+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hcg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Klebsiella pneumoniae type II secretion system outer membrane complex. PulD, PulS and PulC HR domain. | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT / Type II secretion system / secretin / outer membrane channel | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / cell outer membrane / intracellular protein transport / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | ||||||
![]() | Chernyatina, A.A. / Low, H.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Core architecture of a bacterial type II secretion system. 著者: Anastasia A Chernyatina / Harry H Low / ![]() 要旨: Bacterial type II secretion systems (T2SSs) translocate virulence factors, toxins and enzymes across the cell outer membrane. Here we use negative stain and cryo-electron microscopy to reveal the ...Bacterial type II secretion systems (T2SSs) translocate virulence factors, toxins and enzymes across the cell outer membrane. Here we use negative stain and cryo-electron microscopy to reveal the core architecture of an assembled T2SS from the pathogen Klebsiella pneumoniae. We show that 7 proteins form a ~2.4 MDa complex that spans the cell envelope. The outer membrane complex includes the secretin PulD, with all domains modelled, and the pilotin PulS. The inner membrane assembly platform components PulC, PulE, PulL, PulM and PulN have a relative stoichiometric ratio of 2:1:1:1:1. The PulE ATPase, PulL and PulM combine to form a flexible hexameric hub. Symmetry mismatch between the outer membrane complex and assembly platform is overcome by PulC linkers spanning the periplasm, with PulC HR domains binding independently at the secretin base. Our results show that the T2SS has a highly dynamic modular architecture, with implication for pseudo-pilus assembly and substrate loading. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 239 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 385.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70328.633 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: gspD, pulD, B4U30_01620, BANRA_04386, BL124_00006830, C3F39_10150, CK508_015045, E0760_18600, E1814_01470, EAO17_18605, SK89_02022 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 15872.848 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 30245.924 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pulC, gspC, outC, B1727_29100, B4U22_01185, BL124_0006760, C3F39_10145, C9J88_23460, CPT10_02240, CSC88_13925, CWQ24_23120, KpST82_0728, PMK1_02469, SM57_00150 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Klebsiella pneumoniae type II secretion system outer membrane complex. PulD, PulS and PulC HR domain. タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 1.3 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 0.3 sec. / 電子線照射量: 1.25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C15 (15回回転対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7284 / 対称性のタイプ: POINT |