PDB-6h9m: Coiled-coil domain-containing protein 90B residues 43-125 from Ho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h9m

タイトル

Coiled-coil domain-containing protein 90B residues 43-125 from Homo sapiens fused to a GCN4 adaptor

要素

Coiled-coil domain-containing protein 90B, mitochondrial,General control protein GCN4

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / coiled coil / beta-layer / mitochondrial membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Adlakha, J. / Albrecht, R. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B. / Hartmann, M.D.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Characterization of MCU-Binding Proteins MCUR1 and CCDC90B - Representatives of a Protein Family Conserved in Prokaryotes and Eukaryotic Organelles.
著者: Adlakha, J. / Karamichali, I. / Sangwallek, J. / Deiss, S. / Bar, K. / Coles, M. / Hartmann, M.D. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B.

履歴

登録	2018年8月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h9m.cif.gz	128.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h9m.ent.gz	100.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h9m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6h9m_validation.pdf.gz	448 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h9m_full_validation.pdf.gz	453 KB	表示
XML形式データ	6h9m_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	6h9m_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/6h9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/6h9m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6h9lC 5apqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3okq-1 5jxc-1 4ydt-1 5dqa-2 3onx-d 6yue-d 5n40-d 6fpd-1 397 5une-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (9) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Coiled-coil domain-containing protein 90B, mitochondrial,General control protein GCN4

B: Coiled-coil domain-containing protein 90B, mitochondrial,General control protein GCN4

C: Coiled-coil domain-containing protein 90B, mitochondrial,General control protein GCN4

40.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.009, 298.178, 29.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 62 - 155 / Label seq-ID: 23 - 116

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	B	B
2	3	C	C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Coiled-coil domain-containing protein 90B, mitochondrial,General control protein GCN4 / Amino acid biosynthesis regulatory protein 分子量: 13569.512 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: CCDC90B, CUA003, MDS011, MDS025, GCN4, AAS3, ARG9, YEL009C 株: ATCC 204508 / S288c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GZT6, UniProt: P03069
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Coiled-coil domain-containing protein 90B, mitochondrial,General control protein GCN4 / Amino acid biosynthesis regulatory protein

分子量: 13569.512 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト), (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: CCDC90B, CUA003, MDS011, MDS025, GCN4, AAS3, ARG9, YEL009C
株: ATCC 204508 / S288c / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GZT6, UniProt: P03069

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.33 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Molecular Dimensions Morpheus Screen, Well F2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0703 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0703 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→37.3 Å / Num. obs: 19522 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.27 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 6.46 % / R_merge(I) obs: 0.867 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / CC_1/2: 0.835 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5APQ

5apq

解像度: 2.1→37.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 15.664 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.194 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25728	976	5 %	RANDOM
R_work	0.23095	-	-	-
obs	0.23239	18543	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.699 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.95 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→37.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2253	0	0	55	2308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	2274
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.338	1.96	3075
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.265	3	5235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.841	5	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.683	26.571	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.022	15	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.935	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	468
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	10.545	15.377	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	10.55	15.371	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	13.587	25.815	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	13.582	25.829	1402
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	15.227	17.991	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	15.22	17.998	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	17.329	28.855	1674
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	19.575	70.124	2598
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	19.602	70.03	2587
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4614	0.16
1	2	B	4614	0.16
2	1	A	4617	0.17
2	2	C	4617	0.17
3	1	B	4591	0.16
3	2	C	4591	0.16

LS精密化シェル

解像度: 2.099→2.153 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.407	66	-
R_work	0.386	1269	-
obs	-	-	97.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4682	-3.3898	1.002	13.1245	-4.809	1.8817	-0.3623	-0.095	0.5523	0.6414	0.3496	-0.6923	-0.1936	-0.0777	0.0127	0.8202	-0.0196	-0.0577	0.6463	-0.0926	0.6039	-6.5504	138.3247	18.1713
2	2.4775	0.2569	-0.9384	14.4948	7.6969	4.5615	-0.1463	0.5362	0.0703	-0.2261	-0.1152	0.6478	-0.0862	-0.2815	0.2615	0.7331	0.0518	-0.0149	0.4641	-0.0177	0.4223	-19.2553	141.3475	5.0675
3	13.5499	-12.6676	-5.4425	11.8761	5.1755	2.4174	0.5613	0.5274	0.4069	-0.5867	-0.3446	-0.381	-0.3177	0.2251	-0.2167	0.9905	-0.0713	0.1113	0.8683	0.0867	0.9972	-1.2917	140.5238	0.7969
4	1.134	0.7665	0.953	7.4577	2.8549	1.527	-0.0852	-0.214	0.044	-0.2334	-0.0315	0.1634	-0.2054	-0.1319	0.1167	0.4114	0.0009	0.006	0.2523	-0.0186	0.262	-15.3489	129.1447	10.0985
5	0.9859	-2.0909	-0.4979	9.1179	3.1871	1.2325	0.0608	-0.0692	0.1817	-0.306	-0.0689	-0.2093	-0.1812	-0.0598	0.0081	0.5333	0.0337	0.026	0.3094	0.0251	0.3163	-9.946	130.3768	0.0793
6	1.2242	4.0081	-0.2195	15.678	-0.7467	0.1461	0.1174	-0.0097	0.2595	0.1723	-0.1086	-0.0637	-0.1806	0.1756	-0.0088	0.5239	-0.0821	-0.0226	0.4074	0.0133	0.4151	-3.7209	128.1834	9.3511
7	0.7951	-2.4944	-0.6385	16.4883	4.2098	1.1486	-0.0389	-0.0024	-0.0447	0.0761	0.0396	0.0888	0.0445	-0.0006	-0.0007	0.0108	-0.0083	-0.0061	0.132	0.0219	0.0129	-10.6644	71.9128	-0.6778
8	0.2385	0.6787	-0.1285	8.7466	0.9552	0.4799	-0.0286	0.0288	-0.0223	-0.2512	-0.0426	0.0834	-0.0523	-0.0258	0.0712	0.0335	0.0034	-0.0407	0.1774	0.0064	0.0739	-16.1269	73.7506	-7.303
9	0.3017	1.2362	0.5342	14.4643	4.8749	2.2243	-0.0282	0.0505	-0.0212	-0.303	0.066	-0.1493	-0.0265	-0.0129	-0.0378	0.0189	-0.0024	0.0106	0.1628	0.0238	0.0332	-7.7486	73.3614	-8.8601

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 76
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	77 - 101
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	77 - 101
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	77 - 101
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	102 - 333
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	102 - 333
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	102 - 333

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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