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万見
- PDB-6hcr: Synthetic Self-assembling ADDomer Platform for Highly Efficient V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hcr
タイトルSynthetic Self-assembling ADDomer Platform for Highly Efficient Vaccination by Genetically-encoded Multi-epitope Display
要素Penton protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / engineered / virus / like / particle / ADDomer / Ad3 / penton / base / adenovirus / synthetic / vaccine / biobrick / human / homosapien / dodecahedron / icosohedral / epitode / display / scaffold
機能・相同性Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / T=25 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / metal ion binding / Penton protein
機能・相同性情報
生物種Human adenovirus B serotype 3 (ヒトアデノウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Bufton, J.C. / Berger, I. / Schaffitzel, C. / Garzoni, F. / Rabi, F.A.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Synthetic self-assembling ADDomer platform for highly efficient vaccination by genetically encoded multiepitope display.
著者: Charles Vragniau / Joshua C Bufton / Frédéric Garzoni / Emilie Stermann / Fruzsina Rabi / Céline Terrat / Mélanie Guidetti / Véronique Josserand / Matt Williams / Christopher J Woods / ...著者: Charles Vragniau / Joshua C Bufton / Frédéric Garzoni / Emilie Stermann / Fruzsina Rabi / Céline Terrat / Mélanie Guidetti / Véronique Josserand / Matt Williams / Christopher J Woods / Gerardo Viedma / Phil Bates / Bernard Verrier / Laurence Chaperot / Christiane Schaffitzel / Imre Berger / Pascal Fender /
要旨: Self-assembling virus-like particles represent highly attractive tools for developing next-generation vaccines and protein therapeutics. We created ADDomer, an adenovirus-derived multimeric protein- ...Self-assembling virus-like particles represent highly attractive tools for developing next-generation vaccines and protein therapeutics. We created ADDomer, an adenovirus-derived multimeric protein-based self-assembling nanoparticle scaffold engineered to facilitate plug-and-play display of multiple immunogenic epitopes from pathogens. We used cryo-electron microscopy at near-atomic resolution and implemented novel, cost-effective, high-performance cloud computing to reveal architectural features in unprecedented detail. We analyzed ADDomer interaction with components of the immune system and developed a promising first-in-kind ADDomer-based vaccine candidate to combat emerging Chikungunya infectious disease, exemplifying the potential of our approach.
履歴
登録2018年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0198
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0198
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
z: Penton protein
A: Penton protein
B: Penton protein
C: Penton protein
D: Penton protein
E: Penton protein
F: Penton protein
G: Penton protein
H: Penton protein
I: Penton protein
J: Penton protein
K: Penton protein
L: Penton protein
M: Penton protein
N: Penton protein
O: Penton protein
P: Penton protein
Q: Penton protein
R: Penton protein
S: Penton protein
T: Penton protein
V: Penton protein
W: Penton protein
X: Penton protein
Y: Penton protein
Z: Penton protein
a: Penton protein
b: Penton protein
c: Penton protein
d: Penton protein
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f: Penton protein
g: Penton protein
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n: Penton protein
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p: Penton protein
q: Penton protein
r: Penton protein
s: Penton protein
t: Penton protein
u: Penton protein
v: Penton protein
w: Penton protein
x: Penton protein
y: Penton protein
1: Penton protein
2: Penton protein
3: Penton protein
4: Penton protein
5: Penton protein
6: Penton protein
7: Penton protein
8: Penton protein
9: Penton protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,815,89860
ポリマ－3,815,89860
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, Purified by Sucrose Gradient and Gel filtration followed by Negative stain/Cryo-EM analysis., equilibrium centrifugation, Observed via Sucrose Gradient, Gel ...根拠: equilibrium centrifugation, Purified by Sucrose Gradient and Gel filtration followed by Negative stain/Cryo-EM analysis., equilibrium centrifugation, Observed via Sucrose Gradient, Gel filtration and in negative stain/cryo electron micrographs.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 ...
Penton protein / CP-P / Penton base protein / Protein III


分子量: 63598.293 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus B serotype 3 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L2 / 細胞株 (発現宿主): High Five Cells (BTI-TN-5B1-4) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q2Y0H9

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ADDomer: An engineered viral like particle derived from penton base protein of Human adenovirus B3 (Ad3).
タイプ: COMPLEX
詳細: Recombinantly expressed and purified ADDomer complex (penton base dodecahedron).
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 3.811834 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Human adenovirus B3 (ヒトアデノウイルス)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 0.25 sec. / 電子線照射量: 1.3125 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1060
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION2.1粒子像選択
2RELION2.2画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
9RELION2.1初期オイラー角割当
10RELION2.1最終オイラー角割当
11RELION2.1分類
12RELION2.1３次元再構成
13PHENIX1.13モデル精密化Real space refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1758 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL
詳細: The model was adjusted to fit into the map manually using COOT before further iterative positional and B-factor refinement in real space using Phenix Real-Space refinement software. Final ...詳細: The model was adjusted to fit into the map manually using COOT before further iterative positional and B-factor refinement in real space using Phenix Real-Space refinement software. Final adjustments were carried out in COOT.
原子モデル構築PDB-ID: 4AR2

4ar2


PDB chain-ID: A / Accession code: 4AR2 / Pdb chain residue range: 61-542 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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