PDB-6hag: The structure of the SAM/SAH-binding riboswitch.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hag

タイトル

The structure of the SAM/SAH-binding riboswitch.

要素

SAM Riboswitch

キーワード

RNA / riboswitch / SAM / SAH / pseudoknot

機能・相同性

S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Proteobacteria (バクテリア)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Weickhmann, A.K.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: The structure of the SAM/SAH-binding riboswitch.
著者: Weickhmann, A.K. / Keller, H. / Wurm, J.P. / Strebitzer, E. / Juen, M.A. / Kremser, J. / Weinberg, Z. / Kreutz, C. / Duchardt-Ferner, E. / Wohnert, J.

履歴

登録	2018年8月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.3	2020年1月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hag.cif.gz	317.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hag.ent.gz	267.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hag.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hag_validation.pdf.gz	442.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hag_full_validation.pdf.gz	484.7 KB	表示
XML形式データ	6hag_validation.xml.gz	6 KB	表示
CIF形式データ	6hag_validation.cif.gz	10.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/6hag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/6hag	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ivn-2 1y26-d 6p2h-d 4tzx-d 6e33-d 4fei-1 1t6v-1 2mhq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 27452

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (2) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (1) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (2) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (2)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (2)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SAM Riboswitch

ヘテロ分子

14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 10	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	target function

#1: RNA鎖	SAM Riboswitch 分子量: 13833.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteobacteria (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	39	1	isotropic	5	2D 1H-15N HSQC
1	55	3	isotropic	4	2D 1H-15N HSQC
1	54	6	isotropic	3	2D 1H-15N HSQC
1	53	7	isotropic	3	2D 1H-15N HSQC
2	52	2	isotropic	5	2D 1H-15N HSQC NH2 only
2	51	1	isotropic	5	2D 1H-13C HSQC aliphatic
2	50	6	isotropic	5	2D 1H-13C HSQC aliphatic
2	49	3	isotropic	5	2D 1H-13C HSQC aliphatic
2	48	7	isotropic	5	2D 1H-13C HSQC aliphatic
2	47	1	isotropic	5	2D 1H-13C HSQC aromatic
2	46	6	isotropic	3	2D 1H-13C HSQC aromatic
2	45	3	isotropic	3	2D 1H-13C HSQC aromatic
2	44	7	isotropic	3	2D 1H-13C HSQC aromatic
3	43	8	isotropic	4	2D 1H-1H NOESY
2	42	6	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
2	41	3	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
2	40	7	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
2	57	9	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic3D 1H-13C NOESY aliphatic
2	56	10	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
2	58	11	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
3	59	8	isotropic	4	2D 1H-1H NOESY
2	60	9	isotropic	3	3D (H)CCH-TOCSY
2	61	9	isotropic	3	3D (H)CCH-COSY
2	62	10	isotropic	3	3D (H)CCH-TOCSY
2	63	10	isotropic	3	3D (H)CCH-COSY
2	64	11	isotropic	3	3D (H)CCH-TOCSY
2	65	11	isotropic	3	3D (H)CCH-COSY
1	66	8	isotropic	4	1D 1H-HS11ECHO
1	67	1	isotropic	3	2D 1H-15N HNN-COSY
2	68	7	isotropic	3	2D 1H-13C HNCO
2	69	3	isotropic	3	2D 1H-13C HNCO
2	70	6	isotropic	3	2D 1H-13C H5C5(C4N)H
2	71	3	isotropic	3	2D 1H-15N HCN aromatic
2	72	10	isotropic	3	2D 1H-15N HCN aliphatic
2	73	2	isotropic	3	2D 1H-15N 2bond-HSQC
2	74	9	isotropic	2	TROSY relayed (H)CCH-COSY
2	75	7	isotropic	2	2D 1H-13C long-rangeH8(C8)C5(N1)H1
2	76	3	isotropic	3	2D 1H-13C H5C5(C4N)H
2	77	6	isotropic	3	2D 1H-15N HCN aromatic
2	78	9	isotropic	3	2D 1H-15N HCN aliphatic
2	79	7	isotropic	3	2D 1H-15N HCN aromatic
2	80	11	isotropic	3	2D 1H-15N HCN aliphatic
1	81	12	isotropic	1	2D 1H-15N HNN-COSY
3	82	2	isotropic	4	2D 1H-15N HSQC
2	83	2	isotropic	3	2D lr-1H,15N-HSQC
2	84	5	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC aliphatic
2	85	5	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC aromatic
2	86	5	isotropic	1	3D (H)CCH-COSY

