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- PDB-6hci: Crystal structure of titin M3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hci
タイトルCrystal structure of titin M3 domain
要素Titin
キーワードTRANSFERASE / Titin / Ig domains / Sarcomere / M-band
機能・相同性
機能・相同性情報


sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy ...sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / Striated Muscle Contraction / actinin binding / M band / I band / cardiac muscle cell development / regulation of protein kinase activity / structural constituent of muscle / sarcomere organization / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / protein kinase A signaling / condensed nuclear chromosome / muscle contraction / positive regulation of protein secretion / Z disc / response to calcium ion / : / actin filament binding / Platelet degranulation / protein tyrosine kinase activity / protease binding / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain ...PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Chatziefthimiou, S.D. / Ugurlar, D. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Structural diversity in the atomic resolution 3D fingerprint of the titin M-band segment.
著者: Chatziefthimiou, S.D. / Hornburg, P. / Sauer, F. / Mueller, S. / Ugurlar, D. / Xu, E.R. / Wilmanns, M.
履歴
登録2018年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Titin
B: Titin
C: Titin
D: Titin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,86212
ポリマ－47,0934
非ポリマー7698
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area20830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.061, 106.061, 75.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
Titin / Connectin / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.14


分子量: 11773.259 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M ammonium sulfate 23% w/v polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.99188 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→39.234 Å / Num. obs: 27434 / % possible obs: 97.46 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 30.54 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1195 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.12→2.196 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.888 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2320 / CC1/2: 0.529 / % possible all: 83.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Telokin

解像度: 2.12→39.234 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2449 1317 4.8 %
Rwork0.1918 --
obs0.1943 27423 97.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→39.234 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3061 0 40 188 3289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043237
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6914418
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.3432492
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004577
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.12-2.20490.29581300.26812462X-RAY DIFFRACTION84
2.2049-2.30530.31271290.24072763X-RAY DIFFRACTION94
2.3053-2.42680.31371230.22282961X-RAY DIFFRACTION100
2.4268-2.57880.28151410.21552947X-RAY DIFFRACTION100
2.5788-2.77790.31511480.21642973X-RAY DIFFRACTION100
2.7779-3.05730.25391750.20062925X-RAY DIFFRACTION100
3.0573-3.49950.23291690.1712972X-RAY DIFFRACTION100
3.4995-4.4080.18221400.15883014X-RAY DIFFRACTION100
4.408-39.24080.23751620.18853089X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.32661.72470.40843.92660.13792.3142-0.00530.16450.2361-0.06330.0033-0.0881-0.08090.06620.02410.17790.03120.01130.19220.02170.131973.1726-22.2102-5.2069
24.4741-0.7691.80851.3901-0.33161.7039-0.075-0.2863-0.318-0.01050.17860.1167-0.0668-0.3268-0.09250.2087-0.00370.02470.22050.03790.152444.6577-29.3123-2.618
34.51480.6681-0.09133.8149-0.02632.51050.0234-0.2552-0.00490.33480.04360.41140.08720.0319-0.07820.23810.02350.02070.1381-0.00610.214739.1801-7.8892-6.3501
45.8637-1.6146-1.3313.4838-0.27442.69320.03750.00790.57230.0043-0.1033-0.7074-0.10740.39540.080.258-0.0158-0.07770.23170.04290.362667.4181-2.4142-12.14
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 8:104)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 7:105)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 8:103)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 8:104)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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