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- PDB-6hit: The crystal structure of haemoglobin from Atlantic cod -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hit
タイトルThe crystal structure of haemoglobin from Atlantic cod
要素
  • Hemoglobin alpha 2 chain
  • Hemoglobin beta 4 chain
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Haemoglobin Atlantic cod Gadus morhua
機能・相同性
機能・相同性情報


haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding ...haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin beta 4 / Hemoglobin alpha 2 / Hemoglobin subunit alpha-2
類似検索 - 構成要素
生物種Gadus morhua (タイセイヨウマダラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Helland, R. / Bjorkeng, E.K. / Rothweiler, U. / Sydnes, M.O. / Pampanin, D.M.
資金援助 ノルウェー, 2件
組織認可番号国
Research Council of Norway229153 ノルウェー
Research Council of Norway247732 ノルウェー
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: The crystal structure of haemoglobin from Atlantic cod.
著者: Helland, R. / Bjorkeng, E.K. / Rothweiler, U. / Sydnes, M.O. / Pampanin, D.M.
履歴
登録2018年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin alpha 2 chain
B: Hemoglobin beta 4 chain
C: Hemoglobin alpha 2 chain
D: Hemoglobin beta 4 chain
E: Hemoglobin alpha 2 chain
F: Hemoglobin beta 4 chain
G: Hemoglobin alpha 2 chain
H: Hemoglobin beta 4 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,16016
ポリマ－128,2288
非ポリマー4,9328
水00
1
A: Hemoglobin alpha 2 chain
B: Hemoglobin beta 4 chain
C: Hemoglobin alpha 2 chain
D: Hemoglobin beta 4 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5808
ポリマ－64,1144
非ポリマー2,4664
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12120 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area22360 Å2
手法PISA
2
E: Hemoglobin alpha 2 chain
F: Hemoglobin beta 4 chain
G: Hemoglobin alpha 2 chain
H: Hemoglobin beta 4 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5808
ポリマ－64,1144
非ポリマー2,4664
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11810 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area22990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.691, 103.257, 199.352
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Hemoglobin alpha 2 chain / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15713.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gadus morhua (タイセイヨウマダラ) / Plasmid details: blood cells / 参照: UniProt: B3F9D9, UniProt: O42425*PLUS
#2: タンパク質
Hemoglobin beta 4 chain / Hemoglobin beta chain


分子量: 16343.712 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gadus morhua (タイセイヨウマダラ) / Plasmid details: blood cells / 参照: UniProt: B3F9D7
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 % / 解説: Thin needles or plates
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Bicine, pH 8.5, 12% PEGMME 5K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 45021 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.5-2.594.40.80943020.5970.4190.91797.3
9.68-47.23.80.0358130.9970.0190.0491.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.47 Å47.2 Å
Translation6.47 Å47.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.26データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homology model

解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 14.23 / SU ML: 0.312 / SU R Cruickshank DPI: 0.6448 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.645 / ESU R Free: 0.35
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3013 2191 4.9 %RANDOM
Rwork0.2323 ---
obs0.2356 42768 98.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 155.28 Å2 / Biso mean: 55.621 Å2 / Biso min: 21.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.49 Å20 Å20 Å2
2---1.09 Å20 Å2
3---2.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8468 0 344 0 8812
Biso mean--57.9 --
残基数----1147
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0199064
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6072.00312471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.073318369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.28451143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.91823.209321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.139151263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7751539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0210361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021998
LS精密化 シェル解像度: 2.499→2.564 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 142 -
Rwork0.327 3047 -
all-3189 -
obs--96.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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