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- PDB-6hd4: ABL1 IN COMPLEX WITH COMPOUND 7 AND IMATINIB (STI-571) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hd4
タイトルABL1 IN COMPLEX WITH COMPOUND 7 AND IMATINIB (STI-571)
要素Tyrosine-protein kinase ABL1
キーワードTRANSFERASE / PHOSPHOTRANSFERASE / Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Cyclin D associated events in G1 / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / DN4 thymocyte differentiation ...Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Cyclin D associated events in G1 / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / DN4 thymocyte differentiation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / response to epinephrine / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / podocyte apoptotic process / delta-catenin binding / transitional one stage B cell differentiation / regulation of cellular senescence / regulation of postsynaptic specialization assembly / regulation of modification of synaptic structure / cerebellum morphogenesis / neuroepithelial cell differentiation / B cell proliferation involved in immune response / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / positive regulation of extracellular matrix organization / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / microspike assembly / B-1 B cell homeostasis / neuropilin signaling pathway / regulation of extracellular matrix organization / neuropilin binding / bubble DNA binding / Myogenesis / positive regulation of establishment of T cell polarity / activated T cell proliferation / positive regulation of blood vessel branching / proline-rich region binding / circulatory system development / negative regulation of mitotic cell cycle / regulation of Cdc42 protein signal transduction / mitogen-activated protein kinase binding / syntaxin binding / alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of dendrite development / regulation of axon extension / regulation of T cell differentiation / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of cell-cell adhesion / neuromuscular process controlling balance / positive regulation of osteoblast proliferation / positive regulation of vasoconstriction / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / cell leading edge / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / Bergmann glial cell differentiation / regulation of microtubule polymerization / B cell proliferation / myoblast proliferation / associative learning / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of cellular senescence / signal transduction in response to DNA damage / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of focal adhesion assembly / canonical NF-kappaB signal transduction / cardiac muscle cell proliferation / BMP signaling pathway / phagocytosis / ephrin receptor signaling pathway / positive regulation of T cell migration / endothelial cell migration / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / four-way junction DNA binding / spleen development / ephrin receptor binding / positive regulation of stress fiber assembly / ruffle / ERK1 and ERK2 cascade / actin filament polymerization / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of interleukin-2 production / substrate adhesion-dependent cell spreading / SH2 domain binding / positive regulation of mitotic cell cycle / protein kinase C binding / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / peptidyl-tyrosine phosphorylation / thymus development / integrin-mediated signaling pathway / post-embryonic development / B cell receptor signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / neural tube closure / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / enzyme activator activity
類似検索 - 分子機能
F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain ...F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FYW / Chem-STI / Tyrosine-protein kinase ABL1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Cowan-Jacob, S.W.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Discovery of Asciminib (ABL001), an Allosteric Inhibitor of the Tyrosine Kinase Activity of BCR-ABL1.
著者: Schoepfer, J. / Jahnke, W. / Berellini, G. / Buonamici, S. / Cotesta, S. / Cowan-Jacob, S.W. / Dodd, S. / Drueckes, P. / Fabbro, D. / Gabriel, T. / Groell, J.M. / Grotzfeld, R.M. / Hassan, A. ...著者: Schoepfer, J. / Jahnke, W. / Berellini, G. / Buonamici, S. / Cotesta, S. / Cowan-Jacob, S.W. / Dodd, S. / Drueckes, P. / Fabbro, D. / Gabriel, T. / Groell, J.M. / Grotzfeld, R.M. / Hassan, A.Q. / Henry, C. / Iyer, V. / Jones, D. / Lombardo, F. / Loo, A. / Manley, P.W. / Pelle, X. / Rummel, G. / Salem, B. / Warmuth, M. / Wylie, A.A. / Zoller, T. / Marzinzik, A.L. / Furet, P.
履歴
登録2018年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
B: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4938
ポリマ－67,4872
非ポリマー2,0066
水6,918384
1
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8105
ポリマ－33,7441
非ポリマー1,0674
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6833
ポリマ－33,7441
非ポリマー9392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.160, 65.025, 66.086
Angle α, β, γ (deg.)73.00, 80.52, 84.88
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ABL1 / Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 / Abelson tyrosine-protein kinase 1 / Proto- ...Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 / Abelson tyrosine-protein kinase 1 / Proto-oncogene c-Abl / p150


分子量: 33743.523 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The electron density for the region A294-A297 is poor and a good fit could not be found
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Abl1, Abl
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P00520, non-specific protein-tyrosine kinase

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非ポリマー , 5種, 390分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-FYW / 6-[(3~{R})-3-oxidanylpyrrolidin-1-yl]-5-pyrimidin-5-yl-~{N}-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyridine-3-carboxamide


分子量: 445.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18F3N5O3
#5: 化合物 ChemComp-STI / 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE / STI-571 / IMATINIB / イマチニブ


分子量: 493.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H31N7O / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20.0 % PEG 4000, 0.2 M MGCL2, 0.1 M MES PH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→62.12 Å / Num. obs: 39687 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 15.82
反射 シェル解像度: 2.03→2.09 Å / 冗長度: 1.81 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 4.08 / Num. unique all: 3316 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1OPJ

1opj


解像度: 2.03→40.4 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2228 1985 5 %Random
Rwork0.1811 ---
obs0.1832 39685 92.82 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5017 Å2-1.2921 Å2-3.2388 Å2
2--3.6794 Å2-0.6722 Å2
3----3.1778 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.223 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→40.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4624 0 145 384 5153
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.08 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 147 5.02 %
Rwork0.2043 2782 -
obs--92.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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