PDB-6hhb: Structure of iron bound IbpS from Dickeya dadantii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hhb

タイトル

Structure of iron bound IbpS from Dickeya dadantii

要素

ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Substrate binding protein Bacterial effector venus fly-trap

機能・相同性

thiamine binding / thiamine transport / thiamine pyrophosphate binding / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / outer membrane-bounded periplasmic space / ACETATE ION / : / ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component

機能・相同性情報

生物種

Dickeya dadantii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.80000342375 Å

データ登録者

Gueguen-Chaignon, V. / Condemine, G. / Terradot, L.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A secreted metal-binding protein protects necrotrophic phytopathogens from reactive oxygen species.
著者: Liu, L. / Gueguen-Chaignon, V. / Goncalves, I.R. / Rascle, C. / Rigault, M. / Dellagi, A. / Loisel, E. / Poussereau, N. / Rodrigue, A. / Terradot, L. / Condemine, G.

履歴

登録	2018年8月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6hhb.ent.gz	464.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6hhb_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
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CIF形式データ	6hhb_validation.cif.gz	85.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/6hhb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/6hhb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6fjlSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hd6-d 1cb6-d 5e3t-1 6cn2-1 6p3k-d 6p59-2 3pmh-d 5edu-2 2c8j-d 5u3t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (2) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component

B: ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component

C: ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component

D: ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component

ヘテロ分子

168 kDa, 4 ポリマー
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1

A: ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component

C: ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, MALS
84 kDa, 2 ポリマー
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2

B: ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component

D: ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.891, 78.889, 83.913
Angle α, β, γ (deg.)	73.251, 74.741, 84.918
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1

#1: タンパク質	ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component 分子量: 41885.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dickeya dadantii (strain 3937) (バクテリア) 株: 3937 / 遺伝子: Dda3937_02937 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0SCP7
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.77 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG 3350 0.1M BisTrisPropane pH 8.5 0.2M NaNO3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.589539 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.589539 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→77.8 Å / Num. obs: 111675 / % possible obs: 86.4 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 22.1169963521 Å² / R_merge(I) obs: 0.05938 / R_rim(I) all: 0.06875 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 5326 / CC_1/2: 0.83 / R_rim(I) all: 0.6 / % possible all: 83.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FJL

6fjl

解像度: 1.80000342375→47.9914774494 Å / SU ML: 0.173448958097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9805155397 / 位相誤差: 19.9557844997

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191143831402	5522	4.94581280788 %
R_work	0.155029073565	106128	-
obs	0.156820705143	111650	86.3395584426 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.8548546431 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.80000342375→47.9914774494 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11004	0	16	1129	12149

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00783736213536	11340
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.11028455336	15476
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0460748809093	1645
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00563152447265	2017
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9266239073	4087

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.289978341618	168	0.244020170224	3425	X-RAY DIFFRACTION	83.4029712163
1.8205-1.8419	0.254875983536	171	0.21242156543	3444	X-RAY DIFFRACTION	82.9889807163
1.8419-1.8643	0.247028219876	171	0.20474287988	3322	X-RAY DIFFRACTION	81.9953051643
1.8643-1.8879	0.249640543537	166	0.193448286513	3339	X-RAY DIFFRACTION	81.1718388143
1.8879-1.9128	0.256822747374	160	0.196450004542	3071	X-RAY DIFFRACTION	75.227008149
1.9128-1.939	0.255005662206	150	0.185786427818	3284	X-RAY DIFFRACTION	79.7121634169
1.939-1.9667	0.238017635512	197	0.182287426386	3554	X-RAY DIFFRACTION	86.7283236994
1.9667-1.996	0.250457929438	182	0.174971546816	3533	X-RAY DIFFRACTION	86.8599485621
1.996-2.0272	0.218961169907	179	0.18071841465	3630	X-RAY DIFFRACTION	87.2623138603
2.0272-2.0605	0.237829983004	187	0.17353311583	3512	X-RAY DIFFRACTION	86.5870786517
2.0605-2.096	0.232251135062	204	0.168071166064	3583	X-RAY DIFFRACTION	87.0174632353
2.096-2.1341	0.214373821302	188	0.155571520865	3467	X-RAY DIFFRACTION	85.3573096684
2.1341-2.1752	0.193494429862	197	0.155337445894	3508	X-RAY DIFFRACTION	86.0027855153
2.1752-2.2196	0.198473328078	150	0.15009860978	3426	X-RAY DIFFRACTION	83.3955223881
2.2196-2.2678	0.200017100363	172	0.156342663659	3260	X-RAY DIFFRACTION	78.9146930329
2.2678-2.3206	0.200009423702	184	0.158438794813	3239	X-RAY DIFFRACTION	80.107652703
2.3206-2.3786	0.211375325314	195	0.156695697782	3775	X-RAY DIFFRACTION	90.7428571429
2.3786-2.4429	0.181477777572	206	0.160379069789	3662	X-RAY DIFFRACTION	90.7342247244
2.4429-2.5148	0.211036110849	179	0.163301381716	3699	X-RAY DIFFRACTION	90.4384328358
2.5148-2.596	0.198247962124	202	0.16081889685	3687	X-RAY DIFFRACTION	89.7323488694
2.596-2.6887	0.203163454101	184	0.161113390623	3715	X-RAY DIFFRACTION	90.2546296296
2.6887-2.7964	0.184663886368	208	0.169179474034	3607	X-RAY DIFFRACTION	88.7415678065
2.7964-2.9236	0.202356231339	198	0.17897404003	3530	X-RAY DIFFRACTION	86.3762743281
2.9236-3.0777	0.247479495021	168	0.181653500684	3237	X-RAY DIFFRACTION	79.2597765363
3.0777-3.2705	0.20644767068	194	0.176720990421	3719	X-RAY DIFFRACTION	89.8507462687
3.2705-3.523	0.201116814659	195	0.161280814386	3811	X-RAY DIFFRACTION	93.6856875585
3.523-3.8774	0.186764594932	183	0.137529471477	3873	X-RAY DIFFRACTION	93.9541348158
3.8774-4.4381	0.145172779184	195	0.120624398877	3796	X-RAY DIFFRACTION	92.5341989335
4.4381-5.5902	0.124583488381	195	0.112192110921	3521	X-RAY DIFFRACTION	86.4186046512
5.5902-48.0085	0.130515598447	194	0.124904472313	3899	X-RAY DIFFRACTION	94.8551564311

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.377605904972	0.0385892526903	-0.079588429272	0.206604176424	0.0174957025407	0.279072766716	0.148983955356	0.358575194178	0.132635030204	-0.279412654853	-0.0683911774063	0.302874536667	-0.47132489633	-0.570430518374	-0.00101218635173	0.329327573024	0.125359967916	-0.00918936922067	0.317566641183	0.0405526554076	0.384519051223	-17.4669010702	23.6298211499	-16.477596394
2	0.690159174626	0.316785576433	0.0999930795494	1.22209081857	-0.137493389566	1.23480107019	-0.0311690128725	-0.0261189385396	0.059142058217	-0.00529521477951	0.0318971736943	0.161277912556	-0.122463013039	-0.0396047333998	-0.000471974778657	0.178811759385	0.033699013638	3.21593714782E-5	0.191836038903	-0.0117096422891	0.213631992169	-8.13148895149	10.8181362155	-8.44858560691
3	0.560613040513	-0.0224158829699	-0.490011744642	0.425547493765	-0.0746441731867	0.458319357213	-0.118490534572	0.0603787930971	0.037805853352	-0.0575297943495	0.0840813503206	-0.0672063930371	-0.364501956802	0.0762329222704	-8.2084616112E-5	0.239318668689	0.00433371515831	-0.019801814613	0.150970657288	0.00231892013421	0.186069572799	8.02543550889	15.3519784434	-7.53296220136
4	0.58242542709	0.133643107659	-0.279145667269	0.741071660595	0.255554668729	0.722763943852	0.00523353444388	-0.0183181208322	-0.116062343659	0.0807880888384	0.0102526049986	-0.32683291756	-0.0550114615585	0.162430968833	0.000896270401412	0.19451028816	-0.00578601328294	-0.0379640686451	0.205626027023	4.00760515743E-5	0.271634191609	21.4396947773	5.38858495212	-1.03170533091
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29	0.428813593833	0.152346292318	-0.235461131654	0.445721653637	0.0161775060608	0.245379059076	-0.184657770013	-0.105329400835	0.128445377803	0.00185252588026	0.119351541722	-0.0197112611669	-0.388322810672	-0.0941470209768	0.000200331787806	0.272494473598	-0.00963869243585	-0.0176031536246	0.184141925022	-0.00625356373015	0.172005734057	25.1788577757	34.131492271	32.7618137176
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32	0.497170950568	0.800222799174	-0.0940380508487	1.33571387015	-0.0374981599976	1.37123568725	0.0732834485721	0.120026453075	0.0151171354743	-0.0733424208363	-0.00985002555993	-0.0150795181615	-0.103388032346	0.0637934897771	-0.00123135915035	0.202693905753	-0.0229330869659	0.0275273181875	0.174210686475	-0.0262184082374	0.119474853694	28.1966739331	31.4772252061	34.7536402517
33	0.203234337051	0.00936212771641	0.207822568234	0.683110472709	0.240703291768	0.586093157023	0.0109913586385	0.0331320051044	0.078263390902	0.00309225212354	-0.0200127089782	-0.108123361756	-0.222400999747	0.0979739062011	7.7710534291E-6	0.240807814617	-0.0259321682515	0.00302653125734	0.21834267998	-0.00991339559801	0.19035601158	30.0461343503	37.4534572546	38.3288373918
34	0.168827962183	-0.00367528283034	0.241421449872	0.669602769637	-0.227153480268	0.415493557786	-0.0514428981319	0.0260983762375	-0.106650636236	-0.130923308706	0.0696304621647	-0.0532050253823	0.112249573696	0.100823797663	-3.22872918715E-5	0.2383199108	0.00254808247617	0.00875874208415	0.234778335572	-0.025158587528	0.20760188418	27.1436029575	14.7489453266	28.3353790008

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 47 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 139 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 140 through 164 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 165 through 217 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 218 through 253 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 254 through 280 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 281 through 372 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 28 through 47 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 48 through 139 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 140 through 164 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 165 through 217 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 218 through 253 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 254 through 280 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 281 through 336 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 337 through 372 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 28 through 47 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 48 through 73 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 74 through 99 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 100 through 121 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 122 through 139 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 140 through 164 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 165 through 192 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 193 through 243 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 244 through 265 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 266 through 336 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 337 through 372 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 28 through 47 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 48 through 139 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 140 through 164 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 165 through 217 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 218 through 253 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 254 through 280 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 281 through 336 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 337 through 372 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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