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- PDB-6ha4: Crystal structure of PAF - p-sulfonatocalix[4]arene complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ha4
タイトルCrystal structure of PAF - p-sulfonatocalix[4]arene complex
要素Pc24g00380 protein
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / Penicillium chrysogenum / calixarene / molecular glues / nucleating agent
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to fungus / killing of cells of another organism
類似検索 - 分子機能
Antifungal protein domain / Antifungal protein / Antifungal protein domain superfamily / Antifungal protein / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-T3Y / Pc24g00380 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium rubens
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Alex, J.M. / Rennie, M. / Engilberge, S. / Batta, G. / Crowley, P.B.
資金援助 アイルランド, 2件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland13/CDA/2168 アイルランド
Science Foundation Ireland13/ERC/B2912 アイルランド
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Calixarene-mediated assembly of a small antifungal protein.
著者: Alex, J.M. / Rennie, M.L. / Engilberge, S. / Lehoczki, G. / Dorottya, H. / Fizil, A. / Batta, G. / Crowley, P.B.
履歴
登録2018年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pc24g00380 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1003
ポリマ－6,2631
非ポリマー8372
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area4390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)22.719, 37.587, 29.956
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Pc24g00380 protein


分子量: 6263.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Penicillium rubens (strain ATCC 28089 / DSM 1075 / NRRL 1951 / Wisconsin 54-1255) (菌類)
参照: UniProt: B6HWK0
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-T3Y / 25,26,27,28-tetrahydroxypentacyclo[19.3.1.1~3,7~.1~9,13~.1~15,19~]octacosa-1(25),3(28),4,6,9(27),10,12,15(26),16,18,21,23-dodecaene-5,11,17,23-tetrasulfonic acid / 5,11,17,23-tetra-sulphonato-calix[4]arene-25,26,27,28-tetrol / カリックス[4]アレ-ン-p-スルホン酸


分子量: 744.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H24O16S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 30% PEG 3350 + 0.05 M Sodium acetate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→27.8 Å / Num. obs: 10142 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 16.37 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.012 / Net I/av σ(I): 6.1 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 1.33→1.37 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.34 / Rpim(I) all: 0.34 / Rrim(I) all: 0.61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2MHV

2mhv


解像度: 1.33→27.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU R Cruickshank DPI: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.071 / SU Rfree Blow DPI: 0.072 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.069
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 526 5.19 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.186 10142 92.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.2438 Å20 Å20.718 Å2
2---5.4036 Å20 Å2
3---3.1597 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.33→27.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数433 0 54 55 542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.005972HARMONIC6
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.741759HARMONIC6
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d230SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes153HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it972HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.9
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.43
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion64SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1154SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.33→1.48 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2254 133 4.96 %
Rwork0.208 2546 -
all0.2089 2679 -
obs--86.77 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.7966 Å / Origin y: 4.5228 Å / Origin z: 31.3802 Å
111213212223313233
T-0.0129 Å20.007 Å2-0.0213 Å2--0.0297 Å2-0.0182 Å2---0.0202 Å2
L1.1555 °2-0.1822 °20.0215 °2-0.7064 °2-0.2874 °2--1.1753 °2
S0.0249 Å °0.0048 Å °-0.0542 Å °-0.0008 Å °-0.07 Å °0.0213 Å °-0.0123 Å °-0.0299 Å °0.0452 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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