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万見
- PDB-6h8c: Structure of the human GABARAPL2 protein in complex with the UBA5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h8c
タイトルStructure of the human GABARAPL2 protein in complex with the UBA5 LIR motif
要素
  • Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2
  • Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
キーワードSIGNALING PROTEIN / GABARAPL2 / UBA5 LIR motif / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UFM1 activating enzyme activity / protein ufmylation / protein K69-linked ufmylation / megakaryocyte differentiation / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / protein localization to endoplasmic reticulum / GABA receptor binding / intra-Golgi vesicle-mediated transport / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / phosphatidylethanolamine binding ...UFM1 activating enzyme activity / protein ufmylation / protein K69-linked ufmylation / megakaryocyte differentiation / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / protein localization to endoplasmic reticulum / GABA receptor binding / intra-Golgi vesicle-mediated transport / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of ATP-dependent activity / cellular response to nitrogen starvation / TBC/RABGAPs / reticulophagy / neuromuscular process / Macroautophagy / beta-tubulin binding / autophagosome membrane / autophagosome maturation / autophagosome assembly / autophagosome / response to endoplasmic reticulum stress / erythrocyte differentiation / SNARE binding / autophagy / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein transport / ATPase binding / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / ThiF/MoeB/HesA family / Ubiquitin-activating enzyme / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily ...Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / ThiF/MoeB/HesA family / Ubiquitin-activating enzyme / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Huber, J. / Loehr, F. / Gruber, J. / Akutsu, M. / Guentert, P. / Doetsch, V. / Rogov, V.V.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and ResearchSFB 1177 ドイツ
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2020
タイトル: An atypical LIR motif within UBA5 (ubiquitin like modifier activating enzyme 5) interacts with GABARAP proteins and mediates membrane localization of UBA5.
著者: Huber, J. / Obata, M. / Gruber, J. / Akutsu, M. / Lohr, F. / Rogova, N. / Guntert, P. / Dikic, I. / Kirkin, V. / Komatsu, M. / Dotsch, V. / Rogov, V.V.
履歴
登録2018年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_nmr_software
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conf / struct_sheet_range
Item: _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id ..._pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 1.32020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2
B: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6402
ポリマ－15,6402
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1870 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8710 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2 / GABA(A) receptor-associated protein-like 2 / Ganglioside expression factor 2 / GEF-2 / General ...GABA(A) receptor-associated protein-like 2 / Ganglioside expression factor 2 / GEF-2 / General protein transport factor p16 / Golgi-associated ATPase enhancer of 16 kDa / GATE-16 / MAP1 light chain 3-related protein


分子量: 13467.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2 (GABARAPL2) residues 3-116, residues 1-2 are expressing tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAPL2, FLC3A, GEF2 / プラスミド: pET39 / 詳細 (発現宿主): Ub19 leader / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): NEB T7 Express / 参照: UniProt: P60520
#2: タンパク質・ペプチド Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 / Ubiquitin-activating enzyme 5 / ThiFP1 / UFM1-activating enzyme / Ubiquitin-activating enzyme E1 ...Ubiquitin-activating enzyme 5 / ThiFP1 / UFM1-activating enzyme / Ubiquitin-activating enzyme E1 domain-containing protein 1


分子量: 2172.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: UFM1-activating enzyme 5 (UBA5) LIR/UFIM containing peptide (resides 333-348). First 3 residues (Gly-Ala-Met) are expression tag.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA5, UBE1DC1 / プラスミド: pET39 / 詳細 (発現宿主): Ub19 leader / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): NEB T7 Express / 参照: UniProt: Q9GZZ9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic52D 1H-15N HSQC
122isotropic52D 1H-15N HSQC
131isotropic12D 1H-13C HSQC
142isotropic12D 1H-13C HSQC
151isotropic33D HN(CA)CB
162isotropic33D HN(CA)CB
181isotropic43D (HCA)CO(CA)NH
172isotropic43D (HCA)CO(CA)NH
1141isotropic23D H(CC)(CO)NH-TOCSY
1132isotropic23D H(CC)(CO)NH-TOCSY
1121isotropic23D (H)CC(CO)NH-TOCSY
1112isotropic23D (H)CC(CO)NH-TOCSY
1101isotropic13D 1H-15N NOESY
192isotropic13D 1H-15N NOESY
1161isotropic13D 1H-13C NOESY
1182isotropic13D 1H-13C NOESY
1171isotropic23D NOESY-[13C,1H]-HSQC 13C/15N filtered in F1
1152isotropic23D NOESY-[13C,1H]-HSQC 13C/15N filtered in F1

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] GABARAPL2, 1.0 mM No Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 (UBA5) LIR motif, 50 mM No sodium phosphate, 100 mM No sodium chloride, 4.6 mM No sodium azide, 95% H2O/5% D2OGABARAPL2, [U-99% 13C; U-99% 15N], 0.6 mM; UBA5 LIR 1.0 mM; sodium phosphate 50 mM; sodium chloride 100 mM; sodium azide 4.6 mM; protease inhibitor cocktail 1 mM; DSS 0.3 mM; H2O 95%; D2O 5%13C,15N GABARAPL2 - UBA5 LIR/UFIM95% H2O/5% D2O
solution21.0 mM No GABARAPL2, 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 (UBA5) LIR motif, 50 mM No sodium phosphate, 100 mM No sodium chloride, 4.6 mM No sodium azide, 95% H2O/5% D2OUBA5 LIR, [U-99% 13C; U-99% 15N], 0.6 mM; GABARAPL2 1.0 mM; sodium phosphate 50 mM; sodium chloride 100 mM; sodium azide 4.6 mM; protease inhibitor cocktail 1 mM; DSS 0.3 mM; H2O 95%; D2O 5%13C,15N UBA5 LIR/UFIM - GABARAPL295% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMGABARAPL2[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1.0 mMUbiquitin-like modifier-activating enzyme 5 (UBA5) LIR motifNo1
50 mMsodium phosphateNo1
100 mMsodium chlorideNo1
4.6 mMsodium azideNo1
1.0 mMGABARAPL2No2
0.6 mMUbiquitin-like modifier-activating enzyme 5 (UBA5) LIR motif[U-99% 13C; U-99% 15N]2
50 mMsodium phosphateNo2
100 mMsodium chlorideNo2
4.6 mMsodium azideNo2
試料状態イオン強度: 100 mM / Ionic strength err: 5 / Label: conditions_1 / pH: 7 / PH err: 0.1 / 圧: AMBIENT atm / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker Bruker Avance 950BrukerBruker Avance 950 9501
Bruker Bruker Avance 900BrukerBruker Avance 900 9002
Bruker Bruker Avance 800BrukerBruker Avance 800 8003
Bruker Bruker Avance 700BrukerBruker Avance 700 7004
Bruker Bruker Avance 600BrukerBruker Avance 600 6005
Bruker Bruker Avance 500BrukerBruker Avance 500 5006

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.1Bruker Biospincollection
Sparky1.114Goddardchemical shift assignment
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichpeak picking
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
OPALLuginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 5 / 詳細: AMBER94
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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