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万見
- PDB-6ha9: Structure of an endo-Xyloglucanase from Cellvibrio japonicus comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ha9
タイトルStructure of an endo-Xyloglucanase from Cellvibrio japonicus complexed with XXXG(2F)-beta-DNP
要素Cellulase, putative, cel5D
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase / endo-beta-1 / 4-glucanase / xyloglucan
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellulase, putative, cel5D
類似検索 - 構成要素
生物種Cellvibrio japonicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Offen, W.A. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: Org. Biomol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Synthesis and application of a highly branched, mechanism-based 2-deoxy-2-fluoro-oligosaccharide inhibitor of endo-xyloglucanases.
著者: Jain, N. / Attia, M.A. / Offen, W.A. / Davies, G.J. / Brumer, H.
履歴
登録2018年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _entity.pdbx_ec / _struct.title
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulase, putative, cel5D
B: Cellulase, putative, cel5D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,90912
ポリマ－88,6762
非ポリマー3,23310
水3,765209
1
A: Cellulase, putative, cel5D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6254
ポリマ－44,3381
非ポリマー1,2873
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cellulase, putative, cel5D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2848
ポリマ－44,3381
非ポリマー1,9467
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.476, 97.809, 158.121
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cellulase, putative, cel5D


分子量: 44338.148 Da / 分子数: 2 / 変異: E255A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: catalytic domain of GenBank entry 84905.1 with N terminal his tag and E255A mutation
由来: (組換発現) Cellvibrio japonicus (バクテリア)
株: Ueda107 / 遺伝子: cel5D, CJA_3010 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: B3PD52, xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-2,4-dinitrophenyl 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1098.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_1*O(C^ZC^EC^EC^EC^ZC^E$3)/6NO/9=O/4NO/12=O_2*F][a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5]/1-2-2-2-3-3/a4-b1_b4-c1_b6-f1_c4-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<C6N2O4>]{[(1+1)][b-D-Glcp2fluoro]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-2,4-dinitrophenyl 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1231.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_1*O(C^ZC^EC^EC^EC^ZC^E$3)/6NO/9=O/4NO/12=O_2*F][a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5]/1-2-2-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_b6-g1_c4-d1_c6-f1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<C6N2O4>]{[(1+1)][b-D-Glcp2fluoro]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 217分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: ammonium sulfate, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→83.18 Å / Num. obs: 60094 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.027 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4336 / CC1/2: 0.63 / Rpim(I) all: 0.486 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化解像度: 2→79.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 6.492 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.194
詳細: THE XYLOSE MODELLED ON O6 OF THE FIRST BETA GLUCOSE BOUND TO THE 2-DEOXY-2-FLUORO-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE MOIETY IN BOTH LIGANDS IS MODELLED AT HALF OCCUPANCY. THERE IS UNMODELLED DENSITY NEAR ...詳細: THE XYLOSE MODELLED ON O6 OF THE FIRST BETA GLUCOSE BOUND TO THE 2-DEOXY-2-FLUORO-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE MOIETY IN BOTH LIGANDS IS MODELLED AT HALF OCCUPANCY. THERE IS UNMODELLED DENSITY NEAR THE SIDE CHAINS OF GLN172 AND TYR173 AND O GLY38 IN BOTH MOLECULES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28725 2963 4.9 %RANDOM
Rwork0.21862 ---
obs0.22201 57026 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.871 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å20 Å2
2--0.72 Å2-0 Å2
3----1.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→79.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5810 0 212 209 6231
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0146239
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7821.6958521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg11.67412274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6345751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.79723.805339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.29815919
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.7091528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.027015
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021201
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1814.1642992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.184.1642991
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1656.2383747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1656.2383748
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.174.1843247
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.174.1843247
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2576.2294775
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.38547.1786798
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.38547.186799
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 221 -
Rwork0.309 4106 -
obs--99.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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