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万見
- PDB-6hd5: Cryo-EM structure of the ribosome-NatA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hd5
タイトルCryo-EM structure of the ribosome-NatA complex
要素
  • N-alpha-acetyltransferase NAT5
  • N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1
  • N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1
キーワードTRANSLATION / N-terminal acetylation / protein modification / ribosome / expansion segments
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-N-terminal-glutamate acetyltransferase activity / N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE / N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA / NatA complex / protein N-terminal-serine acetyltransferase activity / protein N-terminal-methionine acetyltransferase activity / protein-N-terminal-alanine acetyltransferase activity / protein-N-terminal amino-acid acetyltransferase activity / acetyltransferase activator activity / mitotic sister chromatid cohesion ...protein-N-terminal-glutamate acetyltransferase activity / N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE / N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA / NatA complex / protein N-terminal-serine acetyltransferase activity / protein N-terminal-methionine acetyltransferase activity / protein-N-terminal-alanine acetyltransferase activity / protein-N-terminal amino-acid acetyltransferase activity / acetyltransferase activator activity / mitotic sister chromatid cohesion / ribosome binding / mitochondrion / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit / N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit / : / N-acetyltransferase Ard1-like / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1 / N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1 / N-alpha-acetyltransferase NAT5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Knorr, A.G. / Becker, T. / Beckmann, R.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationGRK1721 ドイツ
German Research FoundationFOR1805 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Ribosome-NatA architecture reveals that rRNA expansion segments coordinate N-terminal acetylation.
著者: Alexandra G Knorr / Christian Schmidt / Petr Tesina / Otto Berninghausen / Thomas Becker / Birgitta Beatrix / Roland Beckmann /
要旨: The majority of eukaryotic proteins are N-terminally α-acetylated by N-terminal acetyltransferases (NATs). Acetylation usually occurs co-translationally and defects have severe consequences. ...The majority of eukaryotic proteins are N-terminally α-acetylated by N-terminal acetyltransferases (NATs). Acetylation usually occurs co-translationally and defects have severe consequences. Nevertheless, it is unclear how these enzymes act in concert with the translating ribosome. Here, we report the structure of a native ribosome-NatA complex from Saccharomyces cerevisiae. NatA (comprising Naa10, Naa15 and Naa50) displays a unique mode of ribosome interaction by contacting eukaryotic-specific ribosomal RNA expansion segments in three out of four binding patches. Thereby, NatA is dynamically positioned directly underneath the ribosomal exit tunnel to facilitate modification of the emerging nascent peptide chain. Methionine amino peptidases, but not chaperones or signal recognition particle, would be able to bind concomitantly. This work assigns a function to the hitherto enigmatic ribosomal RNA expansion segments and provides mechanistic insights into co-translational protein maturation by N-terminal acetylation.
履歴
登録2018年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0201
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0201
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
t: N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1
u: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1
v: N-alpha-acetyltransferase NAT5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,4393
ポリマ－146,4393
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area10110 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area61800 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1 / NatA complex subunit NAT1 / Amino-terminal / alpha-amino / acetyltransferase 1


分子量: 99050.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ribosome binding subunit
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P12945
#2: タンパク質 N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1 / NatA complex subunit ARD1 / Arrest-defective protein 1


分子量: 27635.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: catalytic subunit
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P07347, N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA
#3: タンパク質 N-alpha-acetyltransferase NAT5 / NatA complex subunit NAT5


分子量: 19753.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ribosome binding subunit
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q08689, N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ribosome-NatA complex / タイプ: COMPLEX
詳細: Map was refined on NatA. Coordinates are deposited for NatA only.
Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
4GctfCTF補正
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 262507 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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