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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hfp | ||||||
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タイトル | Human dihydroorotase mutant F1563T co-crystallized with carbamoyl aspartate at pH 7.0 | ||||||
![]() | CAD protein | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / de novo pyrimidine biosynthesis / CAD / TIM-barrel / carboxylated lysine | ||||||
機能・相同性 | ![]() aspartate binding / response to cortisol / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / dihydroorotase / citrulline biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / glutaminase ...aspartate binding / response to cortisol / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / dihydroorotase / citrulline biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / glutaminase / aspartate carbamoyltransferase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / glutaminase activity / UTP biosynthetic process / UDP biosynthetic process / response to caffeine / response to testosterone / glutamine metabolic process / response to amine / response to starvation / 'de novo' UMP biosynthetic process / animal organ regeneration / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cellular response to epidermal growth factor stimulus / lactation / xenobiotic metabolic process / liver development / cell projection / female pregnancy / peptidyl-threonine phosphorylation / response to insulin / terminal bouton / nuclear matrix / heart development / protein autophosphorylation / protein kinase activity / neuronal cell body / enzyme binding / protein-containing complex / zinc ion binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ramon-Maiques, S. / Grande Garcia, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Characterization of the catalytic flexible loop in the dihydroorotase domain of the human multi-enzymatic protein CAD. 著者: Del Cano-Ochoa, F. / Grande-Garcia, A. / Reverte-Lopez, M. / D'Abramo, M. / Ramon-Maiques, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 295.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 198.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 465.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6hfdC ![]() 6hfeC ![]() 6hffC ![]() 6hfhC ![]() 6hfiC ![]() 6hfjC ![]() 6hfkC ![]() 6hflC ![]() 6hfnC ![]() 6hfqC ![]() 6hfrC ![]() 6hfsC ![]() 6hfuC ![]() 6hg1C ![]() 6hg2C ![]() 6hg3C ![]() 4c6iS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42855.922 Da / 分子数: 1 / 変異: F1563T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P27708, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing), aspartate carbamoyltransferase, dihydroorotase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-DOR / ( | #4: 化合物 | ChemComp-FMT / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein at 2-3 mg/ml in 20 mM Tris pH 8, 0.15 M NaCl, 0.02 mM zinc sulfate, 0.2 mM TCEP with 4 mM carbamoyl asparate. Mother liquor: 2.5-3 M potassium formate, 0.1 M HEPES pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.19822864429→48.4940488716 Å / Num. obs: 124981 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 13.2304425898 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 21.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.19822864429→1.24 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 12167 / CC1/2: 0.87 / Rrim(I) all: 0.67 / % possible all: 97.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4c6i 解像度: 1.19822864429→48.4940488716 Å / SU ML: 0.0849949298931 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33784209461 / 位相誤差: 13.3187374055
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.0978390917 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.19822864429→48.4940488716 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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