopfer, K. / Hekmat, D. / Weuster-Botz, D.
履歴
登録2018年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年10月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_type ...atom_site / atom_type / diffrn / entity / pdbx_audit_support / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.pdbx_number_of_molecules ..._diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _software.version / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Ligand identity / 詳細: Replaced a O (HOH) partially by Mg / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9204
ポリマ－27,8161
非ポリマー1043
水5,459303
1
A: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,67916
ポリマ－111,2654
非ポリマー41412
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area14650 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area32180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.580, 81.780, 114.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

MG

21A-302-

MN

31A-303-

MG

41A-462-

HOH

51A-569-

HOH

61A-574-

HOH

71A-583-

HOH

81A-681-

HOH

91A-689-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 R-specific alcohol dehydrogenase


分子量: 27816.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア)
遺伝子: radh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84EX5
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: Protein solution (30 g LbADH L -1 , 20 mM HEPES/NaOH pH 7.0, 1 mM MgCl 2 and precipitation buffer (1 mM Tris/HCl pH 7.5, 50 mM MgCl 2 and 273 mM PEG 550 MME)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.968 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→45.97 Å / Num. obs: 38205 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 23.28 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08059 / Rpim(I) all: 0.02802 / Rrim(I) all: 0.08545 / Net I/σ(I): 17.07
反射 シェル解像度: 1.552→1.608 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 2.356 / Mean I/σ(I) obs: 0.74 / Num. unique obs: 3772 / CC1/2: 0.405 / Rpim(I) all: 0.8105 / Rrim(I) all: 2.494 / % possible all: 97.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6h07

6h07


解像度: 1.55→45.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.052 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1965 1913 5 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.1732 36331 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.94 Å2 / Biso mean: 21.68 Å2 / Biso min: 13.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.18 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.38 Å20 Å2
3----1.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→45.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1867 0 3 303 2173
Biso mean--35.21 36.3 -
残基数----251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0132058
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.6342803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4581.5844427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0655280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.58423.88990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.115349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.291158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02442
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.589 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.702 130 -
Rwork0.724 2456 -
obs--92.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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