PDB-6hgw: Soluble epoxide hydrolase in complex with 2-(4-fluorophenyl)-N-(4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hgw

タイトル

Soluble epoxide hydrolase in complex with 2-(4-fluorophenyl)-N-(4-phenoxybenzyl)ethanamine

要素

Bifunctional epoxide hydrolase 2

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Complex / sEH

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / phospholipid dephosphorylation / lipid phosphatase activity / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / epoxide metabolic process / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.407 Å

データ登録者

Kramer, J.S. / Pogoryelov, D. / Hiesinger, K. / Proschak, E.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Soluble epoxide hydrolase in complex with 2-(4-fluorophenyl)-N-(4-phenoxybenzyl)ethanamine
著者: Kramer, J.S. / Pogoryelov, D. / Hiesinger, K. / Proschak, E.

履歴

登録	2018年8月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月24日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hgw.cif.gz	147.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hgw.ent.gz	113.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hgw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/6hgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/6hgw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fr2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c4z-d 6yl4-1 4x6x-d 6hgv-1 6hgx-1 4x6y-d 4mlg-1 3ans-d 6i5e-d 3qjj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (6) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional epoxide hydrolase 2

ヘテロ分子

40 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bifunctional epoxide hydrolase 2

ヘテロ分子

A: Bifunctional epoxide hydrolase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
79.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.180, 92.420, 106.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Bifunctional epoxide hydrolase 2 分子量: 39648.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHX2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P34913, soluble epoxide hydrolase, lipid-phosphate phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-G3W / 2-(4-fluorophenyl)-~{N}-[(4-phenoxyphenyl)methyl]ethanamine 分子量: 321.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₀FNO
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1 uL protein solution Protein (5-10 mg/mL , 50 mM NaCl, 50 mM sodium phosphate, 10% glycerol (98%), 2 mM DTT at pH 7.4) was mixed in different ratios (2/1, 1/1, 1/2) with precipitant solution ...詳細: 1 uL protein solution Protein (5-10 mg/mL , 50 mM NaCl, 50 mM sodium phosphate, 10% glycerol (98%), 2 mM DTT at pH 7.4) was mixed in different ratios (2/1, 1/1, 1/2) with precipitant solution (23 %-28 % (w/v) polyethylenglycol (PEG) 6000, 70 mM ammonium acetat, 200 mM magnesium acetat, 100 mM sodium cacodylate at pH 6.1-6.5) PH範囲: 6.0-6.55

結晶

マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.58 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 uL protein solution Protein (5-10 mg/mL , 50 mM NaCl, 50 mM sodium phosphate, 10% glycerol (98%), 2 mM DTT at pH 7.4) was mixed in different ratios (2/1, 1/1, 1/2) with precipitant solution ...
PH範囲: 6.0-6.55

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 1.072 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月16日

放射

モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.072 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.407→53.265 Å / Num. obs: 15705 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.928 % / B_iso Wilson estimate: 52.87 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.111 / R_rim(I) all: 0.116 / Χ²: 0.976 / Net I/σ(I): 15.44

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.41-2.47	12.844	1.331	2.08	1141	0.757	1.387	100
2.47-2.54	12.943	1.13	2.51	1122	0.854	1.176	100
2.54-2.61	12.324	0.838	3.29	1082	0.906	0.875	100
2.61-2.69	13.282	0.65	4.53	1043	0.941	0.676	100
2.69-2.78	13.406	0.556	5.32	1030	0.96	0.579	100
2.78-2.88	13.36	0.426	6.74	985	0.981	0.444	100
2.88-2.99	13.016	0.351	8.14	965	0.984	0.366	100
2.99-3.11	12.622	0.254	10.7	921	0.989	0.265	100
3.11-3.25	12.42	0.187	13.55	890	0.995	0.195	100
3.25-3.4	13.663	0.161	16.39	846	0.996	0.167	100
3.4-3.59	13.543	0.114	21.35	797	0.997	0.118	100
3.59-3.81	13.318	0.099	24.46	779	0.997	0.103	100
3.81-4.07	12.639	0.079	27.71	734	0.998	0.082	100
4.07-4.39	12.751	0.067	31.51	666	0.998	0.07	100
4.39-4.81	13.377	0.063	35.21	628	0.998	0.065	100
4.81-5.38	13.056	0.064	35.13	573	0.998	0.067	100
5.38-6.22	11.977	0.068	31.64	511	0.998	0.071	100
6.22-7.61	12.874	0.064	35.03	435	0.997	0.066	100
7.61-10.76	12.099	0.051	40.61	345	0.998	0.053	100
10.76-53.265	10.349	0.051	38.72	212	0.997	0.054	99.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FR2

