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- PDB-6hdm: R49A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hdm
タイトルR49A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis complexed with magnesium trifluoride and beta-G6P to 1.3 A.
要素Beta-phosphoglucomutase
キーワードISOMERASE / phosphoglucomutase / metal fluoride / transition state analog
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-phosphoglucomutase / beta-phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-phosphoglucomutase / Beta-phosphoglucomutase hydrolase / : / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 ...Beta-phosphoglucomutase / Beta-phosphoglucomutase hydrolase / : / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / TRIFLUOROMAGNESATE / 1,3-PROPANDIOL / Beta-phosphoglucomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Robertson, A.J. / Bisson, C. / Waltho, J.P.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M021637/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K016245/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Transition state of phospho-enzyme hydrolysis in beta-phosphoglucomutase.
著者: Robertson, A.J. / Bisson, C. / Waltho, J.P.
履歴
登録2018年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7428
ポリマ－24,1531
非ポリマー5897
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, Homology to previously deposited structure (PDB 2WF5). Complex corroborated by NMR spectroscopy.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.300, 54.340, 104.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Beta-phosphoglucomutase / Beta-PGM


分子量: 24153.479 Da / 分子数: 1 / 変異: K125R, Y206H, R49A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
株: IL1403 / 遺伝子: pgmB, LL0429, L0001 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P71447, beta-phosphoglucomutase
#5: 糖 ChemComp-BG6 / 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
b-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 6種, 213分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-MGF / TRIFLUOROMAGNESATE


分子量: 81.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F3Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 24-34% PEG 4000 200mM sodium acetate 50mM TRIS pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→54.34 Å / Num. obs: 53048 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Num. unique obs: 2526 / CC1/2: 0.944 / Rpim(I) all: 0.138 / Rrim(I) all: 0.299 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WF5

2wf5


解像度: 1.3→48.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.114 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14818 2686 5.1 %RANDOM
Rwork0.126 ---
obs0.12712 50290 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.053 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å2-0 Å20 Å2
2---0.31 Å2-0 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.3→48.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1683 0 35 207 1925
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0141871
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4741.6612537
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0571.6634094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5685238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.6724.28691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.9215328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.454158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02324
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4021.308934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4031.305933
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9351.9741178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9351.9771179
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.791.564937
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.791.564937
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1432.2481360
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.816.1732062
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.816.1862063
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.39533615
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free18.8255146
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.08553648
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.187 176 -
Rwork0.143 3557 -
obs--96.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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