PDB-6hcl: Crystal structure of a MFS transporter with Ligand at 2.69 Angstr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hcl

タイトル

Crystal structure of a MFS transporter with Ligand at 2.69 Angstroem resolution

要素

Major facilitator superfamily MFS_1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / MFS transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

symporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Syntrophobacter fumaroxidans MPOB (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Kalbermatter, D. / Bosshart, P. / Bonetti, S. / Fotiadis, D.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Mechanistic basis of L-lactate transport in the SLC16 solute carrier family.
著者: Bosshart, P.D. / Kalbermatter, D. / Bonetti, S. / Fotiadis, D.

履歴

登録	2018年8月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / software / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _software.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hcl.cif.gz	303.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hcl.ent.gz	249 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hcl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hcl_validation.pdf.gz	644.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hcl_full_validation.pdf.gz	665 KB	表示
XML形式データ	6hcl_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	6hcl_validation.cif.gz	37.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/6hcl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/6hcl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6g9xSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6g9x-1 5f5u-1 5vgr-2 1d6f-d 5gj7-1 5u7j-4 3b9o-1 3l1l-d 1iyl-1 2hrz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Major facilitator superfamily MFS_1

B: Major facilitator superfamily MFS_1

ヘテロ分子

90.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Major facilitator superfamily MFS_1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
45.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Major facilitator superfamily MFS_1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.423, 200.016, 63.323
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質

Major facilitator superfamily MFS_1

分子量: 44799.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Syntrophobacter fumaroxidans MPOB (バクテリア)
遺伝子: Sfum_3364 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0LNN5

#2: 化合物

ChemComp-2OP / (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID / L-乳酸

分子量: 90.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₃

#3: 糖

ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₃₀O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.94 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: zinc bromide, HEPES, jeffamine ED-2003

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→47.52 Å / Num. obs: 30961 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 55.9 % / B_iso Wilson estimate: 94.8 Å² / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 40.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.68 Å / 冗長度: 57.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1341 / CC_1/2: 0.59 / R_pim(I) all: 0.9 / R_rim(I) all: 5.1 / % possible all: 88.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS	Jan 26, 2018 (BUILT 20180302)	データ削減
autoPROC	1.0.5 (20170920)	データスケーリング
PHASER	2.8.1	位相決定
Coot	0.8.9.1	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6G9X

6g9x

解像度: 2.5→24.826 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.98

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2593	1545	5 %
R_work	0.239	-	-
obs	0.24	30902	66.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→24.826 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5732	0	39	0	5771

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5940
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.911	8076
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.227	3302
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	902
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	981

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5003-2.5809	0.4338	25	0.421	489	X-RAY DIFFRACTION	12
2.5809-2.6731	0.4952	38	0.3415	716	X-RAY DIFFRACTION	18
2.6731-2.7799	0.3562	56	0.3229	1055	X-RAY DIFFRACTION	27
2.7799-2.9063	0.316	83	0.285	1583	X-RAY DIFFRACTION	40
2.9063-3.0592	0.3004	124	0.2866	2344	X-RAY DIFFRACTION	59
3.0592-3.2505	0.3034	161	0.2781	3071	X-RAY DIFFRACTION	77
3.2505-3.5009	0.2587	200	0.2439	3791	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5009-3.852	0.2498	209	0.2291	3982	X-RAY DIFFRACTION	100
3.852-4.4067	0.2284	212	0.2118	4026	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4067-5.5418	0.2949	215	0.2347	4066	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5418-24.8276	0.2437	222	0.2451	4234	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8408	0.3159	-0.217	2.4824	-0.311	2.6681	0.1545	0.6907	0.0194	-1.7612	-0.601	0.6813	-0.4102	-0.6754	0.0838	1.3638	0.4076	-0.2961	0.5086	-0.047	0.5528	-13.7152	33.1617	1.8472
2	1.8021	-0.6169	0.0597	3.7501	0.9811	3.0736	0.0864	-0.1918	0.4293	-0.5849	-0.0255	0.0765	-0.4636	-0.2357	0.0046	0.3014	0.0511	-0.007	0.3337	-0.0648	0.354	-5.4516	28.7547	19.5947
3	3.0571	0.2799	0.3857	3.2648	-0.052	3.0087	0.1777	0.1069	0.2612	-0.282	-0.1767	-2.5214	0.3982	1.1974	-0.026	1.0491	0.4694	0.2285	1.3956	0.0601	1.3309	38.3384	23.4678	25.3335
4	2.279	-0.3809	0.3354	1.5106	-0.2399	1.7182	-0.1954	0.0693	-0.0014	-0.1218	0.127	-1.067	0.238	1.1589	-0.2012	0.4664	0.6528	0.5855	1.9189	-0.0347	1.7527	46.15	21.2104	20.494
5	3.1013	-0.2836	-0.9557	3.0462	0.0222	4.2955	0.1718	-0.9632	-0.0797	0.4356	0.2174	-1.5827	0.8829	1.1982	0.0645	1.2387	0.1775	-0.1104	1.6986	0.4983	1.6691	36.2311	20.2646	36.3525
6	1.6169	-1.0672	-0.1424	4.9326	1.2085	3.9605	0.237	0.8412	-0.0822	-0.3455	0.6783	-1.5159	-0.5511	0.9977	0.5358	0.5749	0.2488	0.0938	2.3968	0.1757	2.2238	50.1648	28.1846	28.18
7	2.9074	0.3971	0.251	1.6356	0.0607	3.9952	-0.409	-0.3985	-0.826	0.2147	0.219	-1.6239	1.3327	0.4221	-0.0888	1.1034	0.1396	0.0791	0.8763	-0.0206	1.1167	22.9301	16.9254	27.8936
8	3.9922	0.0051	0.5449	3.7584	0.4925	3.5892	0.0125	-0.3143	0.3181	0.0847	0.0039	-0.2612	0.3983	0.2782	0.0063	0.5638	-0.0366	0.0547	0.749	-0.0909	0.5132	19.9598	26.2311	30.6273

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 187 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 188 through 420 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 11 through 74 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 75 through 109 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 110 through 158 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 159 through 187 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 188 through 258 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 259 through 407 )

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