-
試料調製

詳細

タイプ	Solution-ID	内容	Label	溶媒系
solution	1	710 uM [U-13C; U-15N] env9b, 2 mM S-Adenosylhomocysteine, 25 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2 mM magnesium acetate, 90% H2O/10% D2O	13C15N	90% H2O/10% D2O
solution	2	910 uM [U-15N] env9b, 2.5 mM S-Adenosylhomocysteine, 25 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2 mM magnesium acetate, 90% H2O/10% D2O	15N	90% H2O/10% D2O
solution	3	800 uM [U-13C; U-15N]-Ura env9b, 1.6 mM S-Adenosylhomocysteine, 25 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2 mM magnesium acetate, 90% H2O/10% D2O	13C15N-U	90% H2O/10% D2O
solution	4	750 saturated [U-5-D1/ribose-3 ,4 ,5 ,5 -D4] env9b, 3 mM S-Adenosylhomocysteine, 25 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2 mM magnesium acetate, 90% H2O/10% D2O	seldeut	90% H2O/10% D2O
solution	5	700 uM env9b, 0.5 mM [U-13C; U-15N] S-Adenosylhomocysteine, 25 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2 mM magnesium acetate, 90% H2O/10% D2O	13C15N-SAH	90% H2O/10% D2O
solution	6	800 uM [U-13C; U-15N]-Cyt, [U-13C; U-15N]-Ade env9b, 2 mM S-Adenosylhomocysteine, 25 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2 mM magnesium acetate, 90% H2O/10% D2O	13C15N-AC	90% H2O/10% D2O
solution	7	850 uM [U-13C; U-15N]-Gua env9b, 2 mM S-Adenosylhomocysteine, 25 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2 mM magnesium acetate, 50% H2O/50% D2O	13C15N-G	50% H2O/50% D2O
solution	8	1.2 mM env9b, 4 mM S-Adenosylhomocysteine, 25 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2 mM magnesium acetate, 90% H2O/10% D2O	unlab	90% H2O/10% D2O
solution	9	800 uM [U-13C; U-15N]-Cyt, [U-13C; U-15N]-Ade env9b, 2 mM S-Adenosylhomocysteine, 25 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2 mM magnesium acetate, 100% D2O	13C15N-AC_D2O	100% D2O
solution	10	800 uM [U-13C; U-15N]-Ura env9b, 1.6 mM S-Adenosylhomocysteine, 25 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2 mM magnesium acetate, 100% D2O	13C15N-U_D2O	100% D2O
solution	11	850 uM [U-13C; U-15N]-Gua env9b, 2 mM S-Adenosylhomocysteine, 25 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2 mM magnesium acetate, 100% D2O	13C15N-G_D2O	100% D2O
solution	12	480 uM [U-13C; U-15N]-Ura env9b, 750 uM [U-13C; U-15N] S-Adenosylhomocysteine, 25 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2 mM magnesium acetate, 100% D2O	13C15N-U,13C15N-SAH	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
710 uM	env9b	[U-13C; U-15N]	1
2 mM	S-Adenosylhomocysteine	natural abundance	1
25 mM	potassium phosphate	natural abundance	1
50 mM	potassium chloride	natural abundance	1
2 mM	magnesium acetate	natural abundance	1
910 uM	env9b	[U-15N]	2
2.5 mM	S-Adenosylhomocysteine	natural abundance	2
25 mM	potassium phosphate	natural abundance	2
50 mM	potassium chloride	natural abundance	2
2 mM	magnesium acetate	natural abundance	2
800 uM	env9b	[U-13C; U-15N]-Ura	3
1.6 mM	S-Adenosylhomocysteine	natural abundance	3
25 mM	potassium phosphate	natural abundance	3
50 mM	potassium chloride	natural abundance	3
2 mM	magnesium acetate	natural abundance	3
750 saturated	env9b	[U-5-D1/ribose-3 ,4 ,5 ,5 -D4]	4
3 mM	S-Adenosylhomocysteine	natural abundance	4
25 mM	potassium phosphate	natural abundance	4
50 mM	potassium chloride	natural abundance	4
2 mM	magnesium acetate	natural abundance	4
700 uM	env9b	natural abundance	5
0.5 mM	S-Adenosylhomocysteine	[U-13C; U-15N]	5
25 mM	potassium phosphate	natural abundance	5
50 mM	potassium chloride	natural abundance	5
2 mM	magnesium acetate	natural abundance	5
800 uM	env9b	[U-13C; U-15N]-Cyt, [U-13C; U-15N]-Ade	6
2 mM	S-Adenosylhomocysteine	natural abundance	6
25 mM	potassium phosphate	natural abundance	6
50 mM	potassium chloride	natural abundance	6
2 mM	magnesium acetate	natural abundance	6
850 uM	env9b	[U-13C; U-15N]-Gua	7
2 mM	S-Adenosylhomocysteine	natural abundance	7
25 mM	potassium phosphate	natural abundance	7
50 mM	potassium chloride	natural abundance	7
2 mM	magnesium acetate	natural abundance	7
1.2 mM	env9b	natural abundance	8
4 mM	S-Adenosylhomocysteine	natural abundance	8
25 mM	potassium phosphate	natural abundance	8
50 mM	potassium chloride	natural abundance	8
2 mM	magnesium acetate	natural abundance	8
800 uM	env9b	[U-13C; U-15N]-Cyt, [U-13C; U-15N]-Ade	9
2 mM	S-Adenosylhomocysteine	natural abundance	9
25 mM	potassium phosphate	natural abundance	9
50 mM	potassium chloride	natural abundance	9
2 mM	magnesium acetate	natural abundance	9
800 uM	env9b	[U-13C; U-15N]-Ura	10
1.6 mM	S-Adenosylhomocysteine	natural abundance	10
25 mM	potassium phosphate	natural abundance	10
50 mM	potassium chloride	natural abundance	10
2 mM	magnesium acetate	natural abundance	10
850 uM	env9b	[U-13C; U-15N]-Gua	11
2 mM	S-Adenosylhomocysteine	natural abundance	11
25 mM	potassium phosphate	natural abundance	11
50 mM	potassium chloride	natural abundance	11
2 mM	magnesium acetate	natural abundance	11
480 uM	env9b	[U-13C; U-15N]-Ura	12
750 uM	S-Adenosylhomocysteine	[U-13C; U-15N]	12
25 mM	potassium phosphate	natural abundance	12
50 mM	potassium chloride	natural abundance	12
2 mM	magnesium acetate	natural abundance	12

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	Label	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	50 mM	283	6.2	1 atm	283 K
2	50 mM	298	6.2	1 atm	298 K
3	50 mM	271	6.2	1 atm	271 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	950	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	900	2
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	800	3
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	700	4
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	5

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	3.97	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化
CYANA	3.97	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
TopSpin		Bruker Biospin	データ解析
CARA		Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CARA		Keller and Wuthrich	peak picking

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: target function

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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