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- PDB-6hk5: X-ray structure of a truncated mutant of the metallochaperone Coo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hk5
タイトルX-ray structure of a truncated mutant of the metallochaperone CooJ with a high-affinity nickel-binding site
要素CooJ
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / metallochaperone / nickel-binding
機能・相同性metal ion binding / NICKEL (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 3,3',3''-phosphoryltripropanoic acid / CooJ
機能・相同性情報
生物種Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.042 Å
データ登録者Alfano, M. / Perard, J. / Basset, C. / Carpentier, P. / Zambelli, B. / Timm, J. / Crouzy, S. / Ciurli, S. / Cavazza, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: The carbon monoxide dehydrogenase accessory protein CooJ is a histidine-rich multidomain dimer containing an unexpected Ni(II)-binding site.
著者: Alfano, M. / Perard, J. / Carpentier, P. / Basset, C. / Zambelli, B. / Timm, J. / Crouzy, S. / Ciurli, S. / Cavazza, C.
履歴
登録2018年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: CooJ
C: CooJ
E: CooJ
G: CooJ
A: CooJ
D: CooJ
F: CooJ
H: CooJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,07222
ポリマ－60,8508
非ポリマー1,22214
水5,405300
1
B: CooJ
C: CooJ
E: CooJ
G: CooJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,79511
ポリマ－30,4254
非ポリマー3707
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8210 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area12450 Å2
手法PISA
2
B: CooJ
C: CooJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5829
ポリマ－15,2122
非ポリマー3707
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area6980 Å2
手法PISA
3
E: CooJ
G: CooJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2122
ポリマ－15,2122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area7060 Å2
手法PISA
4
A: CooJ
D: CooJ
F: CooJ
H: CooJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,27711
ポリマ－30,4254
非ポリマー8527
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8690 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area12260 Å2
手法PISA
5
A: CooJ
D: CooJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0659
ポリマ－15,2122
非ポリマー8527
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area7200 Å2
手法PISA
6
F: CooJ
H: CooJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2122
ポリマ－15,2122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area6810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.800, 74.280, 70.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 BCEGADFH

#1: タンパク質
CooJ


分子量: 7606.244 Da / 分子数: 8 / 断片: Residues 1-68 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
遺伝子: cooJ / プラスミド: pET15b
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P72321

-
非ポリマー , 7種, 314分子

#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物 ChemComp-Z3P / 3,3',3''-phosphoryltripropanoic acid


分子量: 266.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15O7P
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.1 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: protein concentration of 10 mgmL-1 and 1 equivalent of Ni(II) per dimer, crystals were grown in 16% PEG3350 and 0.2 M calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→46.746 Å / Num. obs: 30586 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 31.4 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.04→2.16 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 4749 / CC1/2: 0.691 / Rrim(I) all: 0.88 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.042→46.746 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2585 1409 4.61 %
Rwork0.1996 --
obs0.2024 30586 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.042→46.746 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3768 0 63 300 4131
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073885
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d15214
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1522348
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04594
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005690
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0417-2.11470.38961230.29892768X-RAY DIFFRACTION95
2.1147-2.19930.30081320.24482919X-RAY DIFFRACTION100
2.1993-2.29940.28771560.22312922X-RAY DIFFRACTION100
2.2994-2.42070.31481400.20962917X-RAY DIFFRACTION100
2.4207-2.57230.2661560.20852910X-RAY DIFFRACTION100
2.5723-2.77090.27571310.20782951X-RAY DIFFRACTION100
2.7709-3.04970.29361470.20772908X-RAY DIFFRACTION100
3.0497-3.49090.23941490.19942932X-RAY DIFFRACTION100
3.4909-4.39760.24251390.16942962X-RAY DIFFRACTION100
4.3976-46.75870.21471360.18842988X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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