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- PDB-6h96: AlbA-albicidin complex, albicidin resistance protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h96
タイトルAlbA-albicidin complex, albicidin resistance protein
要素Albicidin resistance protein
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / albicidin resistance protein in complex with albicidin
機能・相同性TipAS antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / Chem-FWE / Albicidin resistance protein
機能・相同性情報
生物種Klebsiella oxytoca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Koehnke, J. / Sikandar, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号
KO4116_3_1 ドイツ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / : 2018
タイトル: Adaptation of a Bacterial Multidrug Resistance System Revealed by the Structure and Function of AlbA.
著者: Sikandar, A. / Cirnski, K. / Testolin, G. / Volz, C. / Bronstrup, M. / Kalinina, O.V. / Muller, R. / Koehnke, J.
履歴
登録2018年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Albicidin resistance protein
B: Albicidin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0616
ポリマ-54,1832
非ポリマー1,8784
7,963442
1
A: Albicidin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0303
ポリマ-27,0921
非ポリマー9392
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Albicidin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0303
ポリマ-27,0921
非ポリマー9392
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.142, 123.181, 161.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-613-

HOH

21A-624-

HOH

31B-616-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Albicidin resistance protein


分子量: 27091.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: albA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KRS7
#2: 化合物 ChemComp-FWE / 4-[[4-[[4-[(3~{S})-5-azanyl-3-[[4-[[(~{E})-3-(4-hydroxyphenyl)-2-methyl-prop-2-enoyl]amino]phenyl]carbonylamino]-2-oxidanylidene-3~{H}-pyrrol-1-yl]phenyl]carbonylamino]-3-methoxy-2-oxidanyl-phenyl]carbonylamino]-3-methoxy-2-oxidanyl-benzoic acid


分子量: 842.806 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C44H38N6O12
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2-0.4 M Ammonium Sulfate, 0.8-1.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07227 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07227 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→47.37 Å / Num. obs: 77989 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.01922 / Net I/σ(I): 16.72
反射 シェル解像度: 1.55→1.605 Å / Rmerge(I) obs: 0.3048

