PDB-6h8g: MamM CTD H264E - Cadmium form 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h8g

タイトル

MamM CTD H264E - Cadmium form 1

要素

Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

キーワード

METAL TRANSPORT / Cation diffusion facilitator / magnetotactic bacteria

機能・相同性

機能・相同性情報

magnetosome membrane / monoatomic cation transmembrane transporter activity / iron ion transport / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Barber-Zucker, S. / Zarivach, R.

資金援助

イスラエル, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: MamM CTD H264E - Cadmium form 1
著者: Barber-Zucker, S. / Zarivach, R.

履歴

登録	2018年8月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h8g.cif.gz	52.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h8g.ent.gz	36.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h8g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6h8g_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h8g_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6h8g_validation.xml.gz	6.3 KB	表示
CIF形式データ	6h8g_validation.cif.gz	7.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/6h8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/6h8g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3w5xS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6h83-1 6g64-1 6h5v-1 6h89-1 6h8d-1 6h81-1 6h8i-1 6h8a-1 4p3w-3 6g5e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

ヘテロ分子

12.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

ヘテロ分子

A: Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
25 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.997, 94.499, 53.214
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family / MamM protein 分子量: 11901.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) 遺伝子: mamM, mgI491, MGR_4095 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q6NE57, UniProt: V6F235*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M BIS-TRIS pH=5.5, 25% PEG 3350, 1.7mM CdCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976247 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976247 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→47.25 Å / Num. obs: 20888 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 22.5
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 1016 / CC_1/2: 0.575 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3W5X

3w5x

解像度: 1.35→47.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 1.973 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.051 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19225	1059	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16631	-	-	-
obs	0.16761	19811	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1.1 Å / 減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.19 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.35→47.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	611	0	17	53	681

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	692
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	646
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.624	1.949	946
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.953	3	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.97	5	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.407	23.947	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.256	15	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.387	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	802
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	139
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.625	2.281	340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.603	2.272	339
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.055	3.419	431
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.055	3.427	432
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.742	2.914	352
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.693	2.912	352
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.117	4.187	511
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.436	28.612	732
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.434	28.665	733
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.869	3	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	30.322	5	28
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	10.236	5	1354

LS精密化シェル

解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	85	-
R_work	0.273	1416	-
obs	-	-	99.21 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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