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- PDB-6hk1: Crystal structure of the Thiazole synthase from Methanothermococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hk1
タイトルCrystal structure of the Thiazole synthase from Methanothermococcus thermolithotrophicus co-crystallized with Tb-Xo4
要素Thiazole synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / native purification / de novo phasing / nucleating agent / crystallophore / Tb-Xo4 / Lanthanide complex / molecular glue
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfide-dependent adenosine diphosphate thiazole synthase / thiazole biosynthetic process / pentosyltransferase activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiazole biosynthetic enzyme, prokaryotic / Thiazole biosynthetic enzyme Thi4 family / Thi4 family / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-48F / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / TERBIUM(III) ION / Thiamine thiazole synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermococcus thermolithotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Engilberge, S. / Wagner, T. / Santoni, G. / Breyton, C. / Shima, S. / Franzetti, B. / Riobe, F. / Maury, O. / Girard, E.
資金援助 フランス, ドイツ, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-13-BS07-0007-01 フランス
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2019
タイトル: Protein crystal structure determination with the crystallophore, a nucleating and phasing agent.
著者: Engilberge, S. / Wagner, T. / Santoni, G. / Breyton, C. / Shima, S. / Franzetti, B. / Riobe, F. / Maury, O. / Girard, E.
履歴
登録2018年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiazole synthase
B: Thiazole synthase
C: Thiazole synthase
D: Thiazole synthase
E: Thiazole synthase
F: Thiazole synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,44068
ポリマ－167,5336
非ポリマー11,90762
水7,728429
1
A: Thiazole synthase
E: Thiazole synthase
ヘテロ分子

A: Thiazole synthase
E: Thiazole synthase
ヘテロ分子

A: Thiazole synthase
E: Thiazole synthase
ヘテロ分子

A: Thiazole synthase
E: Thiazole synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,135124
ポリマ－223,3788
非ポリマー20,757116
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area48670 Å2
ΔGint-369 kcal/mol
Surface area64070 Å2
手法PISA
2
B: Thiazole synthase
C: Thiazole synthase
D: Thiazole synthase
F: Thiazole synthase
ヘテロ分子

B: Thiazole synthase
C: Thiazole synthase
D: Thiazole synthase
F: Thiazole synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,81374
ポリマ－223,3788
非ポリマー13,43566
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area45060 Å2
ΔGint-326 kcal/mol
Surface area63070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)216.863, 216.863, 207.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Thiazole synthase


分子量: 27922.209 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus (古細菌)
参照: UniProt: A0A5H1ZR31*PLUS

-
非ポリマー , 7種, 491分子

#2: 化合物...
ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb
#3: 化合物
ChemComp-48F / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3R)-2,3,5-tris(oxidanyl)-4-oxidanylidene-pentyl] hydrogen phosphate


分子量: 559.316 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 44 % PEE 797, 100 mM HEPES pH 8.0, 10 mM TbXo4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.64 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.64 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→49.09 Å / Num. obs: 79226 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 39.8 % / Biso Wilson estimate: 68.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.34 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rpim(I) all: 0.46 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.55→49.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.313 / SU Rfree Blow DPI: 0.213
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 3959 5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.19 79226 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1668 Å20 Å20 Å2
2--2.1668 Å20 Å2
3----4.3336 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.55→49.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11652 0 330 438 12420
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00523979HARMONIC6
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9243485HARMONIC6
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5489SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3671HARMONIC30
X-RAY DIFFRACTIONt_it23979HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.24
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1574SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact25665SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.61 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2671 264 4.94 %
Rwork0.2544 5080 -
all0.255 5344 -
obs--91.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1090.078-0.11930.4077-0.14030.2742-0.00740.02730.0486-0.0389-0.00450.09220.0234-0.06640.0119-0.04860.0309-0.022-0.03580.013-0.0455-21.947217.543337.6661
20.1384-0.1419-0.03250.476-0.1930.2687-0.0230.06890.0273-0.047-0.0201-0.0695-0.0380.06410.043-0.0797-0.11450.0009-0.03840.0696-0.0569-43.1172-45.996375.926
30.48840.1210.26090.3233-0.12830.34140.0115-0.00540.05860.0482-0.00980.0675-0.0565-0.1133-0.0017-0.0668-0.0184-0.01-0.0793-0.0237-0.0162-83.0808-44.097108.863
40.5136-0.26420.02410.89830.28980.3864-0.03650.12060.0024-0.0502-0.03350.02-0.03930.01060.07-0.0687-0.0928-0.0188-0.04320.0194-0.0826-67.0844-59.389976.1967
50.1209-0.1098-0.01650.4787-0.180.2427-0.0108-0.0393-0.05110.04710.00780.05760.0176-0.05360.0031-0.0671-0.02830.0218-0.04640.0122-0.0351-22.6957-16.591163.5994
60.27080.0895-0.00810.41020.06750.4691-0.0180.06870.09080.0084-0.01030.0122-0.13380.0020.02830.0084-0.0552-0.0707-0.16910.0246-0.0244-64.6289-24.8988101.613
70.32040.3251-0.34320.3612-0.48150.28760.0030.02010.0259-0.0163-0.0138-0.0211-0.0239-0.01680.0108-0.0082-0.03830.016-0.02620.0273-0.0145-46.7808-30.307178.994
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ H|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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