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alba SeMet

解像度: 1.55→47.37 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2073 3935 5.05 %
Rwork0.1886 --
obs0.1895 77980 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→47.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3552 0 133 442 4127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083813
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6925172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8132258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035507
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005684
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.56890.27451240.27082631X-RAY DIFFRACTION100
1.5689-1.58880.24291390.2552621X-RAY DIFFRACTION100
1.5888-1.60970.26761340.25422623X-RAY DIFFRACTION100
1.6097-1.63170.26831330.24592645X-RAY DIFFRACTION100
1.6317-1.6550.28591310.23632618X-RAY DIFFRACTION100
1.655-1.67970.2391710.23832603X-RAY DIFFRACTION100
1.6797-1.7060.22971350.23792622X-RAY DIFFRACTION100
1.706-1.7340.23821480.23562637X-RAY DIFFRACTION100
1.734-1.76390.26521410.24342628X-RAY DIFFRACTION100
1.7639-1.79590.24771430.22722589X-RAY DIFFRACTION99
1.7959-1.83050.25881180.22092649X-RAY DIFFRACTION99
1.8305-1.86780.2361560.21972650X-RAY DIFFRACTION100
1.8678-1.90850.20831430.21442571X-RAY DIFFRACTION100
1.9085-1.95290.28631420.21532639X-RAY DIFFRACTION100
1.9529-2.00170.23181280.1992671X-RAY DIFFRACTION100
2.0017-2.05580.20211480.19912614X-RAY DIFFRACTION100
2.0558-2.11630.22081410.22650X-RAY DIFFRACTION100
2.1163-2.18460.20861460.19262651X-RAY DIFFRACTION100
2.1846-2.26270.21811320.18292664X-RAY DIFFRACTION100
2.2627-2.35330.18811380.17852637X-RAY DIFFRACTION100
2.3533-2.46040.21391550.18642647X-RAY DIFFRACTION100
2.4604-2.59010.21051520.18172653X-RAY DIFFRACTION100
2.5901-2.75240.19641310.18762641X-RAY DIFFRACTION99
2.7524-2.96480.21481420.18752668X-RAY DIFFRACTION99
2.9648-3.26310.20291370.18762668X-RAY DIFFRACTION99
3.2631-3.73520.19671350.16732708X-RAY DIFFRACTION99
3.7352-4.70520.15921320.14972675X-RAY DIFFRACTION98
4.7052-47.39510.19731600.18752772X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8673-2.7907-4.22854.02292.39996.21580.19380.08280.3138-0.1931-0.0869-0.3237-0.76510.45670.00670.1602-0.0161-0.0250.23830.02660.17071.749194.109350.1404
23.240.99853.43786.3623-0.7564.342-0.2230.36680.2639-0.1254-0.2116-0.7465-0.1210.74660.44550.2434-0.0375-0.00040.30030.05790.317810.088101.375160.4672
33.46180.8109-1.04452.8868-1.68991.12510.06290.7948-0.3704-1.6935-0.4922-0.76530.71750.40990.29250.71840.26180.30020.50030.14740.45748.867755.715361.1215
43.152-1.29471.32952.0499-1.20183.10140.08740.1469-0.3693-0.22230.01730.28650.6141-0.1891-0.10420.3171-0.05570.00380.175-0.02210.2442-12.393961.863560.7054
55.7631-0.3972-0.21692.1203-0.87571.3853-0.13290.546-0.0445-1.0002-0.2271-0.61990.58780.44880.09860.56990.05960.15450.20770.03190.27543.66164.057259.0903
60.8760.2565-0.47323.48540.61994.0408-0.02850.1810.11130.2080.07490.3780.1177-0.4757-0.04170.13860.04860.01120.19190.04160.2376-14.140777.630969.0252
71.6468-0.01521.22854.1853-1.6945.7566-0.0060.1689-0.11320.1381-0.2543-0.4920.12930.50130.23220.1598-0.02450.01380.19280.05380.19363.972877.022476.6756
83.4501-0.494-2.05484.1110.04744.76220.1188-0.73310.65331.18480.09340.0424-0.10560.887-0.36480.60080.07580.19330.3181-0.11870.2933-11.261680.485383.9802
96.1531-1.1794-2.09720.45060.15022.6970.3037-0.17280.1630.5561-0.19380.1973-0.35090.0946-0.12140.3938-0.00020.06460.16590.00350.2257-6.848967.967776.8415
104.04991.45011.31367.84282.52745.5293-0.1955-0.32980.2374-0.0377-0.0592-0.1803-0.5661-0.02680.2660.4174-0.0395-0.09220.27970.04250.20432.450577.380987.4216
114.009-1.9494-1.0924.836-0.11716.11560.29670.58050.0315-0.150.11010.9631-0.4306-1.1737-0.28630.24910.14090.01680.37060.04260.412-21.711299.832656.088
122.6227-2.46340.93063.027-2.33173.6464-0.01290.253-0.0010.1154-0.06370.3336-0.104-0.510.02450.15140.0019-0.03830.3492-0.0390.2916-18.054584.910343.5531
131.9991-0.8882-0.49445.23681.41992.7846-0.08070.11260.00120.04230.0843-0.11180.0754-0.21530.00440.148-0.0054-0.00220.2412-0.00930.1644-8.247783.499845.0154
145.87281.9558-2.55872.1407-2.99627.5196-0.0999-0.3074-0.1150.24040.25020.2415-0.082-0.0171-0.22060.21930.1059-0.00330.2417-0.02910.2513-13.200394.92559.1319
15-0.0009-0.0788-0.16561.00741.96063.82330.20040.1037-0.32160.379-0.56641.18440.0796-1.89310.42850.241-0.00010.0490.7180.00230.5149-23.189884.39956.9321
160.84040.35790.63230.8435-0.07721.7053-0.01980.0434-0.0001-0.0062-0.06980.03740.05320.11740.09650.13290.0080.00340.18750.00740.15661.448484.791355.5831
171.80830.09631.0335.67410.1372.3647-0.1629-0.12950.25510.1824-0.0962-0.0399-0.46480.06360.21970.2147-0.0295-0.06750.1727-0.00790.16656.955997.303266.1063
184.6805-0.32811.44014.6119-2.90546.1667-0.2248-0.23760.44910.2894-0.0044-0.2929-0.43460.66550.18130.1407-0.0402-0.03890.4322-0.00580.27815.444888.46354.2174
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 189 through 199 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 200 through 214 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 22 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 23 through 65 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 66 through 93 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 94 through 127 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 128 through 172 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 173 through 188 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 189 through 199 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 200 through 216 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 2 through 22 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 23 through 41 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 42 through 65 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 66 through 81 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 82 through 93 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 94 through 147 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 148 through 172 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 173 through 188 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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