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- PDB-6ha1: Cryo-EM structure of a 70S Bacillus subtilis ribosome translating... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ha1
タイトルCryo-EM structure of a 70S Bacillus subtilis ribosome translating the ErmD leader peptide in complex with telithromycin
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • (50S ribosomal protein ...) x 27
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • P-tRNA
  • mRNA
キーワードRIBOSOME / single particle cryo-EM / stalling peptide / telithromycin
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of rRNA processing / nucleoid / rRNA processing / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding ...positive regulation of rRNA processing / nucleoid / rRNA processing / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. ...: / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / : / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / : / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TELITHROMYCIN / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL19 ...TELITHROMYCIN / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL31
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Crowe-McAuliffe, C. / Graf, M. / Huter, P. / Abdelshahid, M. / Novacek, J. / Wilson, D.N.
資金援助 ドイツ, チェコ, 4件
組織認可番号国
German Research FoundationFOR1805 ドイツ
German Research FoundationWI3285/6-1 ドイツ
Ministry of Education (Czech Republic)CIISB project number LM2015043 チェコ
European UnioniNext project number 2992 チェコ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Structural basis for antibiotic resistance mediated by the ABCF ATPase VmlR.
著者: Caillan Crowe-McAuliffe / Michael Graf / Paul Huter / Hiraku Takada / Maha Abdelshahid / Jiří Nováček / Victoriia Murina / Gemma C Atkinson / Vasili Hauryliuk / Daniel N Wilson /
要旨: Many Gram-positive pathogenic bacteria employ ribosomal protection proteins (RPPs) to confer resistance to clinically important antibiotics. In , the RPP VmlR confers resistance to lincomycin (Lnc) ...Many Gram-positive pathogenic bacteria employ ribosomal protection proteins (RPPs) to confer resistance to clinically important antibiotics. In , the RPP VmlR confers resistance to lincomycin (Lnc) and the streptogramin A (S) antibiotic virginiamycin M (VgM). VmlR is an ATP-binding cassette (ABC) protein of the F type, which, like other antibiotic resistance (ARE) ABCF proteins, is thought to bind to antibiotic-stalled ribosomes and promote dissociation of the drug from its binding site. To investigate the molecular mechanism by which VmlR confers antibiotic resistance, we have determined a cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of an ATPase-deficient VmlR-EQ mutant in complex with a ErmDL-stalled ribosomal complex (SRC). The structure reveals that VmlR binds within the E site of the ribosome, with the antibiotic resistance domain (ARD) reaching into the peptidyltransferase center (PTC) of the ribosome and a C-terminal extension (CTE) making contact with the small subunit (SSU). To access the PTC, VmlR induces a conformational change in the P-site tRNA, shifting the acceptor arm out of the PTC and relocating the CCA end of the P-site tRNA toward the A site. Together with microbiological analyses, our study indicates that VmlR allosterically dissociates the drug from its ribosomal binding site and exhibits specificity to dislodge VgM, Lnc, and the pleuromutilin tiamulin (Tia), but not chloramphenicol (Cam), linezolid (Lnz), nor the macrolide erythromycin (Ery).
履歴
登録2018年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.32021年1月27日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / pdbx_validate_chiral / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0176
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S ribosomal RNA
B: 5S ribosomal RNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
J: 50S ribosomal protein L13
K: 50S ribosomal protein L14
L: 50S ribosomal protein L15
M: 50S ribosomal protein L16
N: 50S ribosomal protein L17
O: 50S ribosomal protein L18
P: 50S ribosomal protein L19
Q: 50S ribosomal protein L20
R: 50S ribosomal protein L21
S: 50S ribosomal protein L22
T: 50S ribosomal protein L23
U: 50S ribosomal protein L24
W: 50S ribosomal protein L27
X: 50S ribosomal protein L28
Y: 50S ribosomal protein L29
Z: 50S ribosomal protein L30
0: 50S ribosomal protein L32
1: 50S ribosomal protein L33 1
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
4: 50S ribosomal protein L36
6: 50S ribosomal protein L31
7: mRNA
a: 16S ribosomal RNA
b: 30S ribosomal protein S2
c: 30S ribosomal protein S3
d: 30S ribosomal protein S4
e: 30S ribosomal protein S5
f: 30S ribosomal protein S6
g: 30S ribosomal protein S7
h: 30S ribosomal protein S8
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
k: 30S ribosomal protein S11
l: 30S ribosomal protein S12
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S ribosomal protein S14
o: 30S ribosomal protein S15
p: 30S ribosomal protein S16
q: 30S ribosomal protein S17
r: 30S ribosomal protein S18
s: 30S ribosomal protein S19
t: 30S ribosomal protein S20
x: P-tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,137,09352
ポリマ－2,136,28151
非ポリマー8121
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 AB7ax

