PDB-6hb1: Structure of Hgh1, crystal form I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hb1

タイトル

Structure of Hgh1, crystal form I

要素

Protein HGH1

キーワード

CHAPERONE / solenoid protein / Armadillo repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

translation elongation factor binding / chaperone-mediated protein folding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Moenkemeyer, L. / Klaips, C.L. / Balchin, D. / Koerner, R. / Hartl, F.U. / Bracher, A.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Chaperone Function of Hgh1 in the Biogenesis of Eukaryotic Elongation Factor 2.
著者: Monkemeyer, L. / Klaips, C.L. / Balchin, D. / Korner, R. / Hartl, F.U. / Bracher, A.

履歴

登録	2018年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月27日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hb1.cif.gz	835.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hb1.ent.gz	709.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hb1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/6hb1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/6hb1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hb2SC 6hb3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hb2-2 1rcw-2 6hb3-3 2ji5-d 6hb2-1 1wwm-d 3hu5-d 2xol-d 1y6h-d 6bwy-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein HGH1

B: Protein HGH1

C: Protein HGH1

D: Protein HGH1

ヘテロ分子

168 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein HGH1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein HGH1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Protein HGH1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Protein HGH1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.207, 86.427, 88.368
Angle α, β, γ (deg.)	118.480, 105.800, 99.150
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Protein HGH1 / HMG1/2 protein homolog 分子量: 41891.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: HGH1, YGR187C, G7538 / プラスミド: pProEX-HtB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P48362
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.67 % / Mosaicity: 0.12 °
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 10% PEG-3350, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 and 20 mM DTT

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.97895 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97895 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.33→44.2 Å / Num. obs: 79967 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 552895 / Scaling rejects: 4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.33-2.37	4.8	0.911	4219	0.597	0.44	1.017	91.2
11.87-44.2	7.4	0.073	604	0.996	0.029	0.079	98.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	VERSION January 10, 2014	データ削減
Aimless	0.1.27	データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6HB2

6hb2

解像度: 2.33→29.303 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.13 / 位相誤差: 25.64

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2262	7999	5.03 %
R_work	0.1766	-	-
obs	0.179	159137	98.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 182.95 Å² / B_iso mean: 63.3313 Å² / B_iso min: 25.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.33→29.303 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11430	0	3	403	11836
B_iso mean	-	-	126.62	50.37	-
残基数	-	-	-	-	1429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11657
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.683	15736
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	1812
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2018
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.731	4486

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.33-2.3565	0.4262	262	0.3363	4706	4968	91
2.3565-2.3842	0.3268	279	0.2984	4961	5240	99
2.3842-2.4132	0.3231	248	0.2821	5038	5286	99
2.4132-2.4438	0.3315	244	0.2712	4995	5239	99
2.4438-2.4759	0.3593	232	0.2672	5024	5256	96
2.4759-2.5098	0.284	298	0.2517	5011	5309	99
2.5098-2.5456	0.2775	241	0.2458	5092	5333	99
2.5456-2.5836	0.2954	290	0.2319	5027	5317	99
2.5836-2.624	0.284	256	0.2417	5046	5302	99
2.624-2.667	0.3133	264	0.2354	5047	5311	99
2.667-2.7129	0.2945	315	0.2263	4990	5305	99
2.7129-2.7622	0.2442	241	0.2175	5154	5395	99
2.7622-2.8153	0.287	289	0.2231	4975	5264	99
2.8153-2.8727	0.2705	281	0.2274	5105	5386	99
2.8727-2.9351	0.3667	258	0.2305	5048	5306	99
2.9351-3.0033	0.3169	280	0.2149	5031	5311	99
3.0033-3.0784	0.2534	264	0.2014	5020	5284	98
3.0784-3.1615	0.2419	274	0.1981	5006	5280	99
3.1615-3.2544	0.2432	240	0.2027	5120	5360	100
3.2544-3.3593	0.2634	256	0.2011	5072	5328	99
3.3593-3.4792	0.2408	286	0.1938	5031	5317	99
3.4792-3.6183	0.2265	258	0.1726	5113	5371	99
3.6183-3.7826	0.1816	276	0.1531	5027	5303	100
3.7826-3.9816	0.1977	286	0.1477	5031	5317	98
3.9816-4.2304	0.1809	264	0.1402	5141	5405	100
4.2304-4.5559	0.1806	276	0.1296	5039	5315	100
4.5559-5.0123	0.1735	242	0.1237	5121	5363	100
5.0123-5.7329	0.1709	271	0.1405	5095	5366	100
5.7329-7.205	0.207	259	0.1558	5052	5311	99
7.205-29.3052	0.165	269	0.1307	5020	5289	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6258	0.8414	1.1515	1.4483	0.6144	2.0456	-0.1074	-0.0564	0.0894	-0.0819	0.0093	0.1549	-0.1034	-0.2834	0.077	0.3247	0.0586	0.0688	0.3589	0.017	0.3091	-57.1774	-12.1323	-33.2669
2	2.9172	-0.497	1.9622	1.0387	-0.5643	2.114	-0.1618	0.3005	0.4536	0.0361	-0.0237	-0.1276	-0.0293	0.3023	0.1611	0.3888	0.041	0.0629	0.3918	0.0358	0.3716	-0.4807	-0.1686	-0.3793
3	3.3015	1.1243	0.0918	1.1971	0.2294	0.7283	-0.0977	-0.2888	-0.305	0.0371	-0.0094	-0.1042	-0.0846	0.0706	0.076	0.432	0.0462	0.0196	0.3686	0.1147	0.3386	29.4979	-31.7326	13.8934
4	3.3542	-0.6684	0.6111	1.007	-0.3427	0.8959	0.1985	0.4104	-0.5742	-0.1081	0.0005	0.0343	0.2033	0.1406	-0.2072	0.4512	0.0252	0.0265	0.3365	-0.1154	0.4645	-29.7773	-44.4112	-14.3253

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 358 )	A	2 - 358
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 0 through 356 )	B	0 - 356
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 1 through 356 )	C	1 - 356
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid -1 through 357 )	D	-1 - 357

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