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Yorodumi- PDB-6hct: Crystal structure of Archeoglobus fulgidus L7Ae bound to its cogn... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hct | ||||||
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Title | Crystal structure of Archeoglobus fulgidus L7Ae bound to its cognate UTR k-turn | ||||||
Components |
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Keywords | RNA / Gene regulation / RNA structure / kink-turn / X-ray crystallography | ||||||
Function / homology | Function and homology information ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / ribosome biogenesis / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Archaeoglobus fulgidus (archaea) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.091 Å | ||||||
Authors | Huang, L. / Lilley, D.M.J. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: RNA / Year: 2019 Title: The role of RNA structure in translational regulation by L7Ae protein in archaea. Authors: Huang, L. / Ashraf, S. / Lilley, D.M.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6hct.cif.gz | 220.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6hct.ent.gz | 177.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6hct.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/6hct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/6hct | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4bw0S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-RNA chain , 3 types, 4 molecules ABEF
#1: RNA chain | Mass: 6140.737 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (archaea) #3: RNA chain | | Mass: 3546.178 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126) (archaea) Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) #4: RNA chain | | Mass: 2549.601 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (archaea) |
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-Protein , 1 types, 3 molecules CDG
#2: Protein | Mass: 12910.895 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126) (archaea) Gene: rpl7ae, AF_0764 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Gold (DE3) pLysS / References: UniProt: O29494 |
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-Non-polymers , 2 types, 5 molecules
#5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Chemical | ChemComp-SO4 / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.69 Å3/Da / Density % sol: 66.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 280 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 0.01 M Magnesium Acetate, 0.05 M MES pH 5.6, 2.5 M Ammonium Sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.91962 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 4, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91962 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.09→83.4 Å / Num. obs: 16002 / % possible obs: 99.97 % / Redundancy: 10.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 13.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.09→3.14 Å / Redundancy: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.914 / Num. unique obs: 785 / CC1/2: 0.382 / Rpim(I) all: 0.291 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4bw0 Resolution: 3.091→71.07 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.98
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.091→71.07 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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