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- PDB-6hf0: M. tuberculosis DprE1 covalently bound to a nitrobenzoxacinone. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hf0
タイトルM. tuberculosis DprE1 covalently bound to a nitrobenzoxacinone.
要素Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
キーワードFLAVOPROTEIN / oxidation-reduction process / isomerase / arabinan biosynthetic process
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinan biosynthetic process / cell wall polysaccharide biosynthetic process / decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase / D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / FAD binding / cell wall organization / periplasmic space / oxidoreductase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
D-arabinono-1,4-lactone oxidase, C-terminal domain / D-arabinono-1,4-lactone oxidase / : / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-G1H / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.384 Å
データ登録者Futterer, K. / Batt, S.M. / Besra, G.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/K012118/1 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Novel insight into the reaction of nitro, nitroso and hydroxylamino benzothiazinones and of benzoxacinones with Mycobacterium tuberculosis DprE1.
著者: Richter, A. / Rudolph, I. / Mollmann, U. / Voigt, K. / Chung, C.W. / Singh, O.M.P. / Rees, M. / Mendoza-Losana, A. / Bates, R. / Ballell, L. / Batt, S. / Veerapen, N. / Futterer, K. / Besra, ...著者: Richter, A. / Rudolph, I. / Mollmann, U. / Voigt, K. / Chung, C.W. / Singh, O.M.P. / Rees, M. / Mendoza-Losana, A. / Bates, R. / Ballell, L. / Batt, S. / Veerapen, N. / Futterer, K. / Besra, G. / Imming, P. / Argyrou, A.
履歴
登録2018年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
B: Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,0966
ポリマ－104,7832
非ポリマー2,3144
水1,31573
1
A: Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5483
ポリマ－52,3911
非ポリマー1,1572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5483
ポリマ－52,3911
非ポリマー1,1572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.640, 85.410, 80.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain a and resi 7:260
211chain b and resi 7:260
112chain a and resi 303:313
212chain b and resi 303:313
113chain a and resi 331:461
213chain b and resi 331:461
114chain a and resi 900
214chain b and resi 900

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase / Decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribofuranose 2'- ...Decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribofuranose 2'-epimerase subunit DprE1 / Decaprenyl-phosphoribose 2'-epimerase subunit 1 / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribofuranose 2'-oxidase / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose 2-epimerase flavoprotein subunit / FAD-dependent decaprenylphosphoryl-beta-D-ribofuranose 2-oxidase


分子量: 52391.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: dprE1, Rv3790 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WJF1, decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-G1H / 2-[(2~{S},6~{R})-2,6-dimethylpiperidin-1-yl]-8-nitro-6-(trifluoromethyl)-1,3-benzoxazin-4-one


分子量: 371.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16F3N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 24 - 34 % w/v polypropylene glycol, 100 mM imidazole

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97631 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97631 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→78.3 Å / Num. obs: 40283 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.38→2.45 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 80.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.3_928精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FDP

4fdp


解像度: 2.384→78.285 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 32.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2411 2016 5.01 %
Rwork0.2119 --
obs0.2134 40251 97.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / Bsol: 43.059 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.9032 Å20 Å2-19.2396 Å2
2--6.4865 Å20 Å2
3----16.3897 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.384→78.285 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6290 0 148 73 6511
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086591
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1828992
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5952305
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771014
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061144
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1813X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1813X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.042
21A95X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B95X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
31A1037X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32B1037X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.061
41A53X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42B53X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.384-2.44360.3862960.34522293X-RAY DIFFRACTION81
2.4436-2.50970.39611410.31392452X-RAY DIFFRACTION88
2.5097-2.58350.36351580.29222710X-RAY DIFFRACTION98
2.5835-2.66690.3531360.27752773X-RAY DIFFRACTION98
2.6669-2.76220.3561510.2732739X-RAY DIFFRACTION99
2.7622-2.87280.31841510.26492757X-RAY DIFFRACTION99
2.8728-3.00360.32341420.26022791X-RAY DIFFRACTION99
3.0036-3.1620.30861500.25262794X-RAY DIFFRACTION99
3.162-3.36010.31451460.26782783X-RAY DIFFRACTION99
3.3601-3.61950.30721320.25442811X-RAY DIFFRACTION99
3.6195-3.98370.20781520.20372817X-RAY DIFFRACTION100
3.9837-4.56010.17281780.16722786X-RAY DIFFRACTION100
4.5601-5.7450.18041370.16192840X-RAY DIFFRACTION100
5.745-78.32770.19951460.17422889X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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