6fr2

解像度: 2.407→53.265 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.98

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2388	1569	10 %
R_work	0.1804	-	-
obs	0.1861	15694	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 165.27 Å² / B_iso mean: 63.0474 Å² / B_iso min: 31.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.407→53.265 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2548	0	24	28	2600
B_iso mean	-	-	102.72	52.07	-
残基数	-	-	-	-	319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2675
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.741	3631
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	375
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	469
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.352	988

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.4071-2.4848	0.3587	142	0.291	1268	1410
2.4848-2.5736	0.2807	138	0.2532	1243	1381
2.5736-2.6766	0.2617	142	0.2092	1279	1421
2.6766-2.7985	0.3352	143	0.2135	1282	1425
2.7985-2.946	0.255	136	0.2076	1237	1373
2.946-3.1305	0.268	143	0.2048	1286	1429
3.1305-3.3722	0.2536	143	0.1898	1282	1425
3.3722-3.7115	0.2259	142	0.1659	1282	1424
3.7115-4.2484	0.2151	143	0.1568	1287	1430
4.2484-5.3517	0.1748	146	0.1474	1309	1455
5.3517-53.278	0.2602	151	0.1845	1370	1521

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5096	2.6935	0.7184	5.489	0.5731	4.1958	-0.1468	0.0843	0.1783	-0.4274	0.1302	0.1462	-0.0817	0.0654	-0.0347	0.312	-0.0268	0.0235	0.2994	0.0134	0.3418	-5.5553	-6.6033	-36.5311
2	2.6656	0.4063	-0.4938	3.1143	-0.2957	2.0529	-0.0658	-0.1734	-0.2685	-0.0916	0.0071	-0.2835	0.2389	0.0838	0.0744	0.2922	-0.0057	0.0235	0.3241	0.0152	0.373	-3.3719	-16.5968	-31.5347
3	2.2582	-2.0209	-0.3948	2.1746	-0.4458	5.6506	-0.8117	0.0194	-1.3983	-0.1826	0.3024	0.3725	1.0722	-0.4068	0.3255	0.9369	-0.1415	0.1553	0.6594	-0.0278	0.8724	-13.1756	-31.445	-44.9697
4	5.5955	0.1862	-3.1027	4.2611	4.5798	7.0307	-0.5381	0.2521	-0.9475	-0.4196	0.2548	0.5073	0.7034	-0.6383	0.2587	0.5928	-0.099	-0.1155	0.5897	0.0232	0.698	-24.8149	-23.1807	-45.9599
5	3.2676	-0.4778	0.0843	3.8781	-0.3985	3.0797	-0.043	-0.1225	-0.1928	-0.1664	0.093	0.0692	0.1443	-0.1018	-0.0549	0.358	-0.0633	0.0439	0.3149	0.026	0.3469	-13.0713	-20.1936	-30.4202

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 229 through 270 )	A	229 - 270
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 271 through 370 )	A	271 - 370
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 371 through 399 )	A	371 - 399
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 400 through 435 )	A	400 - 435
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 436 through 547 )	A	436 - 547

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)