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- PDB-6h97: AlbAT99V mutant , albicidin resistance protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h97
タイトルAlbAT99V mutant , albicidin resistance protein
要素Albicidin resistance protein
キーワードalbicidin binding protein / albicidin resistance protein
機能・相同性TipAS antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / Albicidin resistance protein
機能・相同性情報
生物種Klebsiella oxytoca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.598 Å
データ登録者Koehnke, J. / Sikandar, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号
KO4116_3_1 ドイツ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / : 2018
タイトル: Adaptation of a Bacterial Multidrug Resistance System Revealed by the Structure and Function of AlbA.
著者: Sikandar, A. / Cirnski, K. / Testolin, G. / Volz, C. / Bronstrup, M. / Kalinina, O.V. / Muller, R. / Koehnke, J.
履歴
登録2018年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Albicidin resistance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4801
ポリマ-26,4801
非ポリマー00
905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.922, 69.922, 95.225
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Albicidin resistance protein


分子量: 26479.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: albA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KRS7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2-0.4 M Ammonium Sulfate, 0.8-1.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97895 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.598→39.35 Å / Num. obs: 7698 / % possible obs: 99.56 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.03635 / Net I/σ(I): 13.76
反射 シェル解像度: 2.598→2.691 Å / Rmerge(I) obs: 0.3768

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.598→39.35 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2576 385 5 %
Rwork0.2181 --
obs0.22 7697 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.598→39.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1848 0 0 5 1853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5212560
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2981151
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032259
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004342
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5983-2.97420.33071310.29462352X-RAY DIFFRACTION99
2.9742-3.74670.28661180.23552412X-RAY DIFFRACTION100
3.7467-39.35940.22761360.19122548X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8177-0.1935-4.96424.1466-0.82389.16120.11021.15180.9808-0.04010.43020.2722-0.5295-0.6695-0.43290.6212-0.07840.08920.60550.10660.6326100.821485.2059101.4178
23.45930.3262-2.9324.1898-2.10398.4588-0.09660.97450.39570.27650.41930.1374-1.0681-1.0103-0.21420.6030.1001-0.05840.63480.04770.517688.49174.261891.7479
33.9693-0.60253.09628.40080.77287.39030.12260.5737-0.0565-0.02080.13120.5352-0.0679-0.4344-0.16430.30620.03830.01970.4608-0.03270.367992.020464.874293.4027
44.66532.08210.01472.74090.38187.7486-0.3352-0.1050.50610.23990.11630.0065-0.3765-0.56090.34650.51510.0658-0.03720.31320.01730.462195.843176.7441104.6645
54.9138-4.54760.10949.33320.14271.96460.0592-0.186-0.6304-0.0284-0.04160.9182-0.1322-0.2349-0.02830.3296-0.0090.02380.48340.02670.421393.90958.799798.7638
65.4051-1.46310.50773.84732.13677.55090.0938-0.6357-0.4809-0.23340.04820.31880.2031-0.4218-0.09650.4992-0.04190.08280.55160.13880.615899.063248.3096104.4472
78.457-3.2595-1.41494.5272-1.25255.36950.0746-0.86620.3901-0.0079-0.171-0.6606-0.20590.64430.00990.42220.059-0.03140.5709-0.02010.4815115.441866.7073106.3987
88.68736.6851-2.40767.4694-0.76192.55680.426-0.7302-0.24590.8891-0.5245-0.1035-0.1127-0.4731-0.00080.54230.05260.02720.57460.02970.3629113.231856.4811109.2992
93.71850.05190.52895.0965-0.35478.11570.09790.071-0.42310.4630.0172-0.17970.89410.88620.01040.68360.11720.04250.4775-0.0650.6146109.88246.531998.7917
105.6525-2.32241.26121.3137-0.80490.47280.19190.20080.09950.1048-0.0826-0.3687-0.00370.0186-0.05530.4602-0.02590.0170.5790.01740.4355113.934860.050798.4416
112.7255-1.39271.76135.14374.5957.9999-0.9651-0.42180.44051.09780.73550.1728-2.1087-0.90280.16150.86540.1745-0.0130.76220.06570.548126.31845.9507101.3027
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 22 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 41 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 42 through 65 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 66 through 93 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 94 through 114 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 115 through 131 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 132 through 154 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 155 through 172 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 173 through 188 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 189 through 214 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 215 through 223 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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