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- PDB-6hfv: Mycobacterium tuberculosis DprE1 in complex with CMP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hfv
タイトルMycobacterium tuberculosis DprE1 in complex with CMP2
要素Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinan biosynthetic process / cell wall polysaccharide biosynthetic process / decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase / D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / FAD binding / cell wall organization / periplasmic space / oxidoreductase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
D-arabinono-1,4-lactone oxidase, C-terminal domain / D-arabinono-1,4-lactone oxidase / L-gulonolactone/D-arabinono-1,4-lactone oxidase / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-G1T / IMIDAZOLE / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Chung, C.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Novel insight into the reaction of nitro, nitroso and hydroxylamino benzothiazinones and of benzoxacinones with Mycobacterium tuberculosis DprE1.
著者: Richter, A. / Rudolph, I. / Mollmann, U. / Voigt, K. / Chung, C.W. / Singh, O.M.P. / Rees, M. / Mendoza-Losana, A. / Bates, R. / Ballell, L. / Batt, S. / Veerapen, N. / Futterer, K. / Besra, ...著者: Richter, A. / Rudolph, I. / Mollmann, U. / Voigt, K. / Chung, C.W. / Singh, O.M.P. / Rees, M. / Mendoza-Losana, A. / Bates, R. / Ballell, L. / Batt, S. / Veerapen, N. / Futterer, K. / Besra, G. / Imming, P. / Argyrou, A.
履歴
登録2018年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年8月21日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
B: Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,0778
ポリマ－103,6772
非ポリマー2,4006
水7,008389
1
A: Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0394
ポリマ－51,8391
非ポリマー1,2003
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0394
ポリマ－51,8391
非ポリマー1,2003
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.080, 84.430, 80.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase / Decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribofuranose 2'- ...Decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribofuranose 2'-epimerase subunit DprE1 / Decaprenyl-phosphoribose 2'-epimerase subunit 1 / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribofuranose 2'-oxidase / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose 2-epimerase flavoprotein subunit / FAD-dependent decaprenylphosphoryl-beta-D-ribofuranose 2-oxidase


分子量: 51838.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: dprE1, Rv3790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WJF1, decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-G1T / 8-(oxidanylamino)-2-piperidin-1-yl-6-(trifluoromethyl)-1,3-benzothiazin-4-one


分子量: 345.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14F3N3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / 詳細: 20mM in 30% PPG, 100mM Imidazole, pH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0725 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→57.4 Å / Num. obs: 63093 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
SCALAデータスケーリング
精密化解像度: 2.05→57.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 10.877 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.149 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20844 3190 5.1 %RANDOM
Rwork0.17594 ---
obs0.17755 59902 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 71.965 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å2-0 Å2-4.37 Å2
2--3.77 Å2-0 Å2
3----2.13 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→57.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6468 0 162 389 7019
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0196791
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.026370
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1521.989247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.782314586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5825835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.56422.613287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.116151036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8061558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021597
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8437.6663364
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8437.6653363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.54917.1924191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.54817.1944192
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6878.2893427
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6868.2913428
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.16518.2515057
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.35535.1048119
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.35435.1088120
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 236 -
Rwork0.31 4400 -
obs--98.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.56-0.06990.55230.36790.14780.69280.0511-0.0501-0.0241-0.00980.0392-0.02490.0386-0.0293-0.09030.02450.00780.01280.0226-0.0150.157812.6678-12.080736.4072
21.66060.57410.88260.2220.22241.08420.20910.2966-0.13570.08780.0956-0.00180.18640.2191-0.30470.08960.0429-0.0340.084-0.00950.1571-21.3261-18.65780.6484
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 679
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 643

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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