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- PDB-6hf1: Mutant oxidoreductase fragment of mouse QSOX1 in complex with an ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hf1
タイトルMutant oxidoreductase fragment of mouse QSOX1 in complex with an antibody Fab
要素
  • (Fab 316 heavy chain) x 2
  • Fab 316 light chain
  • Sulfhydryl oxidase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / disulfide bond / cis-proline / thioredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / thiol oxidase / extracellular matrix assembly / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / Platelet degranulation / negative regulation of macroautophagy / intercellular bridge / protein disulfide isomerase activity / Neutrophil degranulation ...flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / thiol oxidase / extracellular matrix assembly / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / Platelet degranulation / negative regulation of macroautophagy / intercellular bridge / protein disulfide isomerase activity / Neutrophil degranulation / FAD binding / protein folding / Golgi membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Sulfhydryl oxidase, flavin adenine dinucleotide (FAD) binding domain / Sulfhydryl oxidase, Trx-like domain / Sulfhydryl oxidase, flavin adenine dinucleotide (FAD) binding domain superfamily / QSOX Trx-like domain / Flavin adenine dinucleotide (FAD)-dependent sulfhydryl oxidase / Sulfhydryl oxidase / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain superfamily / Erv1 / Alr family / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain profile. ...Sulfhydryl oxidase, flavin adenine dinucleotide (FAD) binding domain / Sulfhydryl oxidase, Trx-like domain / Sulfhydryl oxidase, flavin adenine dinucleotide (FAD) binding domain superfamily / QSOX Trx-like domain / Flavin adenine dinucleotide (FAD)-dependent sulfhydryl oxidase / Sulfhydryl oxidase / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain superfamily / Erv1 / Alr family / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain profile. / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sulfhydryl oxidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Grossman-Haham, I. / Fass, D.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research Council310649
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: cis-Proline mutants of quiescin sulfhydryl oxidase 1 with altered redox properties undermine extracellular matrix integrity and cell adhesion in fibroblast cultures.
著者: Javitt, G. / Grossman-Haham, I. / Alon, A. / Resnick, E. / Mutsafi, Y. / Ilani, T. / Fass, D.
履歴
登録2018年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfhydryl oxidase 1
C: Fab 316 heavy chain
B: Fab 316 light chain
D: Sulfhydryl oxidase 1
F: Fab 316 heavy chain
E: Fab 316 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,1756
ポリマ－145,1756
非ポリマー00
水14,484804
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13320 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area53410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.539, 112.715, 193.418
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sulfhydryl oxidase 1 / mSOx / Quiescin Q6 / Skin sulfhydryl oxidase


分子量: 26326.746 Da / 分子数: 2 / 変異: C75A, P122T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Qsox1, Qscn6, Sox / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BND5, thiol oxidase
#2: 抗体 Fab 316 heavy chain


分子量: 23108.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab 316 light chain


分子量: 23087.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Fab 316 heavy chain


分子量: 23237.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 804 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 6.0 16% w/v PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.937→98 Å / Num. obs: 104667 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.3 % / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.94→2.02 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 8728 / % possible all: 82.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D93

5d93


解像度: 1.94→48.886 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 5215 4.98 %
Rwork0.1937 --
obs0.1956 104667 97.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→48.886 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10105 0 0 804 10909
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710426
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88214230
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.0168000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521592
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061814
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9371-1.95910.341840.29921597X-RAY DIFFRACTION48
1.9591-1.98210.30191770.28723384X-RAY DIFFRACTION100
1.9821-2.00630.3161750.2783311X-RAY DIFFRACTION100
2.0063-2.03170.33221750.27293347X-RAY DIFFRACTION100
2.0317-2.05840.32491770.25963367X-RAY DIFFRACTION100
2.0584-2.08660.30011760.25623351X-RAY DIFFRACTION100
2.0866-2.11640.29381750.24823341X-RAY DIFFRACTION100
2.1164-2.1480.31071760.25073331X-RAY DIFFRACTION100
2.148-2.18160.28671770.24873382X-RAY DIFFRACTION100
2.1816-2.21740.31711820.23933337X-RAY DIFFRACTION100
2.2174-2.25560.30011810.2383366X-RAY DIFFRACTION100
2.2556-2.29660.28011870.23313333X-RAY DIFFRACTION100
2.2966-2.34080.31071810.23033373X-RAY DIFFRACTION100
2.3408-2.38860.2611750.22673316X-RAY DIFFRACTION100
2.3886-2.44050.29251660.2313386X-RAY DIFFRACTION99
2.4405-2.49730.28691740.23083362X-RAY DIFFRACTION99
2.4973-2.55970.271810.22983353X-RAY DIFFRACTION100
2.5597-2.62890.27651550.21573409X-RAY DIFFRACTION100
2.6289-2.70630.26041920.22043343X-RAY DIFFRACTION100
2.7063-2.79360.25981770.2143375X-RAY DIFFRACTION99
2.7936-2.89350.26941660.21263390X-RAY DIFFRACTION99
2.8935-3.00930.25751700.21783370X-RAY DIFFRACTION99
3.0093-3.14620.29591930.2083356X-RAY DIFFRACTION99
3.1462-3.31210.23561580.1913386X-RAY DIFFRACTION99
3.3121-3.51950.21950.18283360X-RAY DIFFRACTION99
3.5195-3.79120.19331570.17473388X-RAY DIFFRACTION98
3.7912-4.17250.17251820.15593390X-RAY DIFFRACTION98
4.1725-4.77580.15811750.13993392X-RAY DIFFRACTION98
4.7758-6.01530.18992000.1553456X-RAY DIFFRACTION99
6.0153-48.90130.2021760.17283600X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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