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万見
- PDB-6h98: Native crystal structure of anaerobic ergothioneine biosynthesis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h98
タイトルNative crystal structure of anaerobic ergothioneine biosynthesis enzyme from Chlorobium limicola.
要素Sulfurtransferase
キーワードTRANSFERASE / metabolic role: anaerobic ergothioneine biosynthesis chemical activity: sulfur transfer / C-S bond formation protein family: rhodanese-like enzyme (PF00581)
機能・相同性
機能・相同性情報


thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Rhodanese C-terminal signature. / Thiosulphate sulfurtransferase, conserved site / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain ...: / Rhodanese C-terminal signature. / Thiosulphate sulfurtransferase, conserved site / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / FORMIC ACID / Sulfurtransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobium limicola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Leisinger, F. / Burn, R. / Meury, M. / Lukat, P. / Seebeck, F.P.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
European Research CouncilERC-2013- StG 336559 スイス
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Structural and Mechanistic Basis for Anaerobic Ergothioneine Biosynthesis.
著者: Leisinger, F. / Burn, R. / Meury, M. / Lukat, P. / Seebeck, F.P.
履歴
登録2018年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfurtransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3198
ポリマ－50,0271
非ポリマー2937
水7,350408
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.380, 43.222, 89.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-690-

HOH

21A-752-

HOH

31A-990-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sulfurtransferase


分子量: 50026.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorobium limicola (バクテリア)
株: DSM 245 / NBRC 103803 / 6330 / 遺伝子: Clim_1149 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): B / 参照: UniProt: B3ECE3

-
非ポリマー , 6種, 415分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 3350, magnesium formate dehydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→59.4 Å / Num. obs: 43583 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 43583 / CC1/2: 0.587 / Rpim(I) all: 0.353 / Rrim(I) all: 0.824 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→43.505 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2044 2239 5.14 %
Rwork0.1646 --
obs0.1666 43583 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.505 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3384 0 16 408 3808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033515
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5874785
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.1822832
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004633
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.83910.29231250.24962507X-RAY DIFFRACTION99
1.8391-1.88190.2831470.23342563X-RAY DIFFRACTION99
1.8819-1.9290.25931350.21122529X-RAY DIFFRACTION99
1.929-1.98110.26281310.2022577X-RAY DIFFRACTION100
1.9811-2.03940.23721140.18862588X-RAY DIFFRACTION100
2.0394-2.10530.23461320.1812583X-RAY DIFFRACTION100
2.1053-2.18050.22851670.17442553X-RAY DIFFRACTION100
2.1805-2.26780.22231430.17272552X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.3710.20261330.16322569X-RAY DIFFRACTION100
2.371-2.4960.21621410.16792593X-RAY DIFFRACTION100
2.496-2.65240.18631320.16562593X-RAY DIFFRACTION100
2.6524-2.85710.22311380.16682620X-RAY DIFFRACTION100
2.8571-3.14460.2281480.15982587X-RAY DIFFRACTION100
3.1446-3.59940.17741360.15112629X-RAY DIFFRACTION100
3.5994-4.53410.14261520.12742603X-RAY DIFFRACTION100
4.5341-43.51790.1841650.14492698X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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