+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hfe | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human dihydroorotase mutant F1563T apo structure | ||||||
![]() | CAD protein | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / de novo pyrimidine biosynthesis / CAD / TIM-barrel / carboxylated lysine | ||||||
機能・相同性 | ![]() aspartate binding / response to cortisol / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / dihydroorotase / citrulline biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / glutaminase ...aspartate binding / response to cortisol / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / dihydroorotase / citrulline biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / glutaminase / aspartate carbamoyltransferase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / glutaminase activity / UTP biosynthetic process / UDP biosynthetic process / response to caffeine / response to testosterone / glutamine metabolic process / response to amine / response to starvation / 'de novo' UMP biosynthetic process / animal organ regeneration / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cellular response to epidermal growth factor stimulus / lactation / xenobiotic metabolic process / liver development / cell projection / female pregnancy / peptidyl-threonine phosphorylation / response to insulin / terminal bouton / nuclear matrix / heart development / protein autophosphorylation / protein kinase activity / neuronal cell body / enzyme binding / protein-containing complex / zinc ion binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ramon-Maiques, S. / Grande Garcia, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterization of the catalytic flexible loop in the dihydroorotase domain of the human multi-enzymatic protein CAD. 著者: Del Cano-Ochoa, F. / Grande-Garcia, A. / Reverte-Lopez, M. / D'Abramo, M. / Ramon-Maiques, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 285.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 191.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 448.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6hfdC ![]() 6hffC ![]() 6hfhC ![]() 6hfiC ![]() 6hfjC ![]() 6hfkC ![]() 6hflC ![]() 6hfnC ![]() 6hfpC ![]() 6hfqC ![]() 6hfrC ![]() 6hfsC ![]() 6hfuC ![]() 6hg1C ![]() 6hg2C ![]() 6hg3C ![]() 4c6cS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42869.949 Da / 分子数: 1 / 変異: F1563T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P27708, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing), aspartate carbamoyltransferase, dihydroorotase | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-FMT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Protein at 2-3 mg/ml in 20 mM Tris pH 8, 0.15 M NaCl, 0.02 mM zinc sulfate, 0.2 mM TCEP Mother liquor: 2.5-3 M potassium formate, 0.1 M HEPES pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.47997437573→72.64 Å / Num. obs: 66300 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 17.6622678116 Å2 / CC1/2: 0.919 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 17.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.47997437573→1.52 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 4859 / CC1/2: 0.885 / Rrim(I) all: 0.677 / % possible all: 99.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4c6c 解像度: 1.47997437573→30.48 Å / SU ML: 0.122215176541 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.08840149591 / 位相誤差: 14.3565032789
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.5601612268 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.47997437573→30.48 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|