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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6hhb | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of iron bound IbpS from Dickeya dadantii | ||||||
Components | ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / Substrate binding protein Bacterial effector venus fly-trap | ||||||
| Function / homology | cell envelope / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / ACETATE ION / : / ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component Function and homology information | ||||||
| Biological species | Dickeya dadantii (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.80000342375 Å | ||||||
Authors | Gueguen-Chaignon, V. / Condemine, G. / Terradot, L. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2019Title: A secreted metal-binding protein protects necrotrophic phytopathogens from reactive oxygen species. Authors: Liu, L. / Gueguen-Chaignon, V. / Goncalves, I.R. / Rascle, C. / Rigault, M. / Dellagi, A. / Loisel, E. / Poussereau, N. / Rodrigue, A. / Terradot, L. / Condemine, G. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6hhb.cif.gz | 682.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6hhb.ent.gz | 464.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6hhb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6hhb_validation.pdf.gz | 449.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6hhb_full_validation.pdf.gz | 453.4 KB | Display | |
| Data in XML | 6hhb_validation.xml.gz | 57.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 6hhb_validation.cif.gz | 85.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/6hhb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/6hhb | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6fjlSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 41885.211 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Dickeya dadantii (strain 3937) (bacteria)Strain: 3937 / Gene: Dda3937_02937 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-FE / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.77 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 20% PEG 3350 0.1M BisTrisPropane pH 8.5 0.2M NaNO3 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 173 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 1.589539 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 4, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.589539 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.8→77.8 Å / Num. obs: 111675 / % possible obs: 86.4 % / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 22.1169963521 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05938 / Rrim(I) all: 0.06875 / Net I/σ(I): 10 |
| Reflection shell | Resolution: 1.8→1.83 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 5326 / CC1/2: 0.83 / Rrim(I) all: 0.6 / % possible all: 83.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6FJL Resolution: 1.80000342375→47.9914774494 Å / SU ML: 0.173448958097 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9805155397 / Phase error: 19.9557844997
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 26.8548546431 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.80000342375→47.9914774494 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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