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- PDB-6hce: Crystal structure of chicken riboflavin binding protein in "Apo" ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hce
タイトルCrystal structure of chicken riboflavin binding protein in "Apo" form at 2.5 A resolution
要素Riboflavin-binding protein
キーワードFLAVOPROTEIN / Chicken Egg / Riboflavin / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of sensory perception of sweet taste / negative regulation of sensory perception of bitter taste / riboflavin binding / riboflavin transport / riboflavin transmembrane transporter activity / signaling receptor activity / external side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Folate receptor / Folate receptor-like / Folate receptor family
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Riboflavin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Loch, J.I. / Lipowska, J. / Lewinski, K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of chicken riboflavin binding protein in "Apo" form at 2.5 A resolution
著者: Loch, J.I. / Lipowska, J. / Lewinski, K.
履歴
登録2018年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Riboflavin-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,38417
ポリマ－27,8821
非ポリマー1,50116
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area11110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.008, 110.008, 71.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 Riboflavin-binding protein / RBP


分子量: 27882.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P02752
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 174分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3.5 M Ammonium sulfate, 100 mM HEPES; pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION SUPERNOVA / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月20日
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→15.44 Å / Num. obs: 17468 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.5-2.642.60.56725460.6970.4340.71999.7
7.91-15.441.90.0314640.9980.0250.0478.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CrysalisProデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KMZ

4kmz


解像度: 2.5→14.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 11.496 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23076 1237 7.1 %RANDOM
Rwork0.18093 ---
obs0.18447 16212 98.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.386 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.03 Å2-0 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→14.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1601 0 91 160 1852
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0191758
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2691.9782376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76833559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4555206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.322582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.98215291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.01156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02388
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.8141.893809
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3221.877805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.512.8131006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.5092.8181007
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.5662.776949
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other10.5652.776949
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.6513.8311367
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.93717.1592083
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.93417.0642074
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 88 -
Rwork0.288 1175 -
obs--99.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93150.91440.11380.46560.14441.8448-0.09450.17920.1239-0.06210.11160.04010.0634-0.3184-0.01710.0241-0.04970.00470.1362-0.00930.01993.4261.25726.125
23.04261.5148-0.10621.34160.24483.49250.1528-0.33890.09190.0722-0.10130.263-0.0835-0.3964-0.05150.1396-0.07040.01540.1813-0.00010.112591.29262.91240.197
32.77780.32130.21934.3778-0.55939.30690.03680.12660.268-0.16820.08780.0346-0.2654-0.1524-0.12460.0869-0.0022-0.02770.01870.00660.0603105.79472.02735.765
43.82561.60271.6760.91610.72271.94870.0611-0.36670.12230.1384-0.16440.10860.1582-0.36520.10320.1002-0.04410.01680.0925-0.00850.029593.95461.43744.809
511.9696-1.2988-0.73975.09230.06796.7690.1833-0.17850.79890.1624-0.09740.5262-0.0818-1.0613-0.08580.1007-0.10660.03950.312-0.02620.129676.64455.3539.149
67.773-2.083.21515.483210.931810.73330.3029-0.5183-0.95270.1147-0.09470.56960.4327-0.4766-0.20820.3092-0.1898-0.11040.2090.11970.195275.48245.940.416
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2A100 - 131
3X-RAY DIFFRACTION3A132 - 154
4X-RAY DIFFRACTION4A155 - 188
5X-RAY DIFFRACTION5A189 - 215
6X-RAY DIFFRACTION6A216 - 231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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