+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hap | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Adenylate kinase | ||||||
要素 | Adenylate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Adenylat kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli O139:H28 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Kantaev, R. / Inbal, R. / Goldenzweig, A. / Barak, Y. / Dym, O. / Peleg, Y. / Albek, S. / Fleishman, S.J. / Haran, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2018 タイトル: Manipulating the Folding Landscape of a Multidomain Protein. 著者: Kantaev, R. / Riven, I. / Goldenzweig, A. / Barak, Y. / Dym, O. / Peleg, Y. / Albeck, S. / Fleishman, S.J. / Haran, G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hap.cif.gz | 55.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6hap.ent.gz | 39.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hap.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/6hap ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/6hap | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23696.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (大腸菌) 株: E24377A / ETEC / 遺伝子: adk, EcE24377A_0513 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: A7ZIN4, adenylate kinase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-AP5 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.78 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 10% PEG 3350 0.05M Tris pH=5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5417 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年9月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5417 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→43.49 Å / Num. obs: 7058 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.8 % / Rsym value: 0.0356 / Net I/σ(I): 16.48 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.8 % / Num. unique obs: 696 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4JZK 解像度: 2.7→43.49 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.17
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.49 Å
| ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|