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万見
- PDB-6hl3: wild-type NuoEF from Aquifex aeolicus - oxidized form bound to NAD+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hl3
タイトルwild-type NuoEF from Aquifex aeolicus - oxidized form bound to NAD+
要素(NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 2
キーワードELECTRON TRANSPORT / Complex I / NuoEF / electron transfer / Aquifex aeolicus
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #600 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region ...Ubiquitin-like (UB roll) - #600 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NuoE domain / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / Ubiquitin-like (UB roll) / Thioredoxin-like superfamily / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH-quinone oxidoreductase subunit E
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Gerhardt, S. / Friedrich, T. / Einsle, O. / Gnandt, E. / Schulte, M. / Fiegen, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationRTG 2202 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A mechanism to prevent production of reactive oxygen species by Escherichia coli respiratory complex I.
著者: Schulte, M. / Frick, K. / Gnandt, E. / Jurkovic, S. / Burschel, S. / Labatzke, R. / Aierstock, K. / Fiegen, D. / Wohlwend, D. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Friedrich, T.
履歴
登録2018年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
B: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
C: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
D: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,60024
ポリマ－134,1944
非ポリマー4,40620
水9,548530
1
A: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
B: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,43214
ポリマ－67,0972
非ポリマー2,33512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7780 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area21720 Å2
手法PISA
2
C: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
D: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,16910
ポリマ－67,0972
非ポリマー2,0728
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area21520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.514, 115.759, 189.635
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E


分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: 63363 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66842, NADH dehydrogenase (quinone)
#2: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH dehydrogenase I subunit F / NDH-1 subunit F


分子量: 48523.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: incl. C-terminal 6xHis-tag / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: nuoF, aq_573 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66841, NADH dehydrogenase (quinone)

-
非ポリマー , 9種, 550分子

#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#7: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#8: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#9: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 化合物 ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS


分子量: 209.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 0.1 M Tris/HCl 0.1 M Sodium citrate / PH範囲: 6.9 - 7.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5479 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5479 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.036→73.35 Å / Num. obs: 88168 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 30.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.036→2.15 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.904 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.904 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless(version 0.5.14)データスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER2.10.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IN-HOUSE

解像度: 2.04→73.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9344 / SU R Cruickshank DPI: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.164 / SU Rfree Blow DPI: 0.14 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.139
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2026 4365 4.98 %RANDOM
Rwork0.1731 ---
obs0.1746 87576 97.48 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.1897 Å20 Å20 Å2
2---2.9913 Å20 Å2
3---6.181 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.247 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→73.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9073 0 234 530 9837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0089537HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9312945HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3307SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes230HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1433HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9537HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.37
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1199SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11560SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2366 333 5.34 %
Rwork0.2164 5907 -
all0.2175 6240 -
obs--95.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.10280.5320.09650.4440.00651.26890.17-0.1908-0.30390.1237-0.0233-0.10790.5442-0.0824-0.14670.0993-0.0147-0.113-0.14960.0269-0.079536.0455-10.659659.7178
20.9328-0.03680.28630.37790.16761.90950.0271-0.08910.03280.01160.0139-0.0087-0.0501-0.0586-0.041-0.0630.0179-0.0153-0.1057-0.0197-0.081437.704812.745954.5914
31.3925-0.47090.13420.3598-0.07491.41390.12590.35110.4477-0.1342-0.0562-0.0748-0.5442-0.1691-0.06970.05110.0410.0611-0.11970.0594-0.0954.021311.279312.5386
41.14220.01190.18670.28830.17082.14480.08960.0653-0.08260.0144-0.0185-0.02780.1601-0.1801-0.0711-0.0671-0.0354-0.0084-0.0885-0.0036-0.10875.6116-12.028418.1891
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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