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万見
- PDB-3k6j: Crystal structure of the dehydrogenase part of multifuctional enz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k6j
タイトルCrystal structure of the dehydrogenase part of multifuctional enzyme 1 from C.elegans
要素Protein F01G10.3, confirmed by transcript evidence
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


(3S)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding / isomerase activity / peroxisome / lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 - #50 / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 - #50 / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Enoyl-CoA Hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ouyang, Z. / Zhang, K. / Zhai, Y. / Lu, J. / Sun, F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the dehydrogenase part of multifuctional enzyme 1 from C.elegans
著者: Ouyang, Z. / Zhang, K. / Zhai, Y. / Lu, J. / Sun, F.
履歴
登録2009年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein F01G10.3, confirmed by transcript evidence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6926
ポリマ－52,2461
非ポリマー4455
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.025, 90.657, 66.206
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Protein F01G10.3, confirmed by transcript evidence


分子量: 52246.371 Da / 分子数: 1 / 断片: the dehydrogenase part (UNP residues 7-426) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: ech-9, F01G10.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O17762
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.11 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.1M K2HPO4, 20% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月10日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→31.09 Å / Num. all: 24541 / Num. obs: 24533 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 34.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.676 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 2404 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345CCDデータ収集
PHASER位相決定
OASISモデル構築
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
OASIS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZCJ

1zcj


解像度: 2.2→31.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 6.922 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26734 1230 5 %RANDOM
Rwork0.20971 ---
all0.21256 24489 --
obs0.21256 23225 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.314 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å20 Å2
2---1.44 Å20 Å2
3---1.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→31.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3429 0 21 176 3626
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223529
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2781.9584755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3575432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.54324.762168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.54715653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8181518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7011.52141
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.323455
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9331388
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1434.51298
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 100 -
Rwork0.259 1672 -
obs-1230 99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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