#1: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 949646.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: GenBank: 467326
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 36157.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: GenBank: 1150402534
#30: RNA鎖 mRNA


分子量: 872.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CUU / 由来: (合成) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
#31: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 503369.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: GenBank: 225184640
#51: RNA鎖 P-tRNA


分子量: 28094.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1430654817

+
50S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 CDEFGJKLMNOPQRSTUWXYZ012346

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / BL2


分子量: 30335.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P42919
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / BL3


分子量: 22723.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P42920
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22424.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P42921
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / BL6


分子量: 20177.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P12877
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / BL10


分子量: 19543.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P46898
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16407.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P70974
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13175.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P12875
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15410.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P19946
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 16223.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P14577
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / BL15 / BL21


分子量: 13774.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P20277
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / BL16


分子量: 12993.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P46899
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13416.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: O31742
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13669.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P55873
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / BL20


分子量: 11296.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P26908
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12481.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P42060
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10978.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P42924
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / 12 kDa DNA-binding protein / BL23 / HPB12


分子量: 11166.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P0CI78
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / BL24 / BL30


分子量: 10391.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P05657
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 6826.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P37807
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7728.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P12873
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / BL27


分子量: 6650.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P19947
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6745.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: O34687
#25: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33 1


分子量: 5915.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P56849
#26: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5271.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P05647
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7581.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P55874
#28: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / BL38 / Ribosomal protein B / Ribosomal protein II


分子量: 4318.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P20278
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 7159.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: Q03223

-
30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 bcdefghijklmnopqrst

#32: タンパク質 30S ribosomal protein S2 / BS1 / Vegetative protein 209 / VEG209


分子量: 28009.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P21464
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S3 / BS3 / BS2


分子量: 24364.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P21465
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S4 / BS4


分子量: 22874.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P21466
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S5 / BS5


分子量: 17650.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P21467
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / BS9


分子量: 11140.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P21468
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / BS7


分子量: 17915.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P21469
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S8 / BS8


分子量: 14901.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P12879
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S9 / BS10


分子量: 14335.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P21470
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / BS13


分子量: 11687.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P21471
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / BS11


分子量: 13952.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P04969
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S12 / BS12


分子量: 15248.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P21472
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S13 / BS14


分子量: 13818.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P20282
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S14 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S14-1 / BS-A


分子量: 7263.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P12878
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S15 / BS18


分子量: 10597.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P21473
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S16 / BS17


分子量: 10153.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P21474
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S17 / BS16


分子量: 10220.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P12874
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S18 / BS21


分子量: 8990.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P21475
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S19 / BS19


分子量: 10607.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P21476
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S20 / BS20


分子量: 9622.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 参照: UniProt: P21477

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非ポリマー , 1種, 1分子

#52: 化合物 ChemComp-TEL / TELITHROMYCIN / (3aS,4R,7R,9R,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,8,14-tetraoxo-1-{4-[4-(pyridin-3-yl)-1H-imidazol-1-yl]butyl}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-10-yl 3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranoside / テリスロマイシン


分子量: 812.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H65N5O10 / コメント: 抗生剤*YM

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
170S ribosome with P-tRNA translating the ErmD stalling peptide and complexed with telithromycinRIBOSOME#1-#510MULTIPLE SOURCES
270S ribosomeRIBOSOME#1-#29, #31-#501NATURAL
3ErmD stalling peptideCOMPLEX#301RECOMBINANT
4tRNACOMPLEX#511NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)224308
23Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)224308
34Escherichia coli (大腸菌)562
由来(組換発現)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.425 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch0.56粒子像選択
4Gctf1.06CTF補正
7Coot0.8.8モデルフィッティング
9RELION2.1初期オイラー角割当
10RELION2.1最終オイラー角割当
11RELION2.1分類
12RELION2.1３次元再構成
13PHENIXdev-2947-000モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68652 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 3J9W

3j9w


Accession code: 3J9W / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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