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- PDB-6hh2: Rab29 small GTPase bound to GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hh2
タイトルRab29 small GTPase bound to GDP
要素Ras-related protein Rab-7L1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Rab GTPase / membrane trafficking
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to ciliary membrane / modulation by host of viral process / regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / RAB geranylgeranylation / positive regulation of intracellular protein transport / melanosome organization / cis-Golgi network / protein localization to membrane / retrograde transport, endosome to Golgi / vacuole ...protein localization to ciliary membrane / modulation by host of viral process / regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / RAB geranylgeranylation / positive regulation of intracellular protein transport / melanosome organization / cis-Golgi network / protein localization to membrane / retrograde transport, endosome to Golgi / vacuole / cellular detoxification / intracellular vesicle / dynein complex binding / positive regulation of receptor recycling / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / Golgi organization / kinesin binding / endomembrane system / synapse assembly / T cell activation / mitochondrion organization / response to bacterium / intracellular protein transport / trans-Golgi network / recycling endosome / small GTPase binding / GDP binding / melanosome / negative regulation of neuron projection development / cell differentiation / early endosome / cytoskeleton / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / mitochondrion / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ras-related protein Rab29/Rab38/Rab32 / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Ras-related protein Rab29/Rab38/Rab32 / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-7L1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.449 Å
データ登録者Khan, A.R. / McGrath, E. / Waschbusch, D.
資金援助 アイルランド, 1件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland12/1A/1239 アイルランド
引用ジャーナル: Small GTPases / 年: 2019
タイトル: LRRK2 binds to the Rab32 subfamily in a GTP-dependent mannerviaits armadillo domain.
著者: McGrath, E. / Waschbusch, D. / Baker, B.M. / Khan, A.R.
履歴
登録2018年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-7L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9553
ポリマ－20,4871
非ポリマー4682
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area9170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.960, 71.960, 86.348
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-7L1 / Rab-7-like protein 1 / Ras-related protein Rab-29


分子量: 20487.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB29, RAB7L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14966
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.95 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2M NaCl 0.1M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.449→86.35 Å / Num. obs: 46405 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル解像度: 1.449→1.47 Å / Rmerge(I) obs: 1.631 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC1/2: 0.68 / Rpim(I) all: 0.585 / Rsym value: 1.736

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3211: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6hdu

6hdu


解像度: 1.449→62.319 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 18.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1843 2383 5.15 %
Rwork0.1651 --
obs0.1661 46316 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.449→62.319 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1402 0 29 194 1625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171511
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6292064
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.721574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.147232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008257
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.449-1.47860.27051300.28492474X-RAY DIFFRACTION97
1.4786-1.51070.32521400.25852537X-RAY DIFFRACTION100
1.5107-1.54590.25781500.23562548X-RAY DIFFRACTION100
1.5459-1.58450.24961410.21692568X-RAY DIFFRACTION100
1.5845-1.62740.19821570.2042564X-RAY DIFFRACTION100
1.6274-1.67520.21831360.18622555X-RAY DIFFRACTION100
1.6752-1.72930.20981090.18652611X-RAY DIFFRACTION100
1.7293-1.79110.22011380.17992527X-RAY DIFFRACTION100
1.7911-1.86290.15521430.17392566X-RAY DIFFRACTION100
1.8629-1.94760.20331480.17212608X-RAY DIFFRACTION100
1.9476-2.05030.18311340.16562583X-RAY DIFFRACTION100
2.0503-2.17880.18571320.15812594X-RAY DIFFRACTION100
2.1788-2.3470.17361390.1522578X-RAY DIFFRACTION100
2.347-2.58320.19081270.16492620X-RAY DIFFRACTION100
2.5832-2.9570.19011440.16922626X-RAY DIFFRACTION100
2.957-3.72550.16731650.14962621X-RAY DIFFRACTION100
3.7255-62.37660.17121500.15342753X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.5723 Å / Origin y: 16.2535 Å / Origin z: 32.9528 Å
111213212223313233
T0.173 Å2-0.0269 Å2-0.0046 Å2-0.1614 Å2-0.0076 Å2--0.1582 Å2
L1.0889 °2-0.4119 °20.0468 °2-2.1746 °20.2797 °2--1.8491 °2
S0.0025 Å °-0.002 Å °0.0209 Å °0.0115 Å °0.0245 Å °-0.091 Å °-0.0473 Å °-0.0101 Å °-0.0304 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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