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- PDB-6hct: Crystal structure of Archeoglobus fulgidus L7Ae bound to its cogn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hct
タイトルCrystal structure of Archeoglobus fulgidus L7Ae bound to its cognate UTR k-turn
要素
  • 50S ribosomal protein L7Ae
  • RNA (5'-R(*GP*CP*CP*GP*AP*UP*GP*AP*AP*UP*G)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*CP*CP*GP*AP*UP*GP*AP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*AP*AP*GP*C)-3')
  • RNA (5'-R(P*CP*AP*UP*GP*AP*AP*GP*C)-3')
キーワードRNA / Gene regulation / RNA structure / kink-turn / X-ray crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / ribosome biogenesis / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like ...Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein eL8
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.091 Å
データ登録者Huang, L. / Lilley, D.M.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKA18604 英国
引用ジャーナル: RNA / 年: 2019
タイトル: The role of RNA structure in translational regulation by L7Ae protein in archaea.
著者: Huang, L. / Ashraf, S. / Lilley, D.M.J.
履歴
登録2018年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*GP*AP*UP*GP*AP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*AP*AP*GP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*GP*AP*UP*GP*AP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*AP*AP*GP*C)-3')
C: 50S ribosomal protein L7Ae
D: 50S ribosomal protein L7Ae
E: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*GP*AP*UP*GP*AP*AP*UP*G)-3')
F: RNA (5'-R(P*CP*AP*UP*GP*AP*AP*GP*C)-3')
G: 50S ribosomal protein L7Ae
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,29812
ポリマ－57,1107
非ポリマー1885
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8990 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area24480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.140, 142.140, 166.798
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

-
RNA鎖 , 3種, 4分子 ABEF

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*CP*CP*GP*AP*UP*GP*AP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*AP*AP*GP*C)-3')


分子量: 6140.737 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*CP*CP*GP*AP*UP*GP*AP*AP*UP*G)-3')


分子量: 3546.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126) (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*AP*UP*GP*AP*AP*GP*C)-3')


分子量: 2549.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)

-
タンパク質 , 1種, 3分子 CDG

#2: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae / Ribosomal protein L8e


分子量: 12910.895 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126) (古細菌)
遺伝子: rpl7ae, AF_0764 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold (DE3) pLysS / 参照: UniProt: O29494

-
非ポリマー , 2種, 5分子

#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.65 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.01 M Magnesium Acetate, 0.05 M MES pH 5.6, 2.5 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.91962 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91962 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→83.4 Å / Num. obs: 16002 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 10.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 3.09→3.14 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.914 / Num. unique obs: 785 / CC1/2: 0.382 / Rpim(I) all: 0.291 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4bw0

4bw0


解像度: 3.091→71.07 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2366 775 4.9 %
Rwork0.1866 --
obs0.1891 15829 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.091→71.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2696 1221 9 0 3926
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114118
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6215841
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.9182859
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081719
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009535
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0906-3.28430.38111410.3052403X-RAY DIFFRACTION97
3.2843-3.53780.33791330.26272452X-RAY DIFFRACTION99
3.5378-3.89380.28421080.21552482X-RAY DIFFRACTION99
3.8938-4.45720.22261110.1712529X-RAY DIFFRACTION99
4.4572-5.61530.1951490.16992520X-RAY DIFFRACTION100
5.6153-71.08880.21681330.16452668X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4298-0.9479-4.17152.23460.28893.0433-0.42090.91460.85740.55590.5818-0.3031.0163-2.1041-0.01650.7417-0.2636-0.08831.16780.20970.9626-4.670535.695238.2255
22.87030.7680.91130.75610.00712.3202-0.0113-0.3188-0.09390.0959-0.1862-0.2756-0.0897-0.96620.28270.72350.0314-0.00390.85530.02390.881810.256342.291847.2348
34.5054-0.40823.60013.6027-0.35828.4689-0.15850.0227-0.8125-0.9728-0.1505-0.6748-0.8871-1.3952-0.03880.91610.2155-0.04150.82370.0680.99054.259659.829345.0486
45.0018-2.00986.12213.311-3.74679.1520.15420.4868-1.7116-1.10531.30221.6134-0.9082-1.73-0.94831.13190.3260.01871.2090.29431.0957-2.784260.542850.1688
50.6155-1.0648-0.14672.85750.57810.09910.29020.2743-0.5173-0.37-0.43310.392-0.0083-0.43960.06890.81990.0944-0.02140.76260.09460.773310.489946.17146.9544
64.14711.815-1.79231.42340.67455.6204-0.0761-1.28720.10131.2146-1.09140.863-0.1845-1.24450.53660.8775-0.2182-0.07641.44530.11730.9879-1.191733.665145.9447
78.7702-2.8933-3.34129.5267-1.61632.10210.24110.5198-1.80140.7747-0.7541-1.6745-0.61241.0580.76391.5496-0.13890.12161.6357-0.31991.302513.595628.514915.7932
80.26151.01660.43617.75680.30341.52641.09830.9544-2.39540.5630.14241.44451.3886-1.4784-0.8571.0562-0.2414-0.73851.4477-0.42632.09847.939717.83129.5155
92.5715-0.673-1.93972.7329-0.85172.16690.17360.25552.26751.79820.70910.8695-0.24660.8151-0.35410.5392-0.13-0.05360.7314-0.1120.903617.446431.310834.6102
104.19360.02821.69651.769-0.34862.8820.33511.6202-1.1180.01470.07130.47820.88750.5922-0.26130.97150.036-0.1761.3554-0.25651.071715.928831.045626.1341
114.54970.4591-0.6494.1092-0.48563.92560.03692.3258-1.2495-0.8890.1585-0.03691.26810.00160.12830.888-0.0131-0.13141.5484-0.55151.088810.171525.798924.8793
127.80360.5497-2.23238.2715-3.36946.67730.41641.5026-1.53231.4197-0.0074-0.03610.6361-0.5401-0.79490.6979-0.2188-0.14041.0642-0.0371.30442.452228.106633.5405
134.3849-1.88-4.46550.97261.32786.5014-0.5509-1.4416-1.27590.7705-0.3167-0.3332.48220.80150.14571.2893-0.6225-0.83480.1471-0.55892.272814.831516.954834.032
140.737-0.0610.07630.8418-1.65593.2271-0.39941.2924-2.80820.70420.18711.24920.8182-0.54380.68781.78180.6957-0.10691.6648-0.76261.656617.863912.857823.0596
154.2896-0.4148-0.45523.64380.03993.2917-0.4088-0.80810.48291.10730.4906-0.1918-0.6246-0.2482-0.23421.39460.1907-00.8044-0.12590.936711.074265.205569.8668
167.6763.14170.24643.60653.81656.0206-0.82640.3784-0.47920.46960.7961.1311.31510.47340.13260.88410.17760.06510.6473-0.0240.748714.227351.414462.539
171.6367-0.47770.01965.60890.84483.9762-0.6228-0.2799-0.14281.63550.63330.96780.7557-0.4908-0.11591.13960.30450.31140.95480.15620.99728.58854.518868.3177
181.7656-3.0752-2.2468.9560.64285.8989-0.351-1.7173-1.3112.2347-0.0832-1.35740.58710.39610.8711.58530.170.00851.26190.36920.937914.310249.502173.6468
193.5398-1.7310.60915.05021.28493.4991-0.3765-0.4282-0.191.30890.6618-0.0271-0.9452-0.5162-0.16911.19670.36930.08530.7842-0.01140.821610.809862.339466.2579
207.22230.4836-2.83720.47550.73062.857-0.2184-2.28051.6020.21390.0841-0.3686-1.3010.24270.23851.53980.3124-0.34321.5287-0.28971.166920.555866.808376.7368
211.8628-1.5973-0.91122.20621.64520.81080.2395-0.64330.7244-0.1850.1918-0.3686-0.41710.6308-0.16710.7399-0.33810.00261.24970.01420.9008-26.881433.375847.6009
227.47641.9883-0.41412.11910.42571.42310.79851.2627-0.5962-0.1304-0.1867-0.333-0.18160.85-0.77920.6703-0.04780.03511.1962-0.02480.9143-30.664427.780246.4548
236.70963.5049-1.87551.8645-0.61964.21941.84510.8196-1.8379-0.353-1.04630.1301-0.3562-1.00670.01992.2782-0.31330.54921.1855-0.47891.6454-37.036737.101374.4293
244.5214-1.19916.54583.2530.24392.03130.6326-0.22090.38280.7542-0.4882-1.01630.67752.666-0.67350.832-0.5252-0.2461.7037-0.1491.0281-27.173822.981568.5004
253.74783.25341.00733.89440.17852.2957-1.21281.06491.6379-1.3432-0.68180.3665-0.3428-1.86151.38740.6429-0.0817-0.00151.1367-0.19980.8808-40.173827.870558.0288
263.6441-0.3365-0.01393.2978-1.06654.70650.2751-1.00581.11090.49530.2243-0.1142-0.61820.8467-0.29460.9503-0.3505-0.02751.1213-0.19720.8387-34.891431.943765.2639
274.45670.14510.40392.67150.98154.8273-0.58611.012-0.844-0.04640.9086-1.06752.08941.0826-0.63110.92890.1712-0.06791.11490.08240.7731-33.018517.808965.8978
285.19033.96532.57494.05573.55893.63850.8496-2.7323-1.53320.9133-1.2231-0.7484-0.20651.9311-0.26331.3514-0.55310.14181.68890.10520.8853-35.230820.485177.7983
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 5 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 6 through 15 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 16 through 19 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 5 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 6 through 15 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 16 through 19 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 8 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 9 through 31 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 32 through 40 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 41 through 68 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 69 through 85 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 86 through 93 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 94 through 103 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 104 through 117 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 1 through 31 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 32 through 40 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 41 through 61 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 62 through 68 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 69 through 103 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 104 through 117 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 1 through 11 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 12 through 19 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 1 through 8 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 9 through 31 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 32 through 40 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 41 through 93 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 94 through 103 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 104 through 117 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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