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- PDB-6hc0: Bdellovibrio bacteriovorus DgcB FHA domain, tail complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hc0
タイトルBdellovibrio bacteriovorus DgcB FHA domain, tail complex
要素
  • DgcB N-terminus
  • GGDEF domain protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / GGDEF / FHA / c-di-GMP / diguanylate cyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / nucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Nucleotide cyclase ...: / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Nucleotide cyclase / SMAD/FHA domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / diguanylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)
Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Lovering, A.L. / Meek, R.W.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for activation of a diguanylate cyclase required for bacterial predation in Bdellovibrio.
著者: Meek, R.W. / Cadby, I.T. / Moynihan, P.J. / Lovering, A.L.
履歴
登録2018年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DgcB N-terminus
B: GGDEF domain protein
C: GGDEF domain protein
D: GGDEF domain protein
E: GGDEF domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4596
ポリマ－45,4135
非ポリマー461
水5,116284
1
A: DgcB N-terminus


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 706 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7061
ポリマ－7061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GGDEF domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1771
ポリマ－11,1771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: GGDEF domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2232
ポリマ－11,1771
非ポリマー461
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: GGDEF domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1771
ポリマ－11,1771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: GGDEF domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1771
ポリマ－11,1771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.350, 69.370, 128.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21C
12B
22D
13B
23E
14C
24D
15C
25E
16D
26E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYBB32 - 1331 - 102
21GLYGLYCC32 - 1331 - 102
12LYSLYSBB32 - 1321 - 101
22LYSLYSDD32 - 1321 - 101
13GLYGLYBB32 - 1331 - 102
23GLYGLYEE32 - 1331 - 102
14LYSLYSCC32 - 1321 - 101
24LYSLYSDD32 - 1321 - 101
15SERSERCC32 - 1341 - 103
25SERSEREE32 - 1341 - 103
16LYSLYSDD32 - 1321 - 101
26LYSLYSEE32 - 1321 - 101

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質・ペプチド DgcB N-terminus


分子量: 705.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)
遺伝子: Bd0742 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6MPU8*PLUS
#2: タンパク質
GGDEF domain protein


分子量: 11176.827 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (strain ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100) (バクテリア)
遺伝子: Bd0742 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6MPU8
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2M ammonium formate, 10% polyvinylpyrrolidone, 20% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→64.46 Å / Num. obs: 52209 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.87-1.9212.61.92237870.6170.5582.003100
8.36-36.5310.80.0336820.9990.010.03599.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.29データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→64.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 6.047 / SU ML: 0.087 / SU R Cruickshank DPI: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.103
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2055 2569 4.9 %RANDOM
Rwork0.1766 ---
obs0.178 49572 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.65 Å2 / Biso mean: 42.449 Å2 / Biso min: 24.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.87→64.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3135 0 3 284 3422
Biso mean--37.92 48.01 -
残基数----420
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193205
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.791.9854358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98337325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6995421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.6125.963109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.99315557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.717158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02540
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B59780.1
12C59780.1
21B59320.11
22D59320.11
31B60720.09
32E60720.09
41C59600.09
42D59600.09
51C59460.09
52E59460.09
61D57980.11
62E57980.11
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.919 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 182 -
Rwork0.283 3599 -
all-3781 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71971.5065-3.41925.2985-2.899539.18230.013-0.03670.18310.0842-0.28730.0694-0.8744-0.15910.27420.15470.0022-0.07410.2003-0.02170.3474-23.64126.5481.032
22.92750.64781.09633.77610.81783.6870.05760.2654-0.1839-0.1538-0.0534-0.16750.17810.2585-0.00410.04720.0378-0.01420.0492-0.0270.0618-17.8237.086-17.106
32.0978-1.3834-0.19423.7320.35474.11170.0207-0.08610.0029-0.1295-0.0110.1983-0.0484-0.2029-0.00970.08910.0002-0.03560.0161-0.00440.0332-38.79217.391-33.598
44.1051-1.751-1.88183.96640.69033.28870.0084-0.2119-0.22-0.10020.08810.02950.0090.2624-0.09660.025-0.00360.00840.0237-0.00060.0431-37.27114.4680.964
52.1010.6673-0.36484.8839-0.94015.5344-0.1191-0.06840.01990.4018-0.0450.3916-0.3018-0.1920.16410.22290.06740.05770.04140.02190.0915-43.63136.951-15.173
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13
2X-RAY DIFFRACTION2B32 - 136
3X-RAY DIFFRACTION3C32 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4D32 - 133
5X-RAY DIFFRACTION5E32 